于擎则亲赴江南军营，面对拒不配合的军营将领，他没有贸然动武，而是暗中联络当地按察使与玄夜卫，收集其冒领军饷的证据。他乔装成普通士兵，混入军营，与士兵同吃同住三日，摸清了将领冒领军饷的具体流程与证据藏匿地点。在掌握确凿证据后，于擎在军营召开全体士兵大会，当场宣读将领的舞弊罪状，出示伪造的军籍名册、冒领军饷的银行凭证，随后将其押解回京。此举震慑了江南军伍，士兵们纷纷主动揭发营中其他违规行为，核查工作得以顺利推进。
有旧党官员在朝堂上弹劾于擎“行事过激、惊扰军伍”，请求萧燊罢免其职务。萧燊在朝堂上出示于擎查获的舞弊证据，怒声道：“核查军籍、肃清奸佞，是为了守护大吴疆土、保障士兵权益，何来过激之说？于卿所为，乃保国为民之举！”他不仅驳回了弹劾，还下旨嘉奖于擎，晋升其为兵部左侍郎，赏白银百两，以示支持。
为彻底杜绝舞弊，谢明与于擎商议，推行“军籍动态管理制”：由户部、兵部、都察院三方每月联合核查军籍与军饷，每季度进行一次实地抽查；士兵调动、退役、补选，需三方签字确认，录入全国统一军籍信息系统，确保全程可追溯；设立“军伍廉政基金”，对举报违规行为的士兵给予重奖，对廉洁奉公的将领予以晋升激励。这一制度的推行，从根本上堵住了军籍管理的漏洞，为后续军伍建设奠定了制度基础。
清退空额、老弱之后，各地军营空缺名额达三万八千余人。萧燊下旨，按“优先退役老兵、次选边地勇武之士”的原则补充兵源，于擎负责制定选拔标准与考核流程，谢明负责保障选拔经费与新兵待遇。于擎结合萧燊的治军要求，制定了“体能、技能、品行”三重选拔标准：体能需通过“负重三十斤奔袭十里”“弓射五十步十中六”；技能需掌握基础格斗、器械操作；品行需无不良记录，由地方官府出具推荐信。同时明确，新兵年龄限定在十八至三十五岁之间，退役老兵需具备五年以上服役经历、立有军功者优先，边地勇武之士需熟悉地形、擅长骑射或山地作战者优先。
退役老兵的召回工作率先展开。于擎派专人前往各地，寻访退役老兵，宣讲新政待遇：召回后优先晋升一级，军饷提高两成，家属可享受每亩地减免赋税三成的政策；服役满三年且表现优异者，可安排家属入住军营附属安置区。不少退役老兵听闻后，纷纷响应号召，返回军营。西北退役老兵赵烈，曾因拒为魏党建生祠被夺职，此次主动归队，他对招募官员说：“如今朝廷清明，陛下重视军伍，吾辈当再上疆场，守护家国，不负先帝与陛下的信任！”此次召回，共吸纳退役老兵一千五百余人，其中不乏立过战功的精锐之士。
边地勇武之士的选拔同样顺利。于擎在北方边地设立五个选拔点，南方边地设立三个选拔点，亲自坐镇北方主选拔点，亲自考核考生的骑射、格斗技能。有边地青年林锐，自幼习武，弓射五十步十中九，格斗技艺精湛，于擎当即破格录用，任命其为禁军副将，负责京营治安训练。在南方边地，广东布政使韩瑾协助选拔，推荐了不少熟悉山地作战的勇武之士，补充到南疆军营。此次选拔，共吸引各地青年五万余人报名，经过层层考核，最终选拔出精壮士兵三万六千余人，加上召回的退役老兵，三万八千余空缺名额全部补齐，且新兵整体战力较此前提升近四成。
谢明为新兵选拔拨付专项经费一百八十万两，其中六十万两用于购置选拔器械、支付考官酬劳，八十万两用于为入选新兵发放人均五十两的安家银，四十万两用于新兵入营前的体检、防疫与服装配备。他还特意安排户部官员，在各选拔点宣讲新兵待遇：除足额军饷外，军营将配备完善的医疗保障（每千人配备军医五名、药童十名）、饮食保障（每日三餐保证荤素搭配，每月发放肉米补贴），伤残士兵可获得一次性抚恤金与终身医疗救助，阵亡士兵家属可获得五十两抚恤金，且子女可优先入读官学。这些政策极大地吸引了各地青年，选拔工作仅两个月便完成，且新兵到岗率达100%。
新兵入营后，于擎制定了“三个月强化训练计划”，邀请退役千户以上军官担任主训官，传授实战经验。训练内容涵盖基础体能、弓马骑射、格斗技巧、器械操作、战术配合等，实行“每日两训、每周一测、每月一评”的考核制度，考核不合格者将被暂缓上岗，进行补训，补训仍不合格者将被清退。他还亲自到各军营督导训练，与新兵一同操练，亲自示范弓射、格斗技巧，鼓舞士气。京营新兵训练场上，于擎手持长枪演练战术，士兵们士气高涨，训练热情空前高涨，不少新兵主动加练，力求早日达到作战标准。
兵源补充完毕，于擎将工作重心转向军纪革新。他遵循萧燊的治军思路，结合军伍实际，制定《大吴军纪十条》，明确规定：严禁克扣军饷、虚报战功、擅离职守、欺凌百姓、酗酒赌博、私藏兵器、通敌叛国等，违者根据情节轻重，处以降职、鞭刑、流放直至斩首。《军纪十条》不仅张贴于各军营显眼位置，还组织士兵逐字逐句学习，要求人人熟记于心，由联合督查组不定期抽查考核。
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