建安十三年（208年），曹操做了丞相，崔琰又做了东西曹掾属征事。起初授予他东曹职务时文告说：“您具有伯夷的风范，史鱼的耿直，贪夫因敬仰您的大名而变得清廉，壮士因崇尚您的名声而更加勉励自己，这是可以作为时代表率的。所以授予东曹之职，你去履行职责吧。”
建安十八年（213年），任命崔琰为尚书。这时尚未立太子，临淄侯曹植有才华而且有爱心。曹操怀疑犹豫，发出信函命令在外地秘密访探。只有崔琰信不封口答复说：“我知道《春秋》有长子当立的大义，并且五官中郎将曹丕仁孝聪明，应当承继大统。崔琰将用死来坚守这个原则。”曹植，本是崔琰哥哥的女婿，曹操十分赞赏崔琰的大公无私和高风亮节，喟然叹息，调其职为中尉。[5]
崔琰体态雄伟，声音洪亮，眉目疏朗，须长四尺，很有威重的仪态，朝廷中人很是敬仰，而曹操对他也有几分敬畏。崔琰曾经推荐过巨鹿人杨训，说他虽然才能不足，却清廉贞洁，遵守正道，曹操于是以礼征召了杨训。
建安二十一年（216年），曹操作魏王，杨训上表称赞曹操的功绩，夸述曹操的盛德。当时有人讥笑杨训虚伪地迎合权势，认为崔琰荐人不当。崔琰从杨训那里取来表文的草稿一看，写信给杨训说：“读表文，是事情做得好罢了！时间啊时间，随着时间的变化，情况也一定会发生变化的！”崔琰的本意是讽刺那些批评者好谴责呵斥而不寻求合于情理。有人却报告说崔琰这封信是傲世不满怨恨咒骂，曹操发怒说：“谚语说‘不过生了个女儿耳’。‘耳’不是个好词。‘会有变的时候’，意思很不恭顺。”从此罚崔琰为徒隶，派人去看他，崔琰言谈表情一点也没有屈服的意思。曹操的令文说：“崔琰虽然受刑，却与宾客来往，门庭若市，接待宾客时胡须卷曲，双目直视，好像有所怨忿。”于是赐令崔琰死。[7]
亦有一说，崔琰的文集被人得到，携带的时候用布包裹。当时与崔琰有过节的人看到这个场景，就到曹操面前诬告崔琰，说他的文章中暗自讽喻朝政，故不得公之于人。曹操闻言大怒，将崔琰关入大狱而后处死。[8]
本来，曹操性格忌刻，凡是他所不能容忍的人，如鲁国人孔融、南阳人许攸、娄圭，都因仗着自己是曹操的老朋友，有所不恭被诛杀。其中崔琰最为冤屈，此后文人墨客为之伸冤。
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