随着部队的发展，实际人数早已不止三千人，三千营全部都是骑兵，而这些骑兵都是对外招募的蒙古士兵。
永乐时期，这支骑兵部队是三大营中战斗力最强悍的力量，他们在战争中主要担任突击和打乱敌方阵营的角色。
五军营主要由马军、步军组成。
由于朝政腐败，将帅贪腐无能，吃空饷、士兵私人化的现象越来越严重，京师三大营的战斗力每况愈下。
占役和虚冒是三大营的两大顽疾。占役是士兵拿着朝廷的饷银为当官的服劳役、干私活，不务正业，成为当官的私兵。
虚冒就是吃空饷，军队里实际没有这么个人，当官的以自家的仆人或虚假人名，冒充军队中的士兵，每个月支取一份饷银。
另很多官二代、富二代、纨绔子弟通过贿赂加入三大营，担任各级将领，又以老弱充壮丁，赚取饷银的差额，三大营实际的士兵有一大半为老弱充数。
掌管三大营的勋贵们大肆贪赃枉法、卖官鬻爵，正四品5000两银子，六品、七品1000两左右，明码实价公开叫卖。
崇祯2年，时任兵部尚书李邦华整顿三大营，三大营兵政得到了很大改善。三大营本是皇亲勋贵的势力范围，李邦华的整顿影响了一大批皇亲勋贵的利益。
乙巳之变时，皇亲勋贵趁机弹劾，李邦华被崇祯帝罢官。李邦华被罢官后，接任的人都以李邦华作为教训，三大营比整顿前更加腐烂。
三大营已经烂到骨子里，必须动大手术。
在英国公张维贤、惠安伯张庆臻、恭顺侯吴汝胤的绝对配合下，经过皇家卫队和特勤师轻微的武力镇压，在皇家卫队和特勤师强大的热兵器火力震慑下，京师三大营的所有官兵被控制在驻地里。
朱由校接管锦衣卫、东厂、四卫营、勇士营、京师三大营、上直亲军卫所，虽然控制了皇城和京城的防务，但驻扎在顺天府地区的卫所、边军还没有完全控制，让朱由校如芒在背。
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