七、室町开府
建武三年（1336年）十一月七日，足利尊氏公布了《建武式目》的十七条，向天下宣布幕府的复兴，并展示了今后施政的基本方针。这一文件不仅明确了幕府的政策方向，也为室町幕府的建立奠定了法律基础。从建武三年（1336年）到建武四年（1337年），幕府的组织结构逐渐确立。足利尊氏在这段时间内被拜为权大纳言，历应元年（1338年）八月十一日，他正式就任征夷大将军，位阶进入正二位，室町幕府正式成立。
在此期间，后醍醐天皇于建武三年（1336年）十二月二十一日秘密逃出京都，潜行至大和吉野，开设朝廷（史称南朝），与足利尊氏拥立的京都朝廷（史称北朝）对抗，日本的南北朝时代正式开始。后醍醐天皇呼吁全国讨灭足利氏，派遣皇子、诸将在各地努力扶植收复京都的势力。作为应对，足利尊氏任命一族为守护，配置于各国，特别是在关东、九州等前代以来的有力豪族拥有守护职的地方，设置了关东管领、九州探题，以对抗南朝势力，形成了对日本的全面控制布局。
两军的战斗在各地展开。北陆方面，新田义贞进入金崎城，与本据地上野、越后联络开始活动。重视事态的足利尊氏让越前守护斯波高经、若狭守护斯波家兼兄弟负责对付新田义贞，并派执事高师直之弟高师泰作为后援。高师泰等在建武四年（1337年）三月攻陷金崎城，尊良亲王自杀，恒良亲王被捕。斯波军在此后与新田军激战。历应元年（1338年）闰七月的藤岛之战，新田义贞败死，这对南朝方是一个极大的打击。
奥州方面，北畠显家受到足利军的猛攻，不得不放弃多贺国府。建武四年（1337年）正月，他转移到伊达郡的灵山，由于后醍醐天皇的命令再度踏上西上之途。同年八月，带领十万精锐出发。十二月，导致在镰仓辅佐足利义诠的斯波家长败死。历应元年（1338年）一月，北畠显家到达美浓。于是足利尊氏派遣高师冬防御显家军，高师冬的军势在同国青野原大败。北畠显家军自此南进伊势，经伊贺向奈良进发，准备进攻京都。对此，足利方的高师直率大军南下，二月在般若坡击破北畠显家军，连战之末的五月，北畠显家在和泉石津败死。
北畠显家、新田义贞的相继阵亡，对南朝方来说是极大的打击。后醍醐天皇为了挽回颓势，采用再次派遣皇子到各地的策略。同年九月，怀良亲王作为征西大将军下向西国，义良、宗良两亲王与北畠亲房及其次子北畠显信等下向东国。伊势出航的义良亲王一行，在途中遭遇暴风雨，义良亲王（后村上天皇）被吹回伊ise，宗良亲王漂至远江国，只有北畠亲房成功到达目的地常陆。进入常陆的北畠亲房为争取南朝的据点而奋斗，不久由于关东执事高师冬的东下逐渐受到压迫。康永二年（1343年）十一月，北畠亲房含恨返回吉野。自此之后，后醍醐天皇在历应二年（1339年）得病，八月十六日在吉野去世，义良亲王即位，即后村上天皇。
足利尊氏接到后醍醐天皇驾崩的消息后，十分感慨，立刻停止幕府的杂务七天，以表示哀悼之意。同年冬天，为了吊唁天皇的菩提，他在洛西之地创建了天龙寺。历应四年（1341年）七月，天龙寺竣工时，足利尊氏与足利直义一起出席，亲自负责着土。
八、观应扰乱
观应扰乱是室町幕府早期的一次重大内乱，发生在足利尊氏与足利直义兄弟之间。这场内乱不仅影响了幕府的稳定，还导致了南北朝之间的进一步对抗。
后醍醐天皇去世后，南朝逐渐丧失了势力。贞和四年（1348年）正月，楠木正行在河内的四条畷败死，后村上天皇逃往奥地的贺名生，南朝完全成为徒有其名的存在。此时，足利方内部出现了足利尊氏与足利直义兄弟的不和，引发了内部纠纷，即观应之扰乱。
在日本历史学家佐藤进一的描述中，室町幕府初期实行了一种“两头政治”：足利尊氏掌握主从制的支配权，而足利直义则拥有实际的统治权。这种权力分配虽然在一定程度上保持了幕府的稳定，但也埋下了内部纷争的隐患。
贞和五年（正平四年，1349年），以高师直为首的反直义派与直义发生了强烈冲突。高师直一派袭击了足利直义，直义逃往尊氏的邸宅中避难。然而，高师直包围了尊氏的邸宅，要求直义隐退。最终，足利直义被迫出家退隐。在这次事件中，足利尊氏最初持中立态度，但最终也扮演了积极的角色。
足利尊氏让自己的嫡子足利义诠从镰仓回到京都，代替直义之位，行使政务；次子足利基氏则代替义诠之位，封为镰仓公方，在东国设置镰仓府。直义退隐后，其犹子足利直冬（也是尊氏的庶子）在九州扩大了直义一派的势力。
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