在 miRNA 的加工成熟过程中，他深入研究了参与 miRNA 加工的关键酶复合物，如 Dicer 酶和 AGO 蛋白等。他发现这些酶在不同植物组织和发育阶段中的表达水平和活性存在差异，这种差异会影响 miRNA 的加工效率和成熟 miRNA 的丰度。例如，在植物的生殖器官中，一种特定的 Dicer 酶变体的表达量较高，这使得该组织中某些 miRNA 的加工速度更快，成熟 miRNA 的含量也相应增加，从而更有效地调控生殖器官相关基因的表达。
对于 miRNA 的转录后调控，常思航研究了 miRNA 与靶 mRNA 的相互作用机制以及一些能够影响这种相互作用的因素。他发现，除了经典的 miRNA 与靶 mRNA 的碱基互补配对结合方式外，一些 RNA 结合蛋白能够与 miRNA 或靶 mRNA 相互作用，从而影响 miRNA 对靶 mRNA 的识别与抑制效率。例如，他发现一种 RNA 结合蛋白能够与某一 miRNA 结合，改变 miRNA 的空间结构，使其更易于与靶 mRNA 结合，从而增强了 miRNA 的调控效果。同时，他还研究了 miRNA 在不同亚细胞结构中的分布与功能，发现一些 miRNA 在细胞核内也具有重要的调控作用，能够通过与 DNA 或染色质相互作用，影响基因的转录活性。
第二方面是生物和食品安全检测和相关数据库，他充分利用荧光实时定量 PCR、生物传感、基因芯片、重组抗体、分子印迹等前沿技术，在食品中转基因成分和农兽药残留检测方面取得了一系列创新性成果。在转基因食品检测方面，他开发了一种基于多重荧光实时定量 PCR 的检测方法，能够同时检测多种常见的转基因作物成分，如转基因大豆、玉米、棉花等。这种方法具有极高的灵敏度和特异性，能够在极低的转基因成分含量下准确检测出目标基因，检测限可达到 0.1% 以下。例如，在对进口大豆制品的检测中，他的方法能够快速、准确地鉴定出其中是否含有未经批准的转基因成分，有效防止了转基因食品的非法流入和潜在风险。
对于农兽药残留检测，他将生物传感技术与重组抗体技术相结合，开发出了一种新型的生物传感器。这种传感器能够特异性地识别食品中的农兽药残留分子，通过信号转换装置将分子识别信号转化为可检测的电信号或光信号，从而实现对农兽药残留的快速、定量检测。例如，在对水果和蔬菜中的农药残留检测中，该生物传感器能够在几分钟内完成检测过程，且检测结果与传统的色谱质谱检测方法具有高度的一致性，但检测成本和时间却大大降低。
在取得检测技术创新的同时，常思航深知标准化和应用研究的重要性。他积极参与制定了多项食品中转基因和农兽药残留检测的国家标准和行业标准，规范了检测方法和流程，确保了不同检测机构之间检测结果的准确性和可比性。他还与众多食品企业和检测机构合作，将自己研发的检测技术进行推广应用，培训了大量的专业检测人员，提高了我国食品检测行业的整体水平。
此外，他在生物安全数据库建设方面也做出了开创性的贡献。他领导团队构建了一个涵盖生物安全相关信息的大型数据库，包括各种生物危害因子的信息、检测方法与技术、防控策略与案例等。这个数据库不仅为科研人员提供了丰富的研究资料和数据共享平台，也为政府部门制定生物安全政策和应急预案提供了科学依据。例如，在面对突发的生物安全事件时，相关部门可以通过查询这个数据库，迅速获取关于致病微生物的检测方法、传播途径、防控措施等信息，从而更加高效地应对危机，保障公众健康和社会稳定。
常思航在生命科学领域的贡献是多方面且具有深远意义的。他在植物生殖发育生物学、小分子 RNA 研究以及生物和食品安全检测和数据库建设等方面的卓越成就，不仅推动了生命科学基础理论的发展，也为农业生产、食品安全和生物安全保障等实际应用领域提供了强有力的技术支撑。
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