离开了平柑岛之后，小智一行人继续坐着拉普拉斯在海上旅行着。
突然，两艘快艇贴着小智的拉普拉斯过去了，小智一行人也被溅起的水淋成了落汤鸡。小霞气呼呼地喊道：“撞到人怎么办啊？”小建有些不解地问道：“船开那么快干什么啊？”小智顺着快艇的方向看去，立即发现了一座岛屿：“那两艘船应该是要去那座岛上的。”小建说道：“我们也去看看吧，说不定是什么有趣的事呢！”小霞也好奇，想去看看。小智见两个同伴都想去看看，也点了点头，对拉普拉斯说道：“那么，就拜托你了，拉普拉斯。”拉普拉斯就向那座岛游去。
小智一行人跟着来到了这座岛，登岛后，小智收回拉普拉斯，放出两只伊布：“拉普拉斯，回来吧，辛苦你了。出来吧，伊布。”皮卡丘和波克基古看到两只伊布出来了，立刻就和伊布们开心地玩在一起。
这时，旁边传来声音：“电视机前的各位观众们，我们现在终于来到了这座有问题的小岛上，探索这座无人岛，相信对于绝种的化石宝可梦——化石盔的迷团将会有进一步的了解，”小智一行人向旁边看去，发现是一群人在进行节目录制。
在那群人走后，小霞好奇地问道：“化石盔的秘密？”小建想去了解一下情况，建议道：“我们也去看看吧？”虽然他当时被小智和小霞的化石盔吓了一跳，但是并不妨碍他对化石盔的化石感兴趣。小智和小霞见来都来了，也就同意了：“好吧！”
于是，小智一行人就向那群人的营地走去。到达营地之后，就听见那个记者说：“为了正式地进行发掘调查，他们已经在此建立了扎营基地。”然后那个记者指着一块化石继续说道：“大家看到了，这个就是造成这次话题的化石盔的化石。几天前，一个渔夫用渔网捕获的。根据宝可梦博士的鉴定，现在已经证实，这就是货真价实的化石盔化石，又经过多方鉴定，终于得知化石是从这座岛漂流出去的。”
听到这话，小建非常兴奋地说道：“太好了！是真正的化石盔化石耶！”小霞在一旁爆出消息：“其实化石盔小智也有，他还有镰刀盔，菊石兽和多刺菊石兽，以及一只化石翼龙呢！”小建听了小霞的话，吃了一惊：“什么？小智，你有这么多化石宝可梦啊！请一定要让我观察。”小智回答道：“它们现在都在大木博士的研究所呢，反正你以后要去，到时候再看吧，你可以好好观察。”
小霞在得知这件事情的真实情况后，就兴趣缺缺地说道：“我们还要待在这里参加挖掘化石吗？”小智想了一下，说道：“反正来都来了，就一起去看一下吧。”
小智一行人就走了过去，看到一个记者正在采访一名乔伊小姐，感到十分惊讶，毕竟，乔伊小姐平时都是坐镇在宝可梦中心的。
面对记者的采访，乔伊小姐说：“这次发掘调查的主要目的：调查化石盔这种绝种宝可梦的生态，并且解开化石盔精髓的秘密。”记者发问：“化石盔精髓的秘密？”
乔伊小姐点了点头，继续说道：“一直流传在各地的传说中，化石盔的精髓能够制造长生不老药。为了解开这个迷团，我们希望找到大量化石盔化石。只要解开了这个迷，对于促进医学的进步肯定有帮助。”说完，就调整好队伍继续出发了，而小智一行人也跟在队伍的后方。
一路上，卡蒂狗走在前探路，豪力在后面背东西。来到了一处丛林中，突然，卡蒂狗叫了起来“wan！wan！”一人问道：“卡蒂狗，怎么了？”乔伊小姐也走过去问道：“出什么事情了吗？”那人说道：“不知道，但是卡蒂狗发现了什么。”乔伊小姐环顾四周，没有任何发现。
就在这时，前方陡坡上一块球形的大岩石滚了下来，大家都开始向后退。小霞也赶紧将波克基古叫到身边：“波克基古，快回来。”波克基古听到后立刻飞回小霞身边。小智对身边的两只伊布下达指令：“伊布，使用挖洞，将地挖松。”两只伊布迅速下潜，巨石到达伊布挖洞的地方的时候，随着一声响，巨石陷了下去。小智摸了摸两只伊布的头，称赞了一番：“辛苦你们了！”
随后，大家在乔伊小姐的带领下继续前进。终于，在走过一段路后，大家到达了乔伊小姐所说的目的地。
于是，那些人开始派出各种大型宝可梦：豪力，钻角犀兽之类，开始挖掘工作。而小智一行人则悠闲地坐在一旁休息。
就在这时，一堆岩石从上面滚下来了。乔伊小姐立刻喊道：“大家快逃！”大家慌忙四散开来。小智则马上反应，让皮卡丘和伊布进攻：“皮卡丘，铁尾；伊布，双重暗影球。”皮卡丘和伊布成功地将落下来的岩石打碎了。
乔伊小姐看到小智用宝可梦将岩石打碎后，迅速反应过来：“钻角犀兽，把岩石破坏掉；豪力，挡下岩石。”立刻就模仿小智用宝可梦来挡岩石。
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