在2024年1月15日的巴西马瑙斯港，亚马逊河正处于洪水季，浑浊的河水如一条愤怒的巨龙，汹涌奔腾。这座港口，平日里充满了生机与忙碌，然而此刻，却被一股无形的恐惧所笼罩。
“亚马逊女王”号货轮静静地停靠在港口，船员们在忙碌地进行着日常作业。突然，一名船员惊讶地指着河面，大喊起来：“快看，那是什么！”只见一个刻有泛南美集团标志的金属罐在洪水中起伏，随着水流缓缓漂向货轮。船员们将金属罐打捞上船，打开一看，里面竟装着37具密封的感染者尸体，这惊悚的一幕，让众人瞬间僵在了原地。
与此同时，在遥远的土着保护区河滩上，亚诺玛米部落巫师从一个噩梦中惊醒。他梦见“黑色水蛇吞噬太阳”，这个不祥的梦境让他心中充满了不安。清晨，当他来到河滩时，眼前的景象证实了他的担忧——感染者正在啃食凯门鳄的尸体，而鳄鱼胃中，赫然残留着人类断指上的钻石婚戒，那闪烁的钻石，仿佛在诉说着一个悲惨的故事。
而在另一个角落，法国传教士遗孤玛丽安正带着部落少年匆忙逃离教会学校。一路上，他们遭遇了感染者的追击，生死攸关之际，玛丽安想起了1932年传教日志记录的毒藤汁液，她迅速采摘毒藤，将汁液涂抹在身上和少年身上，奇迹发生了，感染者似乎对他们产生了畏惧，暂时退去。
金属罐内壁用葡萄牙语刻着“实验体No.170”，底部还黏着半张1986年军政府生物实验批准文件，这些线索，仿佛在暗示着这场灾难背后隐藏着不为人知的秘密。玛丽安下意识地摸了摸脖子上的十字架项链，里面藏着她母亲与泛南美矿业主管的合影，照片拍摄于病毒爆发前三个月，这张照片，又与这场危机有着怎样的关联呢？玛丽安心中充满了疑惑和不安。
传教站的最后弥撒，1月16日黎明，微弱的曙光洒在圣塔伦的百年木教堂上，给这座古老的建筑蒙上了一层神秘的面纱。老神父站在教堂前，望着周围混乱的局势，心中充满了悲悯。尽管危险重重，他依然坚持为感染者举行驱魔仪式。当他念诵着拉丁祷文时，却惊讶地发现，眼前感染者的脖颈上，竟有着与玛丽安相同的部落刺青。
就在这时，一群暴徒如恶狼般冲进教堂，他们疯狂地洗劫地下室，只为了抢夺1920年德国传教士埋藏的黄金圣器。在争抢过程中，一名暴徒不小心触发了暗门后的瘟疫隔离室，一股刺鼻的腐臭味扑面而来，腐烂的麻风病人骸骨呈现在众人眼前。
玛丽安见此情景，迅速跑到管风琴前，奏响了巴赫的《马太受难曲》。那激昂的旋律在教堂内回荡，高频音波竟使感染者暂时晕眩。部落少年抓住这个机会，点燃了浸透橡胶树汁的窗帘布，火势迅速蔓延，将感染者逼退。
暴徒头目在混乱中，背包里掉出了泛南美集团的员工证件，照片显示他竟是三个月前“意外身亡”的矿场保安队长。这一发现，让玛丽安心中一惊，难道这场灾难与泛南美集团有着更深的联系？神父在临终前，将1945年纳粹逃亡者捐赠的金牙交给玛丽安，虚弱地说：“这……这牙冠内刻着病毒实验数据微缩胶卷编号……也许能解开这场灾难的秘密……”说完，便闭上了双眼。
树冠上的血色婚礼，1月17日正午，炽热的阳光穿透茂密的雨林树冠，洒下斑驳的光影。亚诺玛米部落为了阻断病毒传播，决定按古法举行“死亡婚礼”。他们将感染者绑上树冠，让其与蜂群共生，等待被子弹蚁啃噬成白骨。美国生态学家听闻这个仪式，偷偷前来偷拍。然而，他在拍摄过程中不小心跌落，背包中散落的GPS定位器显示，他正在为某生物公司绘制稀有植物分布图。
突然，一场暴雨倾盆而下，豆大的雨点打在树叶上，发出噼里啪啦的声响。暴雨冲垮了树屋，感染者与部落战士一同坠入食人鱼泛滥的支流。刹那间，河水被染成诡异的靛蓝色，那是鲜血与河水混合的颜色，让人触目惊心。
玛丽安在混乱中，发现生态学家的卫星电话存着与泛南美高层的加密通话记录，最近一次通话就在矿难当晚。这一发现，更加深了她对泛南美集团的怀疑。部落战士们用箭毒蛙毒液浸泡箭头，在与感染者的对抗中，意外发现低剂量毒素能延缓感染者行动速度，只是会诱发癫痫式嚎叫，这一发现，或许能成为他们对抗感染者的关键。
幽灵船之谜，1月18日深夜，夜幕如一块巨大的黑色绸缎，将亚马逊河笼罩其中。幸存者们在逃亡途中，发现了一艘神秘的船只——1910年橡胶大亨的蒸汽明轮“黑钻石号”，它如幽灵般重现河面。众人小心翼翼地登上船，船内弥漫着一股腐臭的气味，满载着感染船员的木乃伊。在船长室，他们发现了一本日记，上面记载着“船员发狂跳入鳄群”，让人不寒而栗。
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