三更时分，司马德戡在东城集结数万人，举火与城外呼应。炀帝看到火光，听见外面喧哗，把裴虔通叫来询问何事。裴虔通旁若无事的说：“草坊着火了，正在扑救。”炀帝信以为真，没再多问。（加图片，司马德戡）
宇文智及、孟秉则在城外集结了千余人，分别把守各街巷。燕王杨倓察觉有异，趁夜从芳林门一侧水道中潜入城内，到达行宫，诈称自己中风，危在旦夕，需面见皇上请辞。大事将发，裴虔通怎么可能放他进去，让人把他囚禁看护起来。
十一日，天色未明。裴虔通领着司马德戡交予他的数百骑兵进入宫殿，逼迫内殿卫士放下兵器退出。右屯卫将军独孤盛惊诧地质问裴虔通：“你带这些兵干什么。”
裴虔通答：“与将军无关，请你稍安勿动。”独孤盛大骂：“老贼，你这是怎么说话。”说完，来不及披甲，带着身边十余人出战，终因寡不敌众，为叛军所杀。
千牛独孤开远率数百殿内守兵来到玄览门，叩门请示：“我们兵甲都在，足以破贼。陛下如果亲自观战，人心自定。否则不然，就将大祸临头。”里面竟无人应答，军士们只得各自散去。
当初，炀帝挑选了数百健壮宦官安置在玄武门，以备非常之事。宇文化及贿赂内殿主管魏氏，让她做内应。起事这天，魏氏矫诏把数百宦官打发了出去，叛军入宫无一人在场。
司马德戡等自玄武门进入殿内，炀帝闻讯急忙逃往西合。裴虔通拍打左合门，魏氏开门迎接，叛军进入永巷，大声质问：“陛下在哪？”一位美人用手指向炀帝藏身方向。
校尉令狐行达拔刀向前，炀帝隔窗问道：“你要杀我吗？”令狐行达说：“臣不敢，只想拥奉陛下西归长安罢了。”
裴虔通是炀帝当晋王时的亲信，炀帝看着他问：“你不是我的故交吗，因何反我。”
裴虔通低头说：“臣不敢，只是将士思乡，想与陛下同返京城。”
炀帝顺着他们说：“联也正准备回乡，现在就同你们一起回去好了！”裴虔通派人把炀帝暂时看管起来。
第二天一早，孟秉持迎接宇文化及。宇文化及浑身战栗无法言语，有人拜见，只是手扶马鞍低头念叨“罪过”。
一行人来到城门，裴虔通将他们引入朝堂，称呼宇文化及为丞相。又走进内殿对炀帝说：“百官都在朝堂，陛下需要亲自出面慰劳。”
随即牵马逼炀帝上去，裴虔通一手持刀，一手扶马辔走出宫门。乱兵们兴奋的鼓噪欢呼，宇文化及大声说：“你带他出来干什么，赶紧把他拉进去杀了。”炀帝忙问：“虞世基在哪？”马文举答：“已经杀了。”
于是又将炀帝带回内殿，裴虔通、司马德戡盯着炀帝持刀站立一旁。炀帝长叹着说：“我有什么罪，非要杀我。”
马文举道：“陛下你抛弃宗庙巡游不息，穷兵黩武奢侈无度。让成年壮丁惨死于刀刃之下，柔弱女子倒毙在沟壑之中，四方民众无法耕种，强盗贼寇蜂拥而起。任用佞臣，不听忠言，怎敢说无罪！”
炀帝看着裴虔通、司马德戡说：“我的确有负百姓，至于你等，荣华富贵到了极致，为何如此待我。今天这事，究竟是谁指使。”
司马德戡说：“全天下都恨你，又岂是一个人的主意。”宇文化及让大臣封德彝数落炀帝罪过，炀帝道：“卿是士人，怎么也做这种事。”封德彝羞惭退下。
炀帝爱子赵王杨杲年仅十二，躲在炀帝身后吓得痛哭不止，裴虔通随手一刀将越王砍倒，鲜血喷溅了炀帝一身。
叛军见裴虔通动手，拥上前来欲杀炀帝，炀帝说：“天子自有天子死法，怎可强加刀刃，去取毒酒来。”马文举等不答应，令狐行达强迫炀帝坐下，炀帝解下束身布带给他，被当场勒死。
叛军一不做二不休，又接连杀掉蜀王杨秀、齐王杨暕、燕王杨倓等皇室宗亲。秦王杨浩因平素与宇文智及往来密切，免死。大臣虞世基、裴蕴，大将军来护儿等数名高官也被一并处死。
宇文化及自称大丞相，总管百官。以萧后名义，让秦王杨浩做了傀儡皇帝。
二十七日，宇文化及下令全城戒严，取道彭城（江苏徐州）水路西还长安。
临行前，派折冲郎将沈光巡行宫禁，遇到虎贲郎将麦孟才、虎牙郎将钱杰。这三人都曾受过炀帝恩惠，对宇文化及抢班夺权非常痛恨，便合谋造反袭击宇文化及。谁知事情败露，宇文化及提前逃出，三人扑空反被司马德戡所围，三人及数百部属尽皆战死。
四月二十五日，宇文化及带着六宫佳丽、傀儡杨浩，及十余万大军缓缓西行，沿途奢侈淫逸比炀帝更有过之。每天都像模像样的在帐中面南而坐，有人奏告事情，只会嗯嗯应付。下朝后，才将奏折交与幕僚处理。
走到彭城，水路不通。宇文化及派人抢了两千多辆牛车，载上宫女、珍宝前行。辎重、甲具却交由士卒背负，路途遥远难行，士卒们疲惫不堪，怨气满腹。
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