几年以后，到了顺治十一年（1654年），就发生了朱衣道人案。大致是这样的，当时有个叫宋谦的人，曾经以道士身份到各地联络反清志士，听说傅山以后便两次到山西来见他。顺治十一年三月，宋谦在河南被抓，这家伙骨头也不怎么硬，三下两下就把什么都招了。他的供词中有一段是这样的：“傅青主，太原人，生员，今已出家作道人，身穿红衣，号为朱衣道人，年五十岁，在汾州一带游食访人，系知情”。
游食访人的意思就是负责联络反清复明的人，有了这份供词，傅山还能有什么好下场，结果六月傅山便被关进了太原大狱，儿子傅眉在老家阳曲县也被关了起来。好在经过亲朋好友们多方奔走，又有一些官绅暗中发力，第二年七月傅山便无罪出狱了。
在狱中的一年时间，傅山也静下心来想了想自己的以往和未来，整理了自己的理论思想，抄了不少经书，有道经，有佛经，特别是《三官真经》和《金刚经》，结果抄出了体会，说这些经书都有神异，更加坚定了敬神礼佛的信念。
由于有了这次朱衣道人案，出狱后的傅山行为就有点敏感了，官府对他的监控也比以前多了些，所以要想仍然和以前那样自由地行那反清复明的大业基本上不行。于是傅山动了出去看看的念头，也许富庶的江南更有反清的群众基础，不过还是要亲自看看才有数。
全真派是鼓励弟子外出游历的，所以傅山外出也是一种修行，以前出去的次数也不少。顺治十三年，傅山南下江南，主要活动在江苏一带，结果大失所望，江南的人民生活较北方好得多，这年头只要有饭吃，谁会提着脑袋造反去啊。在南游期间，他还拜访了不少高僧、名道，和他们交流些性命双修的学问，也算有所收获吧。
一般来说，学术界也认为这次南下回归后，他对反清复明就失去了信念，于是隐居在太原东山下的松庄，自号松侨，表示自己是明亡后的无家国的侨民，开始了侨隐生活。侨有侨寓的意思，傅山在不同时期有几个与侨有关的号，他自己称是“不大不小”的隐。
当然了，无力反清并不是说傅山从心理上接受了满清，认可是清人的身份，所以他开始写些诗文来表达自己反清志向未变的想法。在隐居的那段时间，好多文人志士来到山西拜访他，其中就包括顾炎武。
有一次，顾炎武又来看傅山，此时他已经59岁了，却一直没有子嗣，傅山便给他看了看，说你没问题，只要努力，只要有信心，儿子肯定会有的。出于对亦师亦友的傅山的信任，更主要的是傅山的医术是极高的，在当时有医圣的美称，于是顾炎武就纳了一个18岁的小妾。以后的事就不清楚了，反正民间有好多传说，比较多的一个版本是老顾最初沉迷女色，搞得身体受不了，于是迁怒了傅山，要儿子的事情也就半途而废了。
其实傅山也是出于好心，古人对于无后这件事是很看重的，他本身就是医道高手，要不怎么会有《傅青主女科》《傅青主男科》这样的传世医书呢，所以应该是真想为老朋友解决传宗接代的大事。
除了上面这两部医书以外，傅山还有《产后编》《傅青主小儿科》《大小诸证方论》和《黄帝内经素问批注》等医书传世，他曾经说过：“医家之术，神仙之道，天地之运，思过半矣”，在他看来医术和内丹学是相通的，都可以放大到宇宙这个层级理解，用阴阳二字解释。
行医方面，傅山在民间有很多传奇性的故事，随便举一个小例子：“一妇妒，恶夫有所昵，忽患服痛，展转地上，不可忍。其夫求先生，令持敝瓦釜，置妇床前，捣千杵，服之立止”，意思比较简单，不过这是一个典型的心理疗法的病例，医圣一句话不但把病治好了，而且还处理了夫妻感情。
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