崇祯十一年二月，李自成等部从四川出来后，在力量对比上陷入不利局面。
当时，大部分起义军在中原活动，留在西北地区的只有李自成、过天星等少数几支义军。
他们遇到的对手陕西三边总督洪承畴和陕西巡抚孙传庭，在明朝官僚中既狡猾又卖力。
陕西（包括三边）的官军凶悍勇猛，号称“敢战”。此时又正值明廷要求“三月平贼”的最后期限。
洪承畴和孙传庭与朝廷中掌握兵权的杨嗣昌有矛盾，担心追剿不力受到朝廷惩处，便疯狂地分头扑向从四川返回陕西的起义军。
李自成部在洪承畴所统领的总兵曹变蛟、左光先、祖大弼以及副将贺人龙等部官军的追击下。
出川不久就在河州、洮州（今甘肃临夏和临潭附近）地区的两次战役（三月十九日、二十日）中接连失利，人员和马匹损失惨重。
李自成带着败兵向西进入少数民族地区打算补充马匹，洪承畴的官军却紧追不舍。
四月，李自成部只好又折向东返回，从巩昌府属的羊撒寨渡过洮河，日夜兼程向西和、礼县进发。
为避免被追剿的官军发现，李自成决定分散隐蔽行动，命令刘体纯（绰号“二只虎”）等“分路另走”；自己也行踪愈发诡秘，躲进山中隐藏踪迹。
四月初十日，李自成亲自带领起义军战士和家属共三百人，行至礼县北面一个叫马坞的地方。
明总兵左光先带领部下官兵于次日黎明追到，两军相距不过四五十里，李自成等人处境极其危险。
幸好官军在马坞歇息了一日，起程时又判断错误，李自成才得以摆脱官军追击，进至陕、川交界地区，与部将李过、刘体纯等带领的队伍会合。
事后，洪承畴懊悔不已，在给朝廷的报告中悲叹道：闯将是众多贼寇中的元凶，如今仅带着三百残兵败将抱头鼠窜，实在是数年难得的机会，即便穷尽日夜之力，身先士卒、不顾性命去擒斩此贼，也是应尽的责任。
无奈计算失误、追赶不紧，让元凶逃脱远去。如今既未能一举歼灭这股贼寇，将来必定还要耗费兵力去消灭他们。左光先怎能推脱责任？
李自成部在陕甘失利后，于五月间会同六队祁总管部共三千多人进入四川境内。
洪承畴急忙指派陕西监军道樊一蘅督促副将马科、贺人龙部官军进川追击，自己带着总兵曹变蛟、王洪赶到西乡县，檄调总兵左光先率部进驻汉中府；
在阶州、徽州、文县和略阳一带也部署了兵力，挡住起义军北返和西进的道路。七月十三日，马科、贺人龙部与起义军在四川广元交战。
四川巡抚傅宗龙唯恐义军又像崇祯十年那样直入成都平原，便调集四川官军和他从云南带来的部分军队，配合陕西官军夹剿。
八月初五日，双方在南江县境内作战，义军因寡不敌众，夺路北逃。十六日，义军到陕西城固县境，打算渡汉水，取道石泉、兴安前往湖广、河南。渡河时，遭到左光先部官军的袭击。
这时义军只剩下一千四五百人，无力对抗官军，因而退入附近山区。在艰难的形势下，六队头目祁总管灰心丧气，带着部下六百多人向左光先投降。
李自成部力量更加薄弱，只得转入深山密林，让官军找不到踪迹。
李自成本人“夜里在山林藏身，不敢到民房歇息”。
洪承畴以为胜券在握，夸口说：闯将和零散贼寇只是暂时逃命……不是被官兵擒斩，就是困死在山林中。
可是，李自成凭借坚忍不拔的意志，带着为数不多的残兵败卒，巧妙地摆脱了官军的重兵追剿。
向东转入陕西、湖广、四川三省交界的大山区，尽量避免与大股官军正面交锋。
在崇祯十一年八月至崇祯十三年秋天这充满艰难险阻的两年间，李自成虽身陷绝境，但从未有过一丝放弃的念头，始终在黑暗中顽强地积蓄力量，寻找着扭转乾坤的机会。
李自成率领着为数不多的残部进入陕西、湖广、四川三省交界的大山区后，首要任务便是安顿好部众，让他们在这恶劣的环境中生存下来。
这片山区地势复杂，沟壑纵横，丛林茂密，为他们提供了天然的庇护所，但也伴随着诸多挑战。
食物短缺是他们面临的最大难题，山中可食用的野果、野菜数量有限，为了让大家不至于挨饿，李自成亲自带领着战士们四处寻找食物来源。
他们学会了设陷阱捕捉野兽，在河流中捕鱼捞虾，靠着这些简陋的生存手段，勉强维持着队伍的生计。
在解决了基本的生存问题后，李自成开始着手整顿队伍。
他深知，在这艰难的时刻，纪律是队伍的生命线。
于是，他制定了严格的军规，要求每一位战士都必须遵守。
无论是行军打仗还是日常生活，都要做到令行禁止。
对于违反纪律的行为，绝不姑息，严惩不贷。
同时，李自成还注重对战士们的思想教育，他常常与大家围坐在一起，讲述他们起义的初衷和目标，鼓舞大家的士气，坚定大家的信念。
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