杨嗣昌接到方一藻的报告后，立刻建议崇祯帝允许方一藻及总监太监高起潜便宜从事，办好议和，得到崇祯帝默许。
周元忠回到宁远，带回皇太极致高起潜的书信，信中称:“仍言讲款，若不许，夏秋必有举动。
杨嗣昌极力劝说崇祯帝把握时机与清和谈，但崇祯帝只命方一藻、高起潜“细酌“。
杨嗣昌不依不挠，继续上疏批评言官不顾兵部处境，只会空言误国，请求“圣鉴允行“，即明确批准方一藻与高起潜议和。
此时杨嗣昌主导议和已经公开化，引起朝臣激烈非议，掀起弹劾杨嗣昌运动。
其中攻讦最力的是少詹事黄道周，他们表面上反对杨嗣昌“夺情入阁“，实际上反对他主导的对清和议。
崇祯帝于当年七月五日召集群臣于平台，让杨嗣昌与黄道周在御前辩论。
最后崇祯帝袒护杨嗣昌，贬斥黄道周等弹劾杨嗣昌的官员。
尽管杨嗣昌摆脱弹劾，但崇祯帝碍于群臣反对，不敢接受杨嗣昌的建议。
对和谈明确支持，方一藻、高起潜与满清的和议遂不了了之。
同时，新被起用的兵部尚书卢象升亦坚决反对与清议和，与杨嗣昌形成尖锐对立。
皇太极见此情形，乃于崇祯十一年九月派兵大举入塞，对明朝展开惩罚性打击。
由于明廷内部政见分歧，总督天下援兵的卢象升受到杨嗣昌和高起潜的见死不救。
最终导致卢象升战死于巨鹿贾庄，七十余城先后失守，四十六万人被俘(包括德王朱由枢)。
到崇祯十二年三月清军方才扬长而去。
事后追究责任时，杨嗣昌虽被弹劾，但崇祯还是保住了他。
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