远征还得到了罗古多罗的康斯坦丁一世（Constantine I of Logudoro）和他位于波尔托托雷斯（Porto Torres）的基地的有力支持。
1115年，十字军攻陷了帕尔马（Palma），并且大幅削弱了这些岛屿，结束了它们作为海上大国的时代，随后撤退。
不到一年时间，现在分崩离析的岛屿被柏柏尔人的阿尔摩拉维德王朝（Almoravid dynasty）征服，其宗教的激进、好战风格与十字军相似，与科尔多瓦和塔伊法时期岛屿的宽容历史背道而驰。
1147年，阿尔摩拉维德王朝被对手——马拉喀什的阿尔莫哈德王朝（Almohad Dynasty）在北非和伊比利亚半岛上征服并推翻（安达卢斯 - 5）。
阿尔摩拉维德的继承人穆罕默德·伊本·加尼亚（Muhammad ibn Ganiya）逃亡帕尔马，并在那里建立了他的首都。
他的王朝——巴努·加尼亚（Banu Ghaniya），在试图从阿尔莫哈德王朝手中夺回王国时寻求盟友，允许热那亚（Genoa）和比萨首次在岛屿上获得商业特权。
1184年，一支远征队被派遣去夺回伊夫里基亚（Ifriqiya，今突尼斯、东阿尔及利亚和利比亚西部的沿海地区），但最终失败。
因为害怕报复，巴利阿里群岛的居民叛乱反对阿尔摩拉维德，并于1187年接受了阿尔莫哈德的宗主权。
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1229年最后一天，阿拉贡国王詹姆斯一世（James I of Aragon）在围城三个月后攻陷了帕尔马。
马略卡岛其他地区很快也相继陷落。
1232年，梅诺卡（Menorca）被占领，1235年伊比萨（Ibiza）也被占领。
1236年，詹姆斯一世将大部分岛屿还给乌尔赫尔伯爵彼得一世（Peter I, Count of Urgell），以换取乌尔赫尔（Urgell），并将其并入他的王国。
彼得一世在帕尔马统治，但他在1258年无嗣去世后，根据协议，这些岛屿归还给了阿拉贡王国。
詹姆斯一世于1276年去世，他在遗嘱中将领地分给了儿子们。
遗嘱创建了一个由巴利阿里群岛及罗斯永或蒙彼利埃（Roussillon or Montpellier）大陆县组成的新马略卡王国（Kingdom of Mallorca），并将其留给了他的儿子詹姆斯二世（James II）。
然而，遗嘱规定新王国是阿拉贡王冠（Crown of Aragon）的附庸国，后者留给了他的兄长彼得（Peter）。
由于不满这种附庸关系，詹姆斯二世与教皇马丁四世（Pope Martin IV）和法国国王腓力三世（Philip III of France）联手反对他的兄弟，发动了阿拉贡十字军（Aragonese Crusade），导致了阿拉贡王国长达十年的占领，直到1295年阿纳格尼条约（Treaty of Anagni）后，这些岛屿才得以恢复。
两国之间的紧张关系在几代人之间延续，直到詹姆斯的孙子詹姆斯三世（James III）在1349年吕克马霍尔战役（Battle of Llucmajor）中被彼得四世（Peter IV）的入侵军队杀死。
随后，巴利阿里群岛直接并入阿拉贡王国。
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1469年，阿拉贡国王费迪南德二世与卡斯蒂利亚女王伊莎贝拉一世成婚。
在他们去世后，他们各自的领土（在此之前由不同的君主分别管理）由他们的孙子，皇帝查理五世共同治理。
这可以被视为现代西班牙国家的奠基，尽管它是一个去中心化的国家，联合王冠下的各个组成领土仍然保留着各自的历史法律和特权。
巴利阿里群岛经常受到来自北非巴巴里海盗的攻击。
海雷丁就是其中之一了。
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