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在夺取政权以后，忽必烈确立了“内立诸卫，屯田阅武，居重御轻”的方针，对蒙古汗国时期在中原推行的游牧分封领地制度进行了一系列重大改革。
首先，他即位之后，改变蒙古军分为两翼、由万户长而下一统到底的制度，改变由都元帅节制探马赤军和汉军的制度，设枢密院掌管全国军政，加强了中央集权。
其次，他花费三十多年时间，一边建立以汉人为主的侍卫亲军，同时以蒙古军“分屯大河南北，以余丁编立部伍，绝其虏掠之患” ，“遇征伐则遣之”，逐步确立了中央宿卫军（侍卫亲军）和地方镇戍军两大系统，作为保卫元朝中央统治政权的重要核心武装力量。
第三，为了防止汉军世侯拥兵自重，他改变汉军由私家掌握的状况，或令汉军世侯易军为将，或令汉军世侯改任民官。
对蒙古军的军官世袭制（怯薛军）也进行了改革，核心职位仍可世袭，但军队因调动分合而不再始终为某一家族所掌。第四，他为适应战争形势的变化，提倡使用铁火炮等新式武器，发展进攻型的、独立的水军和炮军，实施多兵种协同作战。
他还注意用南宋降将训练军队，学习南宋在军训方面的长处。第五，他在全国范围内推广军屯制度，以促进生产的恢复和发展，推动对边疆地区的开发，保证军队资粮的供应。
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忽必烈即位后，基本上采纳了刘秉忠、许衡等人的建议，逐步实行了“汉法”，基本上沿袭了金、宋的旧制，但同时也对蒙古“旧俗”进行改造。
至元四年（1267年），忽必烈下令建造太庙并且制作祭奠祖先所需的祖宗牌位，而且他选定了国家的历法，这是农业社会统治者必不可少的工作。
忽必烈鉴于本朝“舆图之广，历古所无”，像汉唐那样以初起之地或始封之邑为名，都不足以显示其盛大，于是在至元八年（1271年）发布《建国号诏》，取《易经》“大哉乾元”之义，以“大元”为国号。
在建元表岁、建立国号的同时，忽必烈又采纳刘秉忠等人的建议，适应统治地区南移的特点，将金朝的中都改名为大都，于至元十一年（1274年）正式迁都于此地。
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名字由来
白嘎力绘《忽必烈狩猎图》
忽必烈，在拉丁化蒙古文中为Oubilai。在蒙古语中，qubi意为“份子”，qubila为动词“分配”。
蒙古习俗，常以新生儿所遇重要的人、物、事件取名，而忽必烈出生时（元太祖十年，1215年），正逢成吉思汗攻取金中都之际。
成吉思汗命汪古儿等尽取金都府库财物，“每留一份为成吉思皇帝献，余则敷俵有差”。
此次收获，自成吉思汗建国以来是最丰盛的一次，其“俵分”自是一大盛事，忽必烈适生其时，故而由此取名。
会晤八思巴
《八思巴谒见忽必烈》复制品（北京首都博物馆藏）
元宪宗三年（1253年）四月到八月之间，忽必烈在南征途中到达六盘山一带，邀请八思巴前来会面。
忽必烈先是询问了藏族历史和萨迦班智达的情况，随后话锋一转，表示要派人去吐蕃摊派兵差、收取珍宝。
八思巴听后连忙说：“吐蕃不过是边远小地方，地狭民困，请不要摊派兵差。”
他再三陈请，忽必烈充耳不闻，八思巴说：“如此，吐蕃的僧人实无必要来此住坐，请放我们回家吧。”正当两人僵持不下时，忽必烈的正妻察必对忽必烈说，八思巴要比很多老僧在知识功德方面强许多倍，应该将他留下。
于是，忽必烈与八思巴再次会谈，问他：“你的祖先有何功业？”
八思巴说：“我的先辈曾被汉地、西夏、吐蕃等地的帝王奉为上师，故威望甚高。”
忽必烈不了解吐蕃的历史，就问：“吐蕃何时有王？这与佛书所说不合，必是虚妄之言。”八思巴就将吐蕃之王曾与汉地交战，吐蕃获胜，后又与汉地联姻，迎来公主与本尊神像的经过叙述一番（即唐蕃交战及文成公主入藏事），说佛书虽然不载，但有文书记载，查阅便知。
忽必烈翻看汉地史籍，发现这些在《唐书》里都有记载。此后八思巴又说了些典故，经验证都是真的，于是忽必烈对八思巴佩服有加，请求他传授喜金刚灌顶（藏传佛教重要仪轨之一）。
但八思巴又提出一个条件：“受灌顶之后，上师坐上座，要以身体礼拜，听从上师之言语，不违上师之心愿。”
忽必烈难以接受，这时察必又出来圆场：“人少的时候，上师可以坐上座。但当王子、驸马、官员、臣民聚会时，汗王坐上座。”就这样，忽必烈以八思巴为上师，奠定了后来元朝以藏传佛教为国教、设立帝师制度的基础。
八思巴应召谒见忽必烈，当时忽必烈夫妇及其子女以世俗人拜见上师的礼节会面八思巴，他们共二十五人先后在八思巴前受密宗灌顶。
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