后古典期（公元900—1527），在其前期（公元900—1250），南部和北部出现文化变革，托尔特克人到达中部高原并实行政治统治，将其宗教、礼仪、习俗强加于玛雅人，建立玛雅城，由科科梅家族进行统治；在北部地区，玛雅文化和托尔特克文化融合，产生着名的玛雅潘文明。
在后期（1250—1527），玛雅中心相继遗弃，政治解体，出现一些小城镇相互斗争。1519年西班牙殖民军将领科尔特斯征服了尤卡坦和危地马拉，塔亚斯卡尔的伊察人由于地处偏远和反抗西班牙殖民者，长期保持自治，直至1627年整个玛雅地区被征服。
作为中美洲最着名古文明之一的玛雅文明，与特奥蒂瓦坎城有着紧密联系。玛雅人在建筑和数学方面有着极大的贡献。大约公元前2000年到公元900年期间，玛雅文明在现代墨西哥、伯利兹、洪都拉斯和危地马拉一带蓬勃发展。玛雅人完善了奥尔梅克人创造的历法和象形文字，并发明了一种可书写的数学体系，主要用于记录粮食产量、人口数量，及辅助贸易算数。
因依赖于原始农业，玛雅人的生活区域被农场包围，他们沿着主要的贸易路线修建了数以百计的城邦，包括科潘、蒂卡尔和奇琴伊察等，以及庙宇、神像、金字塔和天文观测台。在没有铁制工具的辅助下，建造了如此多的宏伟建筑，说明当时的建筑水平已经相当高超。
但是，由于贫瘠的土壤和持续了近两个世纪之久的干旱，玛雅文明在公元900年左右开始衰落，玛雅人不得不抛弃这个庞大的人口中心城市，繁荣一时的玛雅文明从此一蹶不振。
16世纪20年代，即1520年左右，当西班牙人来到这片土地时，玛雅人已经变得弱势，几乎没有组织机构或抵抗能力。不过，西班牙人却发现了有关玛雅人历史的象形文字，这些文字被记录在称之为法典的折页书中。1562年，因为担心改信基督教的玛雅人会反悔，恢复他们原本的传统宗教习俗，基督教主教-迭戈·德·兰达，搜集了所有玛雅法典，并付之一炬。以至于最后仅能找到少量幸存的玛雅法典，而玛雅文字基本成了死文字。
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