当增殖都市被行星哥斯拉彻底毁灭的详细情报传回飞船时，意味着第二次针对行星哥斯拉的作战行动再次失败了，重新返回地球的希望之光又一次黯淡下去。而晴生破坏增殖都市控制中心的行为更是激怒了飞船中的毕鲁萨鲁多文明派系，他们强烈要求将晴生从地球上逮捕回来接受审判。但地球人类派系始终持反对意见，并紧紧抓住毕鲁萨鲁多指挥强行控制纳米金属与地球人类同化的问题，要求毕鲁萨鲁多派系给地球人类一个交代。
双方因此陷入激烈争吵，互不相让。最后，毕鲁萨鲁多派系终于撕下伪装，切断了飞船内的能量供应，企图以这种方式迫使地球人类妥协，答应他们逮捕和审判晴生的要求。然而，毕鲁萨鲁多派系的这一行为却激怒了地球人类，导致两派关系彻底破裂。
在地球人类和毕鲁萨鲁多派系矛盾爆发时，飞船上不显山不露水的第三个派系，艾克西夫人开始了秘密行动。他们开始利用地球人类与毕鲁萨鲁多派系间的矛盾，蛊惑飞船里的地球人类，向地球人类宣扬自己的信仰，让地球人类也开始信奉自己的神——虚空基多拉。
地球上的伏斯亚人村落里，晴生等作战部队领导人正在接收飞船上的地球人类领导层发来的信息。地球人类领导层晴生等人告知了飞船上地球人类和毕鲁萨鲁多派系决裂的情况。并且告诫晴生暂时不要回飞船，安心留在地球。等待飞船里的问题解决。
在晴生等作战部队领导人接收飞船信息时，作战部队的其他人因为两次的针对行星哥斯拉作战行动失败，已经有了绝望的趋势。他们开始打从心里认为行星哥斯拉是不可战胜的，而艾克西夫人梅德菲斯也趁此时机开始进行传教活动。
梅德菲斯向作战部队宣扬，只要信仰艾克西夫文明的神，当对神的信仰足够虔诚时，神就会降临，轻松抹杀行星哥斯拉。在绝望的时候，信仰就是最后的寄托，除了晴生等作战部队领导人，几乎所有作战部队都成为了艾克西夫文明神的信徒。
晴生一直在暗中观察着梅德菲斯的一举一动，他终于发现了梅德菲斯的异常行为。在又一次传教活动结束后，晴生果断地拦住了正要离开的梅德菲斯，并语气严肃地质问：“梅德菲斯，你到底想要干什么？”
面对晴生的质问，梅德菲斯面不改色地回答道：“晴生，我只是想给这些人一个不算虚假的希望罢了。”
然而，晴生却并不接受这个解释，他进一步质疑道：“希望？如果你们艾克西夫文明的神真的如此强大，那为什么你们会在宇宙中四处流浪呢？”
梅德菲斯沉默片刻，然后缓缓说道：“因为神的降临需要特定的条件，而我们艾克西夫目前还无法满足这些条件。”
听到这里，晴生虽然心中仍有疑虑，但还是选择暂时相信梅德菲斯的话。见晴生不再追问，梅德菲斯转身准备离开。就在梅德菲斯快要走远时，晴生突然在他身后大声喊道：“梅德菲斯，我希望你不要做出任何危害人类的事情！因为我不想对你出手。”
梅德菲斯的脚步微微一滞，但很快便恢复正常，继续头也不回地离开了现场。
对于晴生来说，梅德菲斯是一个特殊的存在，晴生幼时险些在逃难队伍里摔倒，是梅德菲斯拉了晴生一把，晴生才能够登上飞船。在晴生被关押期间，也是梅德菲斯的帮助才能完成消灭行星哥斯拉的分析报告的研究和发表。对晴生而言，梅德菲斯亦师亦友，如果梅德菲斯做了危害人类的事情，晴生也不知道自己能不能狠心对付梅德菲斯。
与此同时，一直默默潜伏的洛亚开始悄悄加速能量的积聚，同时谨慎地调整着自身的状态。他深知，一场巨大的危机即将降临——噬星者虚空基多拉即将到来。
洛亚并不确定自己是否能够从这个强大的高维度掠食者身上撕下一块肥肉完成一波肥，但他明白，面对如此强大的敌人，必须要做好充分的准备，甚至需要考虑到失败后可能面临的死亡。为此，洛亚特意将桔梗以及自己的人类身体和部分核心肉体隐藏在自己用水晶状结晶伪装制造的冰彗星里送进宇宙之中，确保自己没有任何后顾之忧。
这样一来，无论最终的结果如何，他都可以从容应对。若他成功击败虚空基多拉，他便会将桔梗和自己的核心血肉从宇宙带回；而即便不幸失败，他仍可借助这最后的后手获得重生的机会，再次卷土重来。
随着时间慢慢过去，飞船上的地球人类和毕鲁萨鲁多派系的关系越来越紧张，开始信奉艾克西夫文明的神的人类越来越多。地球上的作战部队也是一样，已经失去希望的他们，全心全意的信仰着艾克西夫文明的神，以此获得精神寄托。
这一天，作战部队的众人跟随梅德菲斯进行新一日的祷告活动，梅德菲斯操作着自己手中绿色水晶状三棱柱祭器，祭器里凌乱的金色符文重新组合，构成了一个金色的三螺旋结构。同时，祷告中的作战部队众人恍惚之间看见了一片金色空间，空间里一道不见首尾，大小样貌难以名状的三首巨龙黑影从自己的眼前划过。在这道黑影面前，所有人都感觉到了自己的渺小。
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