对于黑岛龟人的建议，山本五十六予以了部分采纳，下午三点，大和号向各司令长官以及各站队司令部下达了第一五五号作战命令，其中山本首先向他们通报了主力舰队的位置，然后说：“第二，中途岛攻略部队派部分舰只为运输舰护航，同时暂向西北撤退。第三，第二机动部队尽快与第一机动部队汇合，并完成攻击……，第四，潜艇阵位进行变动……”
就在山口多闻放飞第二波攻击机群之后，南云忠一按照山本五十六的命令，要求其立刻向北全速撤退，要求其尽早脱离美国飞机的打击范围。
对山口多闻来说，执行这道命令多少有点不情不愿。为什么呢？因为在他看来航母怎么也跑不过飞机，就算飞龙号全速前进，一个小时也就是跑60公里的水平。而最慢的美国鱼雷机一小时也能跑两百公里，指望此时利用高速逃出敌人的打击范围是在是天真的想法。
更何况山口多闻一点都不想撤退。哪怕是暂时撤退他也不情愿，在他看来敌人远远没有想象中那么强大。诚然敌人摧毁了赤城号、加贺号和苍龙号，但是敌人舰载机的损失也是惊人，根据飞行员和炮手的报告，累计已经击落超过三百架敌机（水分多多），而敌人的三艘航母拢共只有多少舰载机？
山口多闻认为美国人也没有多少舰载机了，除去相当数量的战斗机和中途岛的轰炸机，能用来攻击飞龙号的能有多少？也就是说。在他看来双方的实力其实是半斤八两，如果搏一把的话，飞龙号未尝没有单骑救主的可能。
所以，当时山口多闻是命令尽可能的搜集攻击机，努力地拼凑力量，是准备用第三波进攻决一胜负。自然的，此时南云忠一命令他撤退，肯定不太高兴。
不过这道命令是山本五十六下的，哪怕是山口多闻一肚子都是意见也不得不执行（他和山本私交相当的好）。当然我们知道山口多闻的估算是有错误的，他少算了红海军特混舰队的那两艘航母。除去击落三百架敌机中的水分以及红海军的ro-2和中途岛的tbd和sbd，实际上美国航母上损失比较大的是鱼雷机，而俯冲轰炸机完全可以一战。
也就是说。山口多闻留在原地根本就是死路一条，这一次山本五十六和南云忠一是对的，他有些想当然了。实际上更想当然还在后面，当飞龙号高速向北撤退的时候，桥本完成对约克城的第二次打击之后向他报告：“摧毁敌航母一艘！”
不管是已经撞向了约克城的友永还是活着的桥本都搞错了一件事，那就是错误的将约克城号当成了其姊妹舰，以为攻击的是一艘全新的美国航母。当然，这也主要归功于约克城号官兵优异的抢修能力，谁能想到这是一艘几个小时前刚刚遭受重创的航母呢？
当这个消息传到山口多闻耳朵里时。这位性急的海军少将是懊悔不已，他认为自己错过了一次翻盘的绝佳机会。按照他的算法，此时在中途岛敌我实力对比是一比一了。飞龙号完全可以创造奇迹嘛！
山口多闻急不可耐地就将这个好消息传给了南云忠一，再一次请求转舵，回去同美国人决一死战。那南云忠一是什么反应呢？对于能摧毁第二艘美国航母，南云自然感到高兴，这多少也挽回了他的面子。但是对于转舵回去继续作战，他心存顾虑：
“我舰队舰载机所剩无几，如何一战？万一飞龙号再有损失，如何向天皇陛下交代？”
所以南云忠一断然拒绝了山口多闻的要求，命令这个有些越来越不安分和傲气的部下执行联合舰队司令长官的命令。这给山口多闻气得够呛，实话实说，此时的山口确实有点翘尾巴了，他认为是他挽回了败局，如果没有他果断下令反击，此时第一机动部队恐怕已经全军覆没了，哪里轮到南云忠一继续拿着鸡毛当令箭。
所以山口多闻干了一件有点出格的事情，那就是越级向山本五十六打小报告，希望这位挚友能同意他的继续作战的请求。
可想而知，当山本五十六收到这封电报时，表情会是多么精彩，一方面他很高兴飞龙号在危机关头敢打敢拼的精神，能够在极端困难的情况下摧毁敌人两艘航母。这确实不容易，而且这也为舰队保住了翻盘的希望。但是山口多闻越级打小报告的行为在上尊下卑等级森严的日本海军中属于相当冒失和不能容忍的行为，哪怕是山口多闻一心为国，这样的行为也是不可取的。就是山本五十六也很不喜欢这样的行为。
最后，也是最关键的一点，山本五十六也不同意山口多闻的冒险行动，如果飞龙号继续留在战场上，那么很有可能立刻会遭到美国人的袭击，能不能生存下来真心是不好说。与其冒险当孤胆英雄，还不如等近藤信竹汇合，然后利用龙骧号和隼鹰号上的舰载机进行反击。这样把握更大而且风险更小。
所以山本五十六断然拒绝了山口多闻的建议，命令他“坚定不移”地执行既定方针。可想而知。山口多闻收到这封电报时将是多么失望。不过胳膊扭不过大腿，他除了执行命令别无他法。
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