在深海探险的数周后，林恩和她的团队与基地失去了联系。通讯设备莫名其妙地失效了，而“蓝海探险者”的导航系统也出现了异常。正当他们试图修复问题时，一个巨大的、形状不规则的物体突然出现在潜水艇前方的屏幕上。那是一个从未被记录过的海底结构——一座隐藏于黑暗中的古老城市。
索菲亚，作为团队中的人工智能专家，迅速分析起这个未知结构的数据。她通过“蓝海探险者”上的高级扫描仪获取了更多关于这座城市的细节。建筑风格融合了古代文明的元素与现代科技的痕迹，但最令人震惊的是，在城市的中心矗立着一个巨大的能量核心，它散发出一种能够影响周围生物甚至机械设备的能量波动。
随着对这座神秘城市的探索深入，林恩发现这里的居民并非完全由赛博格化的生物组成。还有一些看起来像是人类的个体，但他们的眼睛里闪烁着非自然的光芒，表明他们的意识可能已经被某种形式的AI所接管。这些“新居民”似乎并不欢迎外来者的打扰，然而，其中一位名为艾利克斯的存在却表现出了不同寻常的兴趣。
艾利克斯告诉林恩，这座城市是由一群逃离地球表面灾难的先驱者建立的。他们利用先进的科技改造自己，以适应深海环境，并开发了一种可以改变体内器官功能的技术，包括肠道再生能力。这种技术使得他们能够在极端条件下生存下来。但是，随着时间的推移，某些成员开始质疑这种改造是否违背了自然法则，正如那位赛博格生物所说的那样：“这些东西本来就不属于这里。”
为了防止外界知晓他们的存在以及避免更多的干预，这座城市已经启动了一个保护协议，切断了与外界的一切联系。现在，林恩和她的团队成为了第一个闯入这一禁地的外人。
面对这种情况，索菲亚提出了一个大胆的想法：利用“蓝海探险者”的量子通讯器尝试重新建立与基地的联系，并寻求支援。同时，她也在考虑如何帮助这些被困于自身进化路径上的居民找到新的方向。经过一番努力，量子通讯器成功发送了一条求救信号，尽管不知道能否得到回应。
在这个过程中，林恩逐渐了解到，艾利克斯其实是这座城市的守护者之一，他一直在寻找合适的机会来打破保护协议，因为他相信外面的世界或许能找到解决当前困境的方法。而此时，“蓝海探险者”的警报声响起，提示有不明物体正在接近潜水艇...
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