事实上，东南六路的反正自立也并非是一帆风顺的，除了京东东路的整体基础非常好之外，其他的五路，包括两浙路，都会出现了一些个别的知县、甚至是知州拒绝接受其路帅守的自立命令，声称他们依旧效忠于当今天子，拒绝承认元符太子，并斥责他们是阴谋叛乱。
针对这样的情况，秦刚与赵驷早就商量好两种不同的对策：
一种就是处于内陆或与他路交界的、以及交通不便的地方，例如淮南东路的西部宿州、亳州等地，福建路的西部、两广的西北等，都属鸡肋之地，可直接放弃，任其去做忠臣良将，反正那里也搅不出什么水花来。
而一旦是沿海沿江、交通要道、重要物产之地，正好利于飞鱼军可以雷霆之势，发动快速打击，直接缉拿顽抗官员，就地免职，同时更换新任的官员。
对于这样的一个重要任务，赵驷考虑再三，还是交给了方腊。反正现在京东东路的防务，已经由耽罗岛水师接管，以方腊的能力，回归飞鱼兵更能胜任。
飞鱼军擅长闪电战，他们往往会在外海就更换成蒙冲快艇，每艘快艇只需配备七人，而且多为普通渔民的装扮，根据实际情况灵活选择直接突击、或者是蒙混过关。
同时，这些出了问题的地方，大多都已有流求特勤房人员渗入。他们会在飞鱼兵在到达之前，拿到当地极其详细的情况并作内部响应，根本不需要使用攻城与阵地战等费时费力的打法。
福建路漳州，知州薛昂。
薛昂，字肇明，杭州人，乃是蔡京死党。虽然他是元丰八年的进士，拜翰林学士后，却因不称职而被哲宗罢。
关于这薛昂的寡才还有一则轶事：其自称王安石的新学门人，一日陪王安石下棋赌诗，局败，诗却作不出来，王安石则代他作了一首，一时被人耻谈。
薛昂无才却有心，在蔡京发迹之后，他便毫不犹豫地对其跪舔，不仅改称为蔡京门生，还举家为蔡京避讳，有误及辄加笞责。甚至有时薛昂自己误及，也会立即自批其口。蔡京听说后大悦，于是便先安排其知漳州，说只要他好好做，很快就会再调其知福州，还能回京重用。
但是新任知福建路帅守陈觉民居然宣布福建路自立，改奉元符太子，这岂不是让他的回京升迁之路一下子就断了吗？
薛昂大怒，指责福建路诸司皆为叛逆，并立即向东京朝廷写信，表示自己一定会效忠朝廷，同时将会坚守漳州城，将其立成福建路最坚实的堡垒。
信送出后，薛知州立即开始调动漳州境内的所有军队，命令他们向州城聚集防守。哪知漳州原本的一营宣毅军，以及五营厢军，都因为屡欠军饷，早就逃得差不多了。最终赶到漳州城的士兵居然都凑不满一个营，而且个个破衣烂衫，像一队乞丐。
薛昂无奈，还只能硬着头皮给他们发了一个月的饷银，并任由他们在城中以部署防务为名，四下劫掠勒索，闹得是鸡飞狗跳，民怨沸腾。
方腊在得了漳州城的情报后，只带了两队十几人，打扮成避兵荒的乡人，在城门口塞了两名守卫各一陌钱后，便就被直接放了进去。看到城内乱七八糟、毫无章法的防务情况之后，便放弃了先偷袭军营的打算，直接带人冲进了知州衙门，将正在听曲享乐的薛昂一举擒获。
待知府衙门口张贴出拥立元符太子、响应东南自立的布告后，守城的那帮官兵居然一哄而散，连最起码的反抗都没有。
次日，随船而来的晁补之入城，宣布为新任知漳州。
晁补之之前因母丁忧，错过了与师弟们一同进流求的机会。之后被赵佶召回京，然后又被外任，做了河中府、湖州、密州等任，虽政绩卓然，仍被蔡京一党所陷去职。
秦刚经营京东东路时，把他复起知沂州。
晁补之来漳州上任，立即清查州衙积案，遍邀城中望族富商，宣布废除蔡党各项苛政杂捐，并在城乡按序推行京东东路已经试行成熟的城约乡约之政。
一时之间，漳州风气大变，百姓额手相庆。晁补之在送方腊等人离开时，只在身边留下了护卫数人，并道：“得民心者得天下，吾施太子殿下之仁政，何用刀剑乎？”
方腊甚为敬佩，但叮嘱留下的护卫：“城外即码头，若有意外，立即回流求报信为首务！”
当初由新菱川书院负责的启明星计划，实际上就分暗与明两部分。
暗的一块是由特勤房执行，大批人员先是进入京东东路，继而再入两浙路。如今，又随着形势的发展，开始转向淮南、福建以及广南两路主要城市。
而明的一块，则是从流求官学以及各州衙门的基层之处，挑选并针对培训了数百名年轻士子。这些人先是在京东东路开始陆续进入地方州县处理政务，待得他们积累了大量实践经验之后，又开始再向两浙路、以及之后的淮南、福建、两广等地的主要州县全面推开。
而此时方腊的飞鱼兵，则成为他们最重要的依靠力量，一旦出现有些州县原有官员或者是地方势力有危险举动或者是对抗趋势。飞鱼兵会利用海船的高度机动性，转战于这些地方，通过强有力的军事手段，确保六路自立之后的政务运转无碍。
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