此时，甘肃镇在整个陕西三边军事防御区中处于配角，主要的作用不过是援助陕西、延绥、宁夏三镇。直至正德四年，由于经甘肃镇叛逃，占据西海，甘肃镇才被正式纳入总制陕西三边管辖区域。
而嘉靖初期，吐鲁番势力扩展至嘉略关内，甘肃镇西部开始出现边患告急的情况。这一时期，甘肃镇因三面被包围的边防形势，己无暇支援河东边镇，陕西三边各镇也由统一协调转而专区自守。
自此之后，总制陕西三边就必须开始负责防御亦卜剌与吐鲁番的入侵，而甘肃镇自然也就由此成为防御的重点区域。
在陕西三边防御区域中，北方蒙古部落主要驻扎在河套地区，靠近延绥。其侵略路径主要是从延绥入宁夏，再由宁夏进甘肃边界。
就在高务实与宋应昌谈及这一话题之后，宋应昌叫人送来了《甘肃镇战守图略》。这是一套系统图略，不仅有现在的形势，还有过往历年的图示。
高务实认真看了看，发现从这套图略可知，嘉靖二十三年时，北虏由宁夏入甘肃镇的路径主要分为三路：
一是由宁夏镇靖虏卫芦塘湖入界，侵扰红城子堡、庄浪卫、镇羌驿堡等处；二是由宁夏贺兰山入界，侵扰凉州卫、古浪守御千户所、镇番卫等处；三是由亦集乃、兀鲁乃入界，侵扰镇夷所、高台所、肃州卫所等处。
在这三条入边路径中，由宁夏贺兰山入界的路径是嘉靖初期形成的，至嘉靖中期已成为北方蒙古部落南侵甘肃镇的主要路径之一。
成化十年，巡抚宁夏都御史徐廷章、镇守都督范瑾奏修河东边墙，形成了自黄沙嘴至花马池长达三百八十七里的长城。这道长城为抵御河套地区的蒙古部落南侵起到了重要作用，陕西三边暂时未有蒙古部落大举入侵。
直至弘治十四年，河套地区的蒙古部落由花马池拆墙南侵，抢掠固原、安会等处。河东边墙的毁坏，致使防御河套地区蒙古部落的屏障失守，陕西三边边患告急。
杨一清上任后，立即建议重修河东边墙。但因修边而造成军民困敝，人怨四起，并没有取得很好的修缮效果。第二年，杨一清称疾解官，花马池边墙重修一事也暂时告停。之后，河套地区的蒙古部落仍继续由花马池一带拆墙而入，侵扰固原等地。
至嘉靖元年，北方蒙古部落又毁坏圆山儿墩、石井儿墩等处边墙，侵扰范围南至泾州。此一时期，蒙古部落入河套境的路径基本是由花马池向南侵入，侵扰范围主要是宁夏、固原等地。
嘉靖七年后，贺兰山成为蒙古部落入境的新路径。当年正月十五日，蒙古部落从宁夏镇北关踏冰过黄河，沿贺兰山南行。
此时，位于贺兰山以南的甘肃镇成为危险区，镇守总兵官杭雄等在甘肃镇东部沿边的镇羌堡预备防守。但因杭雄轻敌，蒙古部落大掠庄浪、宁夏。
对此，总制三边尚书王琼称“套虏踏冰过河，由宁夏境贺兰山内入庄、凉始于此”。但其实早在八月，驻扎在偏头关外的蒙古部落，就已从贺兰山后踏冰过河，驻庄浪进行抢掠。
此后，甘肃镇一带多次遭遇蒙古部落入侵。嘉靖八年八月，蒙古部落的阿尔秃厮由宁夏贺兰山入庄浪境，住牧十月，并大肆侵扰红城子。嘉靖九年，为了应对蒙古部落对甘肃镇的侵扰，时任总制陕西三边尚书王琼奏议在贺兰山修筑关墙，并在大沙沟等处增设城堡，派兵驻守。
其实，在贺兰山附近曾有一道边墙：自镇远关山嘴墩至横城，长达一百八十五里，建有三十六座墩台，但处于年久废弃的状态。王琼舍弃宁夏镇北端镇远关的修复，而选择在贺兰山南接黄河处挖建沟堑，使得贺兰山作为新的防御边界。
然而，贺兰山处的壕沟也未能抵御蒙古部落南下，后世边臣对王琼的做法也颇有微词：“宁夏与山后诸夷为邻，贺兰山其界也，自王琼弃镇远关创为新边，而贺兰山为虏所据，遂使延、宁二镇受患至今。”
此时，贺兰山已然成为要冲，河套地区的蒙古部落的侵犯路线即从贺兰山入境，朝山后的甘肃镇进攻，直达甘肃镇东北一带的庄、凉卫所。这即意味着甘肃镇与延绥、宁夏二镇均成为河套蒙古部落的重点侵略范围，甘肃镇的北部边患危机加剧。
在陕西三边四镇中，延绥、宁夏二镇为北部门户，而甘肃镇则是西部屏障，三者之间互成掎角之势，共同防守陕西镇腹地。
正德前，陕西三边主要的防御对象是北方蒙古部落，因而兵力主要集中延绥、宁夏二镇。然而随着墩台废弃，屯堡内徙，武备废弛，北方蒙古部落更易从宁夏、延绥二镇破边而入，进犯河西。
于是，当延、宁二镇遭遇北方蒙古部落大举入侵时，往往要调集甘肃兵马前来应援。自正德七年开始，甘肃镇西有亦卜剌扰乱熟番，北有小王子追逼渡河，蒙古部落两面相逼，边患孔棘。但此时的亦卜剌仍被视为“河西残寇”，边官对其持轻视态度。
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