和卓晚春相处的十多年里如果说只学了些道术应该不太可能，从后期林光恩表现出来的医术看，不排除也是得了卓晚春的真传，当然了，这只能是猜测。林兆恩平时经常出手帮乡邻看看病，这不但是出于济世救人的情怀，还对他理解心目中一直想参悟的三教理论有所帮助。
在长期的理论加实践的参悟过程中，林兆恩逐渐建立起来一个整体的认识：儒家的执中，实际上就是道家的守中，也是佛家的空中，儒家的一贯，就是道家的得一，也是佛家的皈一，所以，三教还是有很多一致的地方的，自己的研究思路应该从返本还原转向三教归一上面来，就这样，他开始了三教合一的深入思考。
这里又有一个问题，既然要归一，这个“一”是什么，要归到哪里？佛、道还是儒？嘉靖三十年（1551年）林兆恩35岁了，他有了最终结论：“道释归儒，儒归孔子”，也就是说他把这个“一”定位到了孔的身上。得出这样一个结论并不奇怪，从小就生长在儒教思想统治的环境中，又参加了十几年科考，研究儒家经义也不是不过脑子的，潜意识里林兆恩也会想着把佛、道纳入儒家体系中来。
确定了研究方向以后，林兆恩便开始了以儒学为核心的合三教于儒学的探索，并且在东山樵舍开馆授徒，同样是走理论结合实践的路子。一般来说，学术界就是以这一年为准，认为是林兆恩开始了创教的生涯。
几年以后，林兆恩自称又遇到一位明师，具体是谁没说，但是得传了艮背、行庭的固心秘法，这使他的三教合一之路有了完善的理论基础。
说到艮背了，这里先解释一下。
后面会单独讲林兆恩的《九序心法》，其中对艮背也有解释。艮背一词来自易经，“艮其背不获其身……”。道友们都知道，易经的解释千百种，艮其背的解释也不少，一般来说，艮的本义是止，不相交通的意思。背可以说是后背，也可以说是相背。我们自己看不到自己的后背，背过身去也就看不到后面的东西，什么意思呢？有句俗话是眼不见为净，看不见了也就对心境没影响了，这大约就是背在这里的意思。讲《九序心法》时再分析艮背，这里道友们先知道大致的意思就可以了。
熟悉明朝历史的道友应该知道，福建沿海并不安宁，倭寇、瘟疫横行，饿殍遍地是很准确的描写。所以，林兆恩的日子并不是教书、行医、看书、做学问那么悠闲，眼看官场腐败，盘剥百姓，任由倭寇劫掠，嘉靖三十七年（1558年），林兆恩毅然散尽家资，带领弟子们“毁家纾难”，用自己的力量救护乡亲。
林兆恩的义举不但门人弟子们响应，四邻八乡的民众也都参与进来，其中就有他长期用艮背法行医收获的尊敬有关系。有卓晚春的传授，又有了自己的艮背法的改进，传说林兆恩的医术非常高明，而且又有众多门人弟子的协助，从此林氏教团在福建的声望越来越高，同时他本人也渐渐地被当地人神化，越来越多的人家里把他摆在了神位，晨昏三叩首，早晚一炷香。黄宗羲说过：“兆恩以艮背法为人治病，行之多验，又别有奇术能济人于危急之时，故从之者愈众。”
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