对了，有着多年抗倭经验的林兆恩还写过一篇《防倭管见》的论文，对于如何抵抗倭寇有相当大的参考价值，可惜当时的混蛋政府怎么可能有人关心这件事。
后来，林兆恩出资修了一座戚继光祠，同时作了一篇《南塘戚公画像文》，以表达自己对这位抗倭英雄的敬意。嘉靖四十三年（1564年），戚继光专程到福州拜访林兆恩，二人相谈甚欢。林兆恩给戚继光讲了一番他的教义，他的理想的社会，以及他正在做的事情之后，令心情郁结的戚继光心情开朗，临行前说：“我受先生之教，不觉病之去体。”
所以说，林兆恩是数十年如一日的战斗在抗倭一线，致力于造福当地人民，他的言行就是他的三教合一理论的坚实地基础，也是三一教吸引众人加入的核心动力。
万历十三年（1585年），在外游历的林兆恩终于回到了莆田，此时他的地位已经被烘托得神明无异了。既然大势已成，两年以后，他便在弟子们的拥护下顺势成为三一教第一任教主。
三一教不是要合三为一嘛，如今教主正式上班了，各级班子也搭建起来了，是时候起一个配得上身份的名字了。万历十二年（1584年）时，68岁的林兆恩被一众门人尊为夏午尼氏。这里用的“尼”字是很有门道的，三一教解释说孔子字仲尼，老子字清尼，释迦字牟尼，这三位圣人都是尼字辈的，作为合三教而一的圣人，林教主的名字中当然也不能少了这个“尼”字啊，这样就和三教圣人真正齐名了。从此以后天下就有了四个头衔，孔子是“儒仲尼氏执中一贯圣教度世大宗师”，老子是“道清尼氏守中得一玄教度世大宗师”，释迦是“释牟尼氏空中归一禅教度世大宗师”，林兆恩则是“夏午尼氏道统中一三教度世大宗师＂。
在三一教的门人看来，以后就不再有什么儒、释、道了，而是儒、释、道合一而夏了。按道理说我们的林教主的地位应该是在三教圣人之上的，不过儒家讲究谦虚，所以林教主就勉为其难与三教圣人平辈论交吧。
林教主享受教主的日子就不再多讲了，万历二十六年（1598年）正月十四早晨，林兆恩因病过世，寿82岁，葬在了华亭乡后角村三一教石门祠右侧山坡上。
林兆恩留下的文字不少，有学者统计过至少有45种，彻底佚失的有19种，国外有14种，而国内仅存9种。这些作品经门人弟子加以整理结集，主要有卢文辉编撰为《林子三教正宗统论》《三一教主夏午尼经》，林兆珂编的《林子年谱》，再传门徒董史编的《林子本行实录》。
《林子三教正宗统论》又称为《林子全集》，按易经中的元、享、利、贞四字分为四部，分别包括了儒家的《四书正义》，道家的《道德经释略》《常清静经》，佛家的《金刚经概说》《心经释略》《坛经讯释》，其他还有一些历史、礼制、政治、文学等方面的东西，“尽皆衍三教合一之旨，心身性命之说”，可以说是三一教最重要的一部典籍。
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