由于这意味着骑士团要放弃对马耳他的主张，骑士团拒绝了这一提议。
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法国占领马耳他的军队将医院骑士团驱逐出境。
在马耳他被夺取与总和平之间的十七年间，“选举一位兄弟首领以履行大团长的职务，从而保持这个主权机构的活力，这一形式上的工作得到了恪守”。
大团长的副手和临时大团长职位由大执事（bailiff）长、索尔提科夫伯爵（Counto Soltikoff）、乔瓦尼·托马西（Giovanni Tommasi）、德·加维拉（De Gaevera）、乔瓦尼·耶·塞特内尔斯（Giovanni y Centelles）、德·坎迪达（De Candida）和科洛雷多伯爵（Count Colloredo）担任。
他们的任期持续到保罗皇帝于1801年去世。
《亚眠条约》（Treaty of Amiens，1802年）要求英国撤出马耳他，马耳他将被恢复给重新建立的圣约翰骑士团，其主权将由所有主要欧洲强国保障，并将在最终和平时确定。
然而，由于英国对该条约的异议，这一安排并未实现。
波拿巴拒绝了英国关于马耳他十年租约的提议，促使英国重新激活对法国海岸的封锁。
英国于5月18日对法国宣战。
1802年的条约从未得到实施。
英国以法国在西印度群岛、意大利和瑞士的帝国主义政策为由恢复了敌对行动。
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1815 年维也纳会议（Congress of Vienna）确认失去马耳他。
短暂居住在墨西拿（Messina）、卡塔尼亚（Catania）和费拉拉Ferrara）后，骑士团的总部于1826年迁至费拉拉，1834年迁至罗马。
位于康多蒂路68号的骑士宫（Magistral Palace）和阿文蒂诺山（Aventine Hill）上的骑士别墅（Magistral Villa）享有治外法权。
从1839年到1841年，伦巴第-威尼托（Lombardy-Venetia）和西西里（Sicily）的大修道得以恢复。
教皇利奥十三世（Pope Leo XIII）在1879年恢复了大团长一职，结束了75年的空缺，确认乔瓦尼·巴蒂斯塔·切斯基（Giovanni Battista Ceschi a Santa Croce）为恢复的马耳他骑士团的首任大团长。
然而，这一时期失去马耳他的领土并未影响骑士团的主动和被动外交权，这在法律上对国际地位的绝对延续具有重要意义，无论之前的领土所有权如何。
最初的医院修会使命成为该骑士团的主要活动，并在 20 世纪变得越来越强大，尤其得益于世界许多国家的大修道院和国家协会所开展的活动的贡献。
第一次世界大战和第二次世界大战期间，医院和慈善活动在大团长卢多维科·奇吉·阿尔巴尼·德拉·罗韦雷（Fra' Ludovico Chigi Albani della Rovere，1931–1951）的领导下大规模展开。
在大团长安杰洛·德·莫雅纳·迪·科隆纳（Fra' Angelo de Mojana di Cologna，1962–88）和安德鲁·伯蒂（Fra' Andrew Bertie，1988–2008）的领导下，项目得到了扩展。
2013 年 2 月，该骑士团庆祝其获得教皇承认 900 周年，与教皇本笃十六世举行了公众接见，并在圣彼得大教堂由红衣主教塔西西奥·贝尔托内（Cardinal Tarcisio Bertone）举行了弥撒。
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骑士团在2016年12月开始经历领导危机，当时阿尔布雷希特·冯·博泽拉杰（Albrecht Freiherr von Boeselager）抗议大团长马修·费斯廷（Fra' Matthew Festing）将其解除大总理职务。
博泽拉杰因在缅甸的一个联合慈善项目中发现其他援助团体分发避孕套而被解除职务，该项目旨在帮助性奴隶保护自己免受艾滋病的侵害。
2017年1月，教皇方济各（Pope Francis）下令恢复博泽拉杰的职务，并要求费斯廷辞职。
方济各还任命了乔瓦尼·贝基乌（Giovanni Becciu）大主教（后来成为红衣主教）作为他在骑士团的个人代表，边缘化了骑士团的红衣主教赞助人雷蒙德·伯克（Raymond Burke），直到选出新的大团长。
教皇有效地接管骑士团的举动被一些人视为与传统和骑士团独立性的背离。
2017年5月，骑士团任命玻利维亚政府委员会成员毛罗·贝尔特罗·古铁雷斯（Mauro Bertero Gutiérrez）领导其宪法改革进程。
2017年6月，骑士团领导层在年会中穿着便服而非正式的全套军服，打破了传统。
2019年5月，骑士团全章会议首次有三名女性参与62名与会者。
2020年11月1日，教皇方济各任命西尔瓦诺·托马西（Silvano Tomasi）大主教（后来成为红衣主教）取代贝基乌，成为其在骑士团的特别代表，重申了该职务作为其唯一代表的职责。
2022年9月3日，教皇方济各公布了骑士团的新宪法，并对主权委员会进行了临时任命。
他安排于2023年1月25日召开特别全章会议，以便在此期间对他的临时任命进行常规任命。
1月26日，全章会议对主权委员会进行了六年任期的选举，选出了与方济各去年9月任命的四名成员相同的成员，以及他所命名的九名顾问中的六名。
2023年6月19日，教皇方济各任命贾恩弗兰科·基兰达（Gianfranco Ghirlanda）红衣主教接替伯克担任骑士团的赞助人。
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