为确保师资教学质量，督导署颁行《宗学师资教学考核细则》，明定师资需按课程体系授课，不得随意增减内容，不得敷衍塞责；每季度由督导署对师资教学效果进行考核，考核内容包括宗室子弟评价、教学内容贴合度、教学成效等，考核结果与师资的奖惩、升迁挂钩。此细则一出，师资皆不敢懈怠，教学质量得到充分保障。
宗学开课之日，萧燊亲赴宗学，为宗室子弟讲授第一课。帝座之上，萧燊曰：“尔等皆为天潢贵胄，食国家俸禄，受百姓供养。若只知骄奢淫逸，不知忠君爱国、戒奢恤民，何以面对列祖列宗？何以守护大吴江山？宗学研习，乃尔等改过自新、固本培元之机。望尔等珍惜机会，研习经典，通晓新政，成为国之栋梁，民之福泽！”宗室子弟皆俯首聆听，不敢有违。
宗室教化督导署颁行的《宗室教化督导考核细则》，核心在于“三级考核制”与“奖惩分明制”，以严格的考核与明确的奖惩，督促宗室子弟精进研习，革除弊端。
月考每月举行一次，由督导署组织，考核内容为当月研习的儒学经典与新政要义，以笔试为主，辅以行为操守评价。笔试成绩占七成，行为操守评价占三成。行为操守评价由宗学师长与督导官共同给出，重点考察宗室子弟是否遵守宗学规制、是否摒弃奢靡之风、是否尊重师长、是否友爱同窗。
季评每季度举行一次，由礼部与督导署联合组织，考核内容为当季度研习的儒学经典与新政要义，以笔试与口试为主，辅以行为操守综合评价。笔试成绩占五成，口试成绩占三成，行为操守综合评价占两成。口试由儒学师资与新政师资共同提问，考察宗室子弟对所学内容的理解与运用能力；行为操守综合评价则综合三个月的月考评价结果，给出整体结论。
年考每年举行一次，由中书省、门下省、礼部、吏部、都察院与督导署联合组织，考核内容为全年研习的儒学经典与新政要义，以笔试、口试与实践心得为主，辅以全年行为操守综合评价。笔试成绩占四成，口试成绩占三成，实践心得占一成，全年行为操守综合评价占两成。实践心得考核主要针对地方观摩学习的见闻心得，考察宗室子弟是否真正领会新政要义与民生疾苦。
奖惩分明制严格依照考核结果执行。月考获“优”者，赏银百两，通报宗人府；获“差”者，罚抄经典十遍，停发当月俸禄。季评获“优”者，赏银五百两，优先推荐参加地方观摩；获“差”者，罚抄经典百遍，停发当季度俸禄，责令面壁思过一月。年考获“优”者，加倍赏赐俸禄，优先考虑袭爵，甚至可推荐入中枢任职；获“差”者，停发全年俸禄，取消袭爵资格，责令留宗学重修，若连续两年年考获“差”，则削其宗籍，贬为庶民。
三级考核制与奖惩分明制推行后，宗学之内，宗室子弟研习之风蔚然兴起。昔日骄奢淫逸之徒，亦不敢再肆意妄为，皆埋头研习，唯恐考核获“差”，受罚削爵。
为确保宗室教育革新稳妥推行，萧燊下令先在京师宗室子弟中开展试点，积累经验后再推及全国各藩王宗室。京师宗室子弟多居京城，便于督导考核，且其中不乏骄奢乱政之典型，试点成功，可形成示范效应，为全国推广奠定基础。
试点之初，宗学之内便遭遇诸多难题。其一，部分宗室子弟骄纵成性，不遵守宗学规制，私带仆从、滥用民力，甚至顶撞师长；其二，部分宗室子弟对新政要义研习心存抵触，认为新政损害宗室利益，研习时敷衍塞责；其三，儒学经典与新政要义研习存在脱节现象，宗室子弟难以将二者融会贯通，领会“忠君爱国、戒奢恤民”之核心理念。
针对这些难题，督导署与宗学师长协同发力，逐一破解。对于不遵守宗学规制者，督导署署长李云岫亲自过问，轻则面壁思过，重则停发俸禄，甚至奏请萧燊予以惩戒。有一宗室子弟私带仆从入宗学，李云岫当即下令驱逐仆从，罚其抄《论语》十遍，停发当月俸禄。此例一出，其余宗室子弟皆不敢再违。
对于抵触新政研习者，新政师资团的大臣们结合实践案例，耐心讲解，晓之以理。谢明讲授盐铁改革时，详细阐释改革如何堵塞贪腐漏洞、增加国库收入、减轻百姓负担，并非损害宗室利益；钟铭讲授边贸革新时，详细阐释革新如何固边疆、惠民生，宗室子弟若能体恤民艰，拥护新政，方能长久享受宗室荣光。宗室子弟听后，逐渐消除抵触之心，开始认真研习新政要义。
对于儒学与新政研习脱节的问题，吴鼎与李云岫会商，决定在课程中增设“融会贯通”专题课，由儒学师资与新政师资联合授课，阐释儒学经典中的“民为贵”“修身齐家”等理念与新政“以民为本”“戒奢恤民”等要义的内在联系。同时，令宗室子弟撰写心得体会，将所学儒学经典与新政要义结合，谈对“忠君爱国、戒奢恤民”的理解。此举有效解决了脱节问题，宗室子弟的研习成效大幅提升。
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