在敌船绕过中间毁损的两艘先锋船的过程中，敌人的船队自然分成左右两队。这两艘敌船在绕行的过程中，偏离了主航道，大部分船只离鸣梁海峡两岸的山体距离较近。
李舜臣已经事先在海峡两岸埋伏了大量渔民，他们所用的武器是临时赶造的二十架投石机。不过，他们的“炮弹”可不仅仅是石头。每一架投石机跟前，都堆放了大量涂满柏油的木炭。每一架投石机前还配备五名手持火箭的朝鲜士兵。
见敌船进入射程，二十架投石机就像一个个臂膀粗壮的巨人一般，将一块块点燃后的，涂满柏油的木炭抛向敌船。
两岸的弓箭手也纷纷箭手中的神机火箭射向敌船。
一时间，鸣梁海峡内火球纷飞，箭矢飞啸。被木炭和火箭击中的敌船顿时着火燃烧起来。
“开枪，打死他们！”敌船上的士兵一边扑火，一边靠在船帮上，举枪射击岸上的兵民。
部分操作投石机的渔民中弹身亡。在敌人强大的火力压制下，岸上的兵民只得停止抛投木炭、巨石，伏在岩石后面躲避敌人的枪弹。
在鸟铳强大火力的掩护下，来岛通总率领余下的三十几艘战船，冲过受损战船，重新列好阵型，向着李舜臣冲杀过来。
“右满舵，调转船身，准备炮击！”李舜臣命令属下将船身调转，用船身另一侧的火炮对准敌船的方向。
等敌船进入射程，李舜臣再次命令火炮射击。来岛通总命令船队冒着炮火全速前进，他心里很清楚，只要接近敌人，敌人的火力优势就可锐减，自己人数上的优势才可充分显现出来。
朝鲜战船接连打出几个火炮齐射后，不再恋战，在李舜臣的命令下，调转船头，全速后撤。
见前面的敌人全速撤离，来岛通总命令船队全力追击。
此时，海峡内的战斗已经进行了近两个时辰。鸣梁海峡内，硝烟弥漫、杀气腾腾。
全速追击的来岛通总突然感觉船体速度忽然慢了下来。
“总指挥，海水落潮了。海峡内的海水突然回流向东，而且流速迅猛。我船难以高速行进。”副官查看水况后，向来岛通总汇报道。
“命令摇橹手用力摇橹，继续追击。绝不能让李舜臣从我的眼皮底下逃掉。”来岛通总已经杀红了眼，他望着前面同样慢下来的朝鲜战船，命令道。
来岛通总的话音刚落，就见从鸣梁海峡两侧的草丛中，快速驶出几十条小渔船。这些渔船借着水流的作用，快速向着倭军战船驶来。
这几十条渔船是附近渔民按照李舜臣的御敌计划，组织起来完成火攻任务的。
“总指挥，我们还是赶紧后撤吧，这密密麻麻的小船，应当是对方的火攻船。它们数量众多，难以抵御。”副官望着快速驶来的朝鲜渔船，对来岛通总建议道。
“命令船队，后队变前队，前队变后队，全速撤离。”无奈之下，来岛通总只得下令撤出战斗。
“调转船头，跟上去。”见火攻船将敌人逼退，李舜臣立刻命令战船停止撤退，转身顺流而下，追击敌船。
来岛通总望着退潮后，水位就下降的鸣梁海峡，内心生出一种不祥的感觉，多年的海战经验告诉他，李舜臣敢于以区区十几艘板屋船跟他的数百艘战船较劲，那肯定是有某些他不可预知的因素，影响甚至决定着这场实力悬殊的战斗的胜负。而这些他不可预知的因素肯定是有利于朝鲜军队一方的。
果然，就如来岛通总预想的那样，当他的二十多艘战船退至鸣梁海峡东入口处时，前面的水面上赫然露出一根根粗壮的木桩，这些深嵌在水底岩石中的木桩，密密麻麻地立在水面上，挡住了船只东去的路线。
“总指挥，我们被挡住了，怎么办？”副官惊慌地问来岛通总。
“八格！上了李舜臣的当了。命令部队，整理队形，准备战斗。”面对被堵死的退路，来岛通总抽出指挥刀，做好以死相拼的准备。
前面我们说过，这鸣梁海峡每隔几个时辰就会发生涨潮退潮的更替。涨潮时，海峡内水位升高，船只可以在整个海峡内畅通无阻。退潮时，海峡东侧入口处水位变浅。李舜臣事先命令当地民众在海峡东侧水底打入木桩，为的就是切断敌人退路。
李树臣整个的作战机会就目前来看，可以说是天衣无缝，不管是诱敌深入时间的把握，还是各作战单位出击的时机，都恰到好处。
敌船进入鸣梁海峡时，正值涨潮期，埋入海底的木桩影响不到船只的进入。海峡内的战斗，也基本上按照规划好的计划行使，朝军大反攻的时间正好是退潮开始的时间。
来岛通总派出五艘铁甲船列队于船队西侧，命令船上士兵用鸟铳和弩箭阻挡快速奔来的几十条朝鲜火烧船。
火烧船的渔民部分中弹身亡，余下的渔民纷纷跳入水中，躲在木船后面，划水推船前行。
这些体型较小火烧船在强劲海流的推动下，快速接近敌人的船队。当离最前面的五艘铁甲船约百米的距离时，渔民们点燃堆在船上的，用柏油浸过的草堆，然后，潜入水中，向后撤去。
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