见蒙古大军陷入混乱，皇太极敏锐抓住战机，四旗齐出，以女真本部精锐为先导，蒙古仆从军，蒙八旗，汉军八旗紧随其后，对蒙古大军发动反冲锋。
随后，岳托，多铎，阿济格，巴思哈，索尼等大将各领一旗，分四股箭头直插蒙古大军之中，鳌拜则独领白甲兵径直杀向林丹汗金帐所在，所过之处，无人能敌。
同时皇太极命令佟养性指挥乌真超哈不断向蒙古大军所在开炮，即使火炮炸膛，皇太极也不曾让炮火停歇。
皇太极明白，这一战是女真族背水之战，赢了，清国拥有草原；输了，清国将坠入深渊，十年之内无力再战！
捕鱼儿海决战，从白天打到日落，林丹汗虽有决战之心，但是在女真人的强势攻击和火炮的不断轰击之下，其部下人心已乱，所率各部纷纷解体。
林丹汗见大势已去，只能无奈率军西撤。而蒙古大军内部各头人见林丹汗下令撤退，顿时跑的比中军还快，结果慌乱之下，败局更甚，被清军一路追杀，丢盔弃甲之下，其所部遗弃人马辎重无数…
至此，捕鱼儿海之战，清军大胜！皇太极赌赢了…
…
见蒙古大军溃逃，皇太极心中大定，各旗追击到天黑之后，皇太极便下令各军收兵回营。
随后，清军各旗便停止追击，一路押送俘虏返回大营，战后，皇太极命人打扫战场，清点战利品，看着堆成山的俘获，皇太极乐的嘴都合不拢了…
“这才是我八旗大军，我清国勇士该有的样子啊…”
皇太极立于黑夜之中，看着无尽的俘虏和战利品，心中豪情万丈。
身后众旗主将领也是士气大振，纷纷恭维道：
“恭喜皇上，获得大胜，征服蒙古指日可待！”
皇太极闻言哈哈大笑：
“此战得胜，乃你我君臣齐心合力之功！待返回盛京，朕定当论功行赏！”
打了胜仗，还有奖励，众旗主自是喜不自胜。
“谢皇上恩典！”
豪格抓住时机，出声问道：
“皇阿玛，林丹汗新败，已逃往呼和浩特。此时当趁其新败，彻底铲除林丹汗势力。儿臣愿领所部为大军先锋，追击林丹汗！”
其他人见状纷纷附和：
“臣亦愿领所部，追击林丹汗！”
见军心可用，皇太极微笑点头。
“朕自然不会放过林丹汗的败军，不过不要着急，传令大军今日休整一晚，明日一早，发兵呼和浩特！”
“臣等遵旨！”
…
第二日一早，皇太极击鼓聚将，兵分三路，直扑呼和浩特城。于是，林丹汗在前面逃，皇太极在后面追，一连疯狂追杀了林丹汗残部整整四十一天…
至崇祯五年七月末，林丹汗方才率败军狼狈赶至呼和浩特，屁股还没坐热，便惊闻皇太极大军再度追击而来，顿时火冒三丈。
于是林丹汗重整大军，企图以呼和浩特城为依托，与皇太极再度决战。林丹汗的态度很明确，你皇太极很牛逼是不是？那老子就学明人，以坚城呼和浩特为依托，跟你打消耗战，就算打不赢你，老子耗也耗死你！
就这样，到崇祯五年八月，双方再度在呼和浩特城外摆开阵势对峙，这一次，林丹汗拥兵十万，皇太极大军六万，开始了第二次决战。
然而蒙古军刚刚遭逢大败，又一路逃遁，士气低落，反观清军，以得胜之势穷追猛打，士气高昂。
结局毫无疑问，这一战，林丹汗又败了。随后，林丹汗收拢溃军，据城而守，想要与皇太极打消耗战。
结果皇太极丝毫不慌，命佟养性拖来了红衣大炮（原名红夷大炮，因避讳清朝蛮夷，改名红衣大炮），对着呼和浩特城就是一顿猛轰。
最终，清军依托红衣大炮轰塌了呼和浩特城墙，清军趁势攻入城内，大杀特杀。
林丹汗没想到皇太极这么阴险，慌乱之中，率领残部仓皇渡过黄河，逃往鄂尔多斯，与皇太极大军隔河相望。而林丹汗在呼和浩特城囤积的大量物资给养，则通通便宜了皇太极…
…
崇祯五年八月下旬，林丹汗在鄂尔多斯的成吉思汗陵墓前举行仪式，并宣称自己为全蒙古的“林丹巴图鲁汗”，随后带领剩余部众逃至大草滩（现甘肃天祝藏族自治县）。
经此一役，林丹汗不但元气大伤，还在逃跑途中将自己的老婆孩子都丢了个干净，当真是狼狈至极。
而皇太极见林丹汗渡黄河远去也不再追击，率军凯旋而归。在归途中，皇太极又收拢林丹汗残部数万，便将其一并编入蒙古八旗之内。
此战，清军军势大盛，实力也攀升了一大截。皇太极再度控制了蒙古草原大部分地区。而此时，明朝内部正忙于内斗，朱由检团队并未察觉到清军西征草原的动向…
另一边，在西渡黄河之后，林丹汗于大草原永固城（今甘肃民乐县永固乡驻地一带）驻扎，但因资源匮乏，粮食所剩无几，林丹汗残部陷入巨大危机。
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