至此，整个台湾岛，除了土着外，已经没有任何外部势力。
对于原住民，朱由检不打算赶尽杀绝。
只要尽可能多地往岛上移民，以汉人的同化能力，把他们汉化只是时间问题。
无论是生产力，还是社会文化，朝更先进的方向发展是必然。通俗来讲，若是能有吃有穿，衣食无忧，会有越来越多的人不愿意呆在深山老林里。
于是他下令设立台湾布政使司，设台北，台南二府。并任命施邦曜为台湾布政使司左布政使。
施邦曜也是甲申之变后陪着殉国的忠臣。
他得知崇祯上吊后，解下了自己的腰带。高喊了一句：“君殉社稷矣，臣子可偷生哉！”然后就上吊了。
但是被仆人救了没死成，他把仆人骂了一顿，又让仆人买来砒霜，和着酒喝完自杀了！
若说一个人有勇气自杀一次，可能是脑子一热的事儿。但接连自杀两次，那应该是真的不想活了。
朱由检选他当左布政使是经过深思熟虑的。
一是他为人正直，且和郑芝龙打过交道。
郑芝龙刚归顺朝廷的时候，施邦曜时任漳州知府。郑芝龙为了拉拢他，将一件用琥珀黄金制作的礼品赠送给了他。
施邦曜见此礼品制作工艺极佳，非常喜欢，当即留下了这件礼品。
但是他留下东西仅仅是为了观赏。第二天清晨，便命人将礼品原样奉还。当时郑芝龙本以为施邦曜也是一个见好就收的贪官。没想到第二天刚起床，见知府衙门早已差人把礼物奉还，还告诉郑芝龙，说知府对这件礼品十分赞赏，但只可欣赏，不可收下。
从此之后，郑芝龙对施邦曜的为人深深叹服。
二是他为人心善仁厚。
他曾经买过一个使女，让她打扫庭院。没想到石女打扫到院子的东面墙角时，竟然拿着笤帚对着墙角哭了起来。
邦曜感刚好经过，奇怪地问她为什么哭泣。使女回答说：“这里曾经是我先人御史的宅院，我小的时候在这玩耍时还在这里掉过耳环。现在到这里不自觉的就感到伤心。”
邦曜就听了于心不忍，就拿出女儿出嫁的钱，选了个读书人把她嫁出去。
这样一个正直且有内心仁厚的人，到台湾当布政使在合适不过了。
至于巡抚，他暂时不打算设立。台湾情况特殊，他怕派去的人瞎搞。
郑芝龙刚回到台南就知道这个消息，他非常高兴，亲自命人把施邦曜接到了岛上。
“四明公，咱们又见面了！”郑芝龙一见施邦曜就深施一礼。
“一官不必客气！陛下对台湾寄予厚望，你我二人往后要同心协力，把台湾治理好，不能令陛下失望才是！”
两人携手回到了城中，不免又是一番感慨。
真是人生无常...
此时李自成已经踏上了归程。吴又可则是在台湾住了下来。
台湾已经被朝廷收回，未来将会有越来越多的人移到岛上来，他要留在这行医，传播医学知识。带出几个徒弟来再走。
许彦如此时也已经痊愈了，他的伤势当时看起来虽然严重，但其实只是皮外伤。鉴于他坚强不屈的性格，许彦如醒了之后，吴又可正式收他为徒，打算以后倾囊相授。
一切欣欣向荣，都在朝着好的方向发展。
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