商鞅初行变法一年，秦民都说法令不便，太子甚至犯法，商鞅说：“法之不行，自上犯之。”本来要处罚太子，但考虑到太子身份尊贵，就处罚了太子的师傅公子虔和公孙贾。秦民不得不服从新法。十年之后，秦民都适应了新法，出现了“道不拾遗，山无盗贼，家给人足。民勇于公战，怯于私斗，乡邑大治”的局面。之前说新法不便的民众中有人又说新法方便，商鞅说：“此皆乱化之民也。”将他们迁徙到边疆，此后百姓都不敢妄议法令。后来公子虔又触犯法令，被处以劓刑。
收复河西失地、恢复秦穆公时期的霸业是秦献公、秦孝公两代国君的愿望。秦孝公继位后，更是将收复河西失地作为国家的首要任务之一。公元前354年，赵国进攻魏国的盟国卫国，夺取了漆及富丘两地（均在今河南省长垣县），此举招致了魏国的干涉：魏国派兵包围赵国首都邯郸（今河北省邯郸市）。秦孝公则趁魏军主力出击之机，派军队偷袭魏国，进攻魏河西长城重要据点元里（今陕西省澄城县南），大败魏军，歼灭守军七千人并占领少梁（今陕西省韩城市西南）。
公元前353年，赵成侯派使者向齐国求援，齐威王派兵分两路救援赵国，一路齐军与宋国景?、卫国公孙仓所率部队会合，围攻魏国的襄陵（今河南省睢县）。同年，魏军主力攻破赵国首都邯郸，但在桂陵之战被另一路由田忌、孙膑所率领的齐国军队击败。楚宣王也派大将景舍率兵救援赵国，夺取了魏国睢水、濊水之间的土地。
秦孝公趁魏国国内空虚之机，于公元前352年任命商鞅为大良造，率兵长驱直入，包围魏国并占领魏国旧都安邑（今山西省夏县西北）。魏惠王急忙派军队在上郡要地固阳（即定阳，今陕西省延安市东）以东修建崤山长城（东南起崤山，西北至黄河）来阻止秦军的进攻。公元前351年，商鞅又率兵包围并占领固阳。
公元前341年，秦国联合齐、赵两国攻打魏国。同年九月，秦孝公派商鞅进攻魏河东，魏派公子卬迎战。两军对峙时，商鞅派使者送信给公子卬，说：“我当初与公子相处的很快乐，如今你我成了敌对两国的将领，不忍心相互攻击，我可以与公子当面相见，订立盟约，痛痛快快地喝几杯然后各自撤兵，让秦魏两国相安无事。”公子卬赴会时被商鞅埋伏的甲士俘虏，商鞅趁机攻击魏军，魏军大败。魏惠王被迫割让河西部分土地求和，此时魏惠王说：“寡人真后悔没有听公叔痤的话。”商鞅因战功获封于商十五邑，号为商君。
公元前338年，秦孝公去世，太子驷即位，即秦惠王。商鞅变法涉及到利益的重新分配，“奖励耕战，实行军功爵制”为平民进入上层打通了通道，使秦国欣欣向荣，日益强大。但却打破了延续几百年的贵族的世袭制，因此得罪了贵族势力。商鞅在秦孝公病重期间，独揽军政大权，使秦国内部权力斗争激化。
因此，在秦孝公死后，公子虔等贵族势力便罗织罪名，诬其谋反。秦惠文王下令追捕。商鞅逃亡至边关，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，见他未带凭证，告以商君之法，留宿无凭证的客人是要治罪的。商鞅想到魏国去，但魏国因他曾骗擒公子卬，拒绝他入境。
商鞅回秦后被迫潜回封邑商於，发动邑兵攻打郑县〔今陕西省渭南市华州区（华县）〕。秦惠文王派兵征伐，结果商鞅在彤地〔今陕西省渭南市华州区（原华县）西南〕失败战死。其尸身被带回咸阳，处以车裂后示众。秦惠文王同时下令诛灭商鞅全家。
商鞅在变法之争时提到的“圣人苟可以强国，不法其故；苟可以利民，不循其礼”就成为了秦国政治的指导原则，使秦国领先于山东六国。其次，商鞅执法不避权贵、刑上大夫表明了他坚决贯彻了法家的这一主张。最后，法家还有一个共性就是，商鞅一样抱着法家“明法”的态度和精神来推行政治改革，让百姓知晓法律。
商鞅独立的思想的影响主要表现在三个方面。首先，商鞅主张全农的经济政策，为此他颁布了《垦草令》，制定出二十种重农和开垦荒地的办法。一方面直接或间接的刺激农业发展，一方面打压工商业。其次，商鞅主张重刑厚赏。商鞅认为人的本性是趋利畏罪的，只要重刑厚赏，就可以很好的治理人民，使国家安定。为此商鞅一方面制定严酷的刑法治理人民，一方面重赏立信。第三，商鞅主张重战尚武，具有军国主义思想。最后，商鞅主张国家应统一民众的心智，制定统一的制度，实现统一的目标。
商鞅的思想在商鞅死后经过发展逐渐形成一门学派，名为商学派。商学派经过建立、开拓、发展、定型和后劲五个阶段，配合秦的历史，逐渐成为主宰秦国乃至秦朝的思想主流。
商鞅在起草了新法、尚未颁布之际，害怕百姓不信，就在国都市场南门立一个三丈高的木头，招募能将其搬到北门的民众，许诺赏十金。民众感到奇怪，没人敢应募，商鞅又将赏金提高到五十金，有一个人应募，商鞅果然给了他五十金，然后才颁布新法，是为徙木立信的典故。
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