在师兄两个助手的帮助下，中铁十四局法务部的人也过来帮忙做起诉张小苗以及先锋科技公司的准备工作，当一切都准备好之后，中铁十四局雇佣的律师以林长生的名义。正式向张小苗及先锋科技公司发起起诉。
正如林长生所料定的那样，金风科技公司对临床是要求30%的股权无法同意。期间林长生在电话里面也多次与他们周旋，一点一点的和他们讨论股权问题。按照司马南的要求，就是让他们放松警惕，打他们一个措手不及。
先锋科技公司收到法院的传票的时候，他们才知道上了林长生的当，再也没有与林长生谈股权分配时的客气，随之而来的是疯狂的辱骂，但这又有什么用呢？
经过三个月的漫长拉锯战，在充分证据面前，特别是省内权威专家常教授的出庭作证，证明这项专利是自己的学生早在2001又开始从事这项研究，并多次向自己咨询过，再加上几个师兄弟分别从全国各地赶过来出庭作证，证明林长生早就在从事这项专业的研究。林长生在在法庭上出示了当年他交给张小苗的那些资料，上面还有张小苗的整理笔记，以及他在和先锋科技公司宋总及张小苗谈话录音，所有的证据都指向林长生才是这项专利的真正拥有者。
法院作出判决如下。一是张小苗涉嫌抄袭林长生的专利，取消张小苗以前申请的专利，张小苗赔偿林长生的专利损失1500万元。二是由于张小苗的专利涉嫌抄袭，张小苗与先锋科技公司签订的技术转让合同作废，先锋科技公司不再拥有这项专利权。三是张小苗涉嫌抄袭别人的专利，利用虚假专利信息与先锋科技公司签订研究合作合同，赔偿先锋科技公司前期的研究投入250万元，张小苗涉嫌抄袭别人研究成果与先锋科技公司签订技术转让合同，在先锋科技公司5%的股份作废，退还三年以来在先锋科技公司获取的红利1370万，共计退房先锋科技公司1620万。四是鉴于张小苗在抄袭侵权的活动中，自身也为科学研究作出了贡献，对社会发展作出了积极的贡献，没有造成不良影响。原告不追究张小苗涉嫌抄袭的责任，双方达成谅解，法庭认为本次只涉嫌经济侵权责任，不再追究张小苗的刑事责任。
当法官宣读完判决书之后，张小苗直接瘫坐在被告席上。嘴里不停的念叨着：完了全完了。他没有想到林长生当面答应原谅他，背后却在积极的进行上诉，他将还给他的资料变成了他抄袭林长生专利的有力证据。他脑子里面一片空白，到法官问他是否上诉时，张小苗都死死的盯着林长生，法官反复问了他三次，在法官的提醒下，他才听清楚法官的提问。在铁的证据下，林长生又没有追究他的刑事责任，他只能选择服从判决。
与张小苗措手无策不同，先锋科技公司的宋总以及他们的律师团队显得镇静得多，显然他们对这种经济纠纷案件已经习以为常，他们现在后悔的是没有答应林长生提出30%的股权要求，现在事情已经不可逆转，只得在法定上服从判决，不再上诉。
张小苗在妻子夏雪的搀扶下，艰难的走出了法庭。不到1米6的夏雪扶着身高1米95张小苗显得十分吃力，张小苗显然还没有从判决的绝望中走出来，3000多万的赔款。他拿什么来还。
此时先锋科技公司却开始落井下石，公司的办公室主任要求张小苗一个星期之内立即腾出公司给他安排的别墅，收回公司给他配备的车辆，腾出自己的办公室。
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