孙恩倒下了，但是还留下了数千手下，于是大家推选了他的妹夫卢循当了老大。其间是否发生过类似港台黑帮剧的那种争权的狗血情节不得而知，实际上卢循一直是孙恩的重要辅佐，声望也足够服众的。
此时政府军忙什么呢？政府军被桓玄打败了，司马元显也尸解成仙去了。桓玄入主建康之后，也需要时间来稳定政权，于是就是老一套的招安工作，封卢循为永嘉太守，就是温州太守，可惜卢循却没有上当老实下来。
孙恩是三月败亡的，五月，卢循就兴兵从海上进入浙江金华一带，攻打东阳，但被随后赶来的刘裕痛扁一顿后，逃回了永嘉。大家看看地图就会发现，卢循在战略方面的大局观比孙恩强多了，他把根据地放到了离南京更远的温州，又没有远离大海，进可攻、退可守，比在海岛上只能晒日光浴强太多了。
403年二月，卢循不甘心失败又跑过来攻打东阳，然后遇上刘裕，这次更惨，被痛扁+1，老家永嘉也丢了。
同年八月，卢循回军攻打永嘉，想把根据地夺回来，又遇上了刘裕，被痛扁+2。
第二年，刘裕有正事要忙了，当上了盟主，带领一帮小弟要恢复晋室，拯救地球，也就没时间陪卢循这种小虾米玩了。卢循也总算知道自己不是主角，跟未来的皇帝打架哪有好果子吃，既然你没时间玩了，那我也离你远点。于是，十月，一路向南，打进了广州城，然后自封平南将军。经过几年的经略，成为南方的大军阀。
405年二月，晋安帝回到建康，看着一地鸡毛都发愁，哪还有心情收拾卢循，四月，就给他封了个广州刺史，暂时换来了南方几年的安稳，至少表面上是安稳的。
但卢循也不是傻瓜，知道人家现在是顾不上收拾自己，等把一切捋顺了，第一个就会来收拾他。所以，已经颇有势力的大军阀卢循准备彻底解决压在头上的大山，410年，趁老对手刘裕正在痛扁南燕慕容超时，和姐夫徐道覆分兵两路，从广州一路北上，势如破竹，大军逼近建康。悲剧的是，又被赶回来的刘裕痛扁+3。年底，二人败回广州，但此时的广州老家已被抄了。又挣扎了几个月后，411年四月，卢循最后败走交州后，于龙编投水而亡，嗯，这个龙编在现在的越南河内东边，所以推测卢循最后应该喝的是红河水。
至此，孙恩、卢循的起义终结。
历代史学家对孙恩的起义多持否定态度，虽然客观上是反抗晋政府的暴政，是起义军的性质，关键是这家伙除了祸害，没做过一件利国利民的好事。仅就因他而死的人来说，到孙恩死的时候，第一次虏走的二十多万人口还剩下几千人，加上数次大战，前后也有死了几万百姓，这只是造成的直接死亡，间接死亡的就无法计算了。
从399年孙恩起兵到卢循败亡，这次为期十二年的起义是五斗米道的又一次大规模的起义，通过对这次起义及同期的其他起义分析可以看出，两晋时期五斗米道的宗教行为与汉末的五斗米道有相同之处，也有了很多不同的地方。
总体来看，两个时期的五斗米道的基本教义方面变化不大，比如，仍然是保留着关小黑屋子思过的传统，首过、祷祝仪式等方面也基本上一致。
长生追求方面也没有区别，否则孙恩也不会欣然接受手下给他的长生人的雅号，这也从侧面也证明了从下至上，大家对长生的追求依旧初心不改。
源自巴蜀巫鬼术的鬼神信仰也依旧存在，比如王凝之就是要请来鬼卒助战，而不是请的天兵天将、四值功曹之类的。
当然保留最好的还是坚信天、地、水三官神灵的存在，由于地处多水的浙江地区，尤其信奉水官，这一点可以从孙泰、孙恩的死法上看得出来。
两晋时期，沿海地区尤其信仰水仙，这也是五斗米道和地方信仰相结合的一方面，通过极力灌输给教众死在水里是能成为水仙的思想，加强了宗教的思想控制，使手下人悍不畏死。当然了，万一被人家砍了脑袋怎么办，是不是就没人敢冲锋了？放心，如果不是掉水里淹死的也没关系，只要你入教了，死后就可以“尸解”、“蝉蜕”，虽然没有成为水仙更有前途，但也比普通人死了去地府强得多，放心拼命就对了。也正因为这种洗脑似的宗教宣传，在行军过程中，有的妇女由于带着婴儿不方便，甚至舍得把孩子扔进水里，意思是孩子先去仙界享福，等以后老娘也去的时候，照样还是你妈，足见这种蛊惑的威力。
当然，变化也是肯定有的。经过两百多年的历史变迁，又经历了两次人口大迁移，离开了生它养它的巴蜀大地的五斗米道，怎么可能一点改变也没有？除了地域、政治上的客观因素的影响以外，五斗米道和南方本地宗教、巫鬼方术以及残余的太平道的融合发展过程中，促使自身适应、改变的同时，实际上也对道教的整体发展、完善起到了积极的作用。
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