小智、玉璞和小春三人在处理完园藤博士的事件后，返回了樱木研究所。返回研究所之后，他们便准备向樱木详细汇报此次行动的情况。
樱木坐在办公桌前，专注地盯着电脑屏幕上的数据和图像。当小智三人走进来时，他只是微微抬头示意他们坐下，然后继续沉浸在自己的工作之中。
小智三人见状，也不着急，静静地坐在一旁，耐心等待着樱木博士结束手头的事务。
终于，樱木博士停下了手中的动作，将目光重新转向小智三人。
小智三人随即开始讲述任务的经过、遇到的困难以及最终如何克服重重阻碍达成目标的。
樱木博士认真倾听着，不时地点点头，但却没有发表任何评价。
小智汇报结束时，樱木站起身来，神色凝重地将他们拉到房间一侧巨大的电子屏幕前。
只见樱木将刚才处理的数据投放在屏幕上，一幅地图出现在小智三人面前，上面还标记着几处水源的位置，其中一些地方还闪烁着红色的警示标识。
樱木深吸一口气，缓缓开口说道：“在你们外出执行任务的这段时间里，发生了一些意想不到的特殊状况。据可靠消息称，有好几处重要的水源都被莫名其妙地污染了。还有不少目击者目睹了水君现身，并施展力量净化了那些被污染的水源。”
听到这里，小智喃喃道：“水君都出现净化水源了，看起来这次情况不容乐观啊。”
紧接着，小智问道：“那博士，接下来我们的任务是什么？”
樱木博士用手指了指屏幕上一个特别标注的位置，严肃地说：“虽然水君的出现确实让人大感惊喜，但目前我们的首要任务还是要搞清楚这些水源被污染的真正原因。根据最新的监测数据，这个位于屏幕上所标注之处的水源，它被污染的频率以及被净化的频率都是最高的。所以，我希望你们能尽快前往该地展开深入调查。”
小智信心满满的说道：“好，那我们赶紧出发吧！”说着便抬脚欲走。
玉璞眼疾手快地一把拉住了小智，神色凝重地开口道：“小智，先等等，此次情况不同寻常，我总觉得其中有蹊跷。保守一点，我们还是把最强的宝可梦携带在身边比较妥当。”
小智听闻此言，微微皱起眉头思索片刻后点头应道：“嗯，玉璞你说得没错。”
紧接着，玉璞转身面向一旁的小春，语重心长地嘱咐道：“小春，这一趟任务恐怕会有危险，种种迹象表明似乎有人蓄意谋划。所以，为了安全起见，你就待在研究所里等我们回来。”
小春点了点头：“那你们俩一定要多加小心哦。”
待所有准备工作都安排妥当之后，小智与玉璞一同前往了事发现场。
刚一抵达目的地，一股浓烈刺鼻的异味犹如汹涌的波涛般迎面扑来，呛得小智忍不住捂住口鼻，连声抱怨道：“这到底是什么味道啊？好臭！”
玉璞则强忍着不适，眯起眼睛四下打量一番，然后指着一个方向笃定地说道：“从这边飘过来的味道最为浓重，我想根源就在那里，我们过去瞧瞧究竟是怎么回事。”
两人循着气味一路寻去，不多时便来到了一处湖泊前。只见湖水浑浊不堪，湖面上更是漂浮着各式各样的垃圾，散发出令人作呕的恶臭。
望着眼前这番景象，玉璞满脸惊愕，难以置信地喃喃自语道：“好好的一片湖泊怎么会变成这个样子了？”
小智一脸愤怒地说道：“这样下去，宝可梦们还怎么生存啊！这简直就是对它们生存环境的肆意破坏！”
就在这时，一阵突如其来的喊声从旁边传来，瞬间吸引了小智和玉璞的注意。两人不约而同地扭头望向声音的源头处。
定睛一看，只见不远处聚集着一群人，他们正在操纵着一些宝可梦。这些宝可梦不停地向外排放着垃圾，同时还肆无忌惮地释放出各种毒系技能。
小智见状，气得咬牙切齿，怒不可遏道：“肯定是这帮混蛋在这里捣鬼！我绝对不会放过他们！”
话音刚落，他便加快脚步朝着那群人狂奔而去。
一旁的玉璞见势不妙，连忙伸手想要阻拦小智，但小智跑得太快，他根本来不及抓住。
无奈之下，玉璞当机立断，迅速掏出随身携带的电子图鉴，并与君莎小姐取得了联系。他焦急地说明了情况，请求君莎小姐尽快前来支援。
在得到君莎小姐确切的回复后，玉璞稍稍松了一口气，然后毫不犹豫地紧跟在小智身后，一同冲向了那群污染环境的人。
小智一边奋力奔跑，一边对着那群人大声怒吼：“快给我停下！你们到底在干什么！”
然而，那些正在污染水源的人却对小智的呵斥置若罔闻，甚至连头都懒得抬一下，只是轻蔑地嘲讽道：“哼，你们两个不知天高地厚的小鬼，少管闲事，赶紧有多远滚多远！”
只瞧见对方扔出宝可梦球，派出一只只宝可梦，并且下达了攻击指令。那一只只宝可梦接到指令后，立刻朝着小智和玉璞使用技能，一时间各种技能呼啸而来。
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