旌旗蔽江，无数战船逆流而上。
桓玄闻报刘裕沿江而来，不由大惊，急忙分兵派将，一面令水军顺流而下迎敌，一面自率步骑，自江陵迎击。
五月十七日，两军于峥嵘洲相遇，展开大战。当时桓玄军占据兵力优势，且恃上凌下，本应辗压对方；但因军无战心，故在刘毅进攻下迅速溃败。
桓玄叹道：果不出我所料耶！
遂令焚毁辎重乘夜逃走，步兵都督郭铨向刘毅投降。桓玄于是败回江陵，命令收拾金银珠宝数十车辆，再挟晋安帝西走。
部将冯该拦住马头，力劝桓玄整兵再战。
桓玄不肯，欲投奔梁州刺史桓希。当时人心已离，桓玄只与心腹数百人出发。
车驾到城门之时，随行中人有欲暗杀桓玄，但射之未中，于是彼此厮杀，乱作一团。桓玄乃奉安帝司马德宗，太后何法倪及皇后王神爱车驾，勉强登船。
此时环顾左右，身边大臣只有卞范之及屯骑校尉毛修之，引数百禁军，跟随在侧。
桓玄欲到梁州治所汉中，毛修之诱使入蜀，桓玄只得听从，于是溯江而上。
当时正值宁州刺史毛璠去世，益州刺史毛璩派侄孙毛佑之及参军费恬等，领数百人送毛璠灵柩至江陵，于五月二十六日在江陵城西枚回洲与桓玄相遇。
二人痛恨当初桓温攻灭蜀国，此时闻说是桓玄到来，又见其落单，岂有不痛打落水狗之理？于是进攻桓玄，箭矢如雨，桓玄宠臣丁仙期、万盖等为桓玄挡箭而死。
益州督护冯迁跳上桓玄坐船，抽刀向前。
桓玄急拔下头上玉饰递给冯迁，令其观看，并威吓道：此乃御用之物也。你是甚么人，竟敢弑杀天子？
冯迁一掌将其头饰击落入水，说道：搞笑至极！我只杀天子叛贼，此处何有天子！
再复一刀，将桓玄剁翻，跌入江中。桓玄遂被杀害，享年三十六岁。
冯迁等便奉毛璠灵柩东还江陵，置其部从余人不问，更不知晋安帝便在江中船上。
桓玄从弟桓谦闻其兄被杀凶信，便在舟中为兄举哀，上谥号为武悼皇帝。桓玄首级则被毛佑之等传至建康，挂于城头大桁之上示众。
百姓看见之后无不欣喜，奔走相告，如同元宵观灯盛况。
当初穆帝皇后何法倪及安帝皇后王神爱被桓玄弃于巴陵，殷仲文当时以收集散卒为名，将二后移驻别船，并趁机背叛桓玄，迎请二后回于建康。
刘裕闻报桓玄已死，遂引兵还于建康，设立留台，总率百官商议，奉迎乘舆，收桓玄宗族在于建康者，尽行剿灭诛杀。
于是命尚书王暇率百官西至江陵，奉迎晋安帝乘舆，王暇欣然领命西往。司徒王谧与众臣商议，欲推刘裕领扬州牧，刘裕固辞不肯受，乃以王谧录尚书事，领扬州刺史。
刘裕自为镇军将军，都督三吴八州诸军事，徐州刺史，领军将军。又以刘穆之为堂邑太守，总诸京师政务，尽皆委任之。
刘穆之亦竭节尽诚，无所遗隐。当时晋政宽驰，纲纪不立，豪族陵纵，小民穷蹙，其时刘穆之斟酌时宜，随方矫正。
刘裕以身垂范，威禁内外，百官皆肃然奉职，不盈旬日而建康风俗顿时改恶为美。
当初王谧为桓玄佐命元勋，曾亲手逼晋帝玺绶以授桓玄。及桓玄败亡，众皆议诛之，惟刘裕独力使其保全。
诸葛长民至豫州，因失期未及发兵，被桓玄部将刁逵擒获。槛车未至，而桓玄败亡。监送军士遂放出葛长民，还趋于历阳。
刁逵乃弃城而走，被部将捆送建康。刘裕下令斩于石头城，子侄亦皆诛杀。
刘裕即克建康，复念刘牢之往日恩情，乃使人前往洛阳，召刘敬宣回来。
刘敬宣素晓天文星相，在洛阳见天象垂现，便知必有兴复晋室者出，尝告于家人道：桓玄必死，我等可归乡也。
这日夜间，又梦见自己搓土成丸服之。梦醒而大喜道：夫丸者，桓也。桓既被我吞服，则我当复归本土耶！
恰好建康使者至，对刘敬宣说道：刘裕已灭桓玄，今命我召公回去。
刘敬宣遂与家人驰还建康，入见刘裕。
刘裕大喜，以刘敬宣为武冈县侯，问道：我与刘毅共复晋室，卿谓我二人谁为雄杰？
刘敬宣笑道：明公天资英迈，赏罚严明，仁德兼备，实乃不世英雄，毅公何能及焉？况刘毅外宽而内忌，自伐而满，若一旦与明公为敌，当曰陵上取祸，非可与明公同日共语。
刘裕闻其言大喜，由此而愈加自重。
镜头转换，按下刘裕，复说晋帝。
当冯迁杀桓玄之时，晋尚书王暇与晋文帝乘于别船，见冯迁行凶而去，于是率百官保护晋帝司马德宗，复至江陵。
桓谦及桓振等初时兵败逃窜，闻桓玄已死，复袭取江陵，杀北府军守将王康产。桓振见晋文帝与百官皆处宫中，便欲弑杀皇帝，以为桓玄报仇。
桓谦谏止道：刘裕之乱，与皇帝何干？若杀天子，则不容于天下，不如暂且囚禁。
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