朱元璋意识到，部队军纪存在问题，他们攻破城池后，扰民滋事，掳掠妇女，这样下去，部队将失去民心。于是，朱元璋召集众将，申明纪律，下令归还军中有夫之妇，让城中许多被拆散的夫妻团圆。此事广为传颂，朱元璋深得民心。
随着战功的积累，朱元璋在起义军中的地位不断提升。但郭子兴的队伍内部矛盾重重，派系林立，朱元璋意识到难以在此实现自己的抱负。
1353 年，朱元璋征得郭子兴同意，带领徐达、汤和等二十四名亲信南下定远，开启了独立发展的道路。
在定远，朱元璋巧用计谋，收编了当地民兵三千余人。随后，他挥师攻打元军占据的横涧山，元军兵力两万有余，而朱元璋所部仅有四千余人。
但朱元璋精心部署，分兵多路，采取声东击西的战术，最终以少胜多，大败元军，缴获了大量的粮草和兵器，实力大增。
此后，朱元璋相继攻克滁州、和州等地。在和州，他面临着军粮短缺的困境。此时，他得知和州附近的巢湖水寨存有大量粮食，但水寨被元军和其他势力包围。朱元璋亲率大军，与水寨首领联合，击退了敌军，成功获取了粮食，解决了燃眉之急。
1355 年，郭子兴病逝，小明王韩林儿任命郭子兴之子郭天叙为都元帅，张天佑、朱元璋为副元帅。
郭天叙和张天佑在攻打集庆路（今南京）时战死，朱元璋顺理成章地成为了这支义军的实际领袖。
朱元璋深知要在乱世中立足，必须拥有稳固的根据地。1356 年，他亲率大军攻打集庆路，采用火攻战术，突破了元军的防线，成功占领集庆路，并改名应天。此时，他的兵力已达十万余人。
应天周围强敌环伺，东边有张士诚，西边有陈友谅。朱元璋采取了“高筑墙，广积粮，缓称王”的策略，默默积蓄力量。
1360 年，陈友谅率领大军东下，直逼应天。朱元璋采纳刘基的建议，设下伏兵，在龙湾大败陈友谅，陈友谅狼狈而逃。此役过后，朱元璋的势力进一步壮大。
1361 年，小明王韩林儿封朱元璋为吴国公。朱元璋继续扩充实力，整饬军队，加强训练。他还注重发展经济，鼓励农耕，减轻百姓赋税，使得根据地的民生得到改善，为后续的战争提供了坚实的物质基础。
1363 年，陈友谅倾尽全力，打造了数百艘巨型战舰，率领六十万大军围攻洪都（今南昌）。朱元璋亲率二十万大军救援，与陈友谅在鄱阳湖展开了一场生死决战。
战斗初期，陈友谅的战舰高大，朱元璋的军队处于劣势。但朱元璋沉着应对，利用风向，采用火攻战术，烧毁了陈友谅的大量战舰。经过三十六天的激战，陈友谅中箭身亡，其军队溃败。鄱阳湖之战的胜利，奠定了朱元璋统一江南的基础。
1359年，朱元璋陆续攻占浙东余下各地，常遇春克衢州、胡大海克处州，至此朱元璋部控制江左、浙右各地，向西与陈友谅部相邻。
是年五月，小明王升朱元璋为仪同三司、江南等处行中书省左丞相。1361年正月，封朱元璋为吴国公。
此时，尽管朱元璋拥有十万兵力，但是占有的地盘仍然很少，而且四面受敌。东面和南面是元军，东南是张士诚，西面是徐寿辉，虽然同是反元武装，但是张、徐二人同小明王却相互敌视。
不过，北面小明王、刘福通率领的红巾军主力，大大牵制了元军，而且，张士诚、徐寿辉的力量还不足以兼并朱元璋。张士诚占据一方，其势力雄厚，兵强马壮。方国珍则凭借海上优势，频频滋事。这样一来，朱元璋暂时面临着一个很好的发展机会。
朱元璋精心谋划战略。对张士诚，他逐步蚕食，切断其补给线。在激烈交锋中，朱元璋亲自指挥，于 1367 年攻破张士诚大本营，张士诚兵败就擒。
在收编张士诚的军队时，朱元璋得到了不少有能力的将领和士兵。其中，潘元绍的将领选择归降。朱元璋看重他的军事才能，对其加以任用。而对于那些顽固抵抗、不愿归降的士兵，朱元璋依法处置，以维护军纪和稳定。
在与方国珍的战斗中，朱元璋水陆并进。方国珍势力很快瓦解，无奈投降。方国珍的部下中，叶兑的谋士选择归顺朱元璋。朱元璋欣赏叶兑的智谋，多次向他请教策略。叶兑也积极为朱元璋出谋划策，在后续的治理和征战中发挥了重要作用。
通过巧妙的策略和收编人才，朱元璋成功消灭张士诚、方国珍等势力，统一江南。此后，他大力改革，加强军事管理，发展经济，为建立大明王朝奠定了坚实基础。
在与方国珍的战斗中，朱元璋水陆并进。方国珍势力很快瓦解，无奈投降。
方国珍部下有一位谋士刘仁本选择归顺朱元璋。朱元璋欣赏刘仁本的智谋，多次向他请教策略。刘仁本也积极为朱元璋出谋划策，在后续的治理和征战中发挥了重要作用。为朱元璋出谋划策，在后续的治理和征战中发挥了重要作用。
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