但是，波多盛的遗孀真芳殿则认为想要在乱世中立足，就应该从国中有实力的大名中选择领养一个作为养子，从而保证家运长久。于是她选择了有马义贞的儿子藤童丸（后来的波多亲）作为养子。
但是日高、鹤田等上松浦党们认为自己的苦心被辜负，和真芳殿发生了激烈的争执，双方渐渐的剑拔弩张起来。
真芳殿认为反对她意见的头目是日高资，于是在岸岳城中将其毒杀，随后又在永禄七年（1564）将鹤田直邀请至岸岳城，在其返回的途中将其杀害。
由于日高资和鹤田直结连被谋杀，于是日高家、鹤田家等上松浦党们将真芳殿和藤童丸流放，二人逃到草野家的鬼之城。岸岳城由日高喜支配，并将鹤田家奉为上松浦党的首领。
但是日高喜和鹤田氏肆意妄为，最终由高江城城主有浦高联合值贺、青山等家，并依靠龙造寺、有马家的支持，在永禄十二年（1569）重新夺回岸岳城，拥立了真芳殿和藤童丸。
藤童丸领大友义镇一字，改名波多镇（后改名为波多亲）接任波多家家督，但是逃至壹岐岛的日高喜将壹岐波多家的势力驱逐后，投靠了平户松浦家。
所以，虽然波多家的内讧解决了，但是波多家，也从此没有了往日的辉煌。
龙造寺隆信崛起后，降伏鹤田氏，追讨草野氏、讨伐平井氏、逼降后藤氏。在此期间，波多亲时而支持隆信，时而又和隆信敌对，态度暧昧不清。
于是天正五年（1577）龙造寺隆信将养女嫁给波多亲，又将自己的孙子弥三郎塞给波多家作为继承人，这才平息了上松浦党。
而后在冲田畷之战后波多亲又通过有马家和岛津家搭上了关系，和筑前原田家和平户松浦家展开了攻略。
再往后，就是猴子丰臣秀吉九州征伐了，然后就没有然后了。
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