次日清晨，雨歇风平，戚承光船队抵蛇山岛外海，与钱海生游击船队汇合。戚承光即令海正刚率水师正面轰倭船，徐策改良之神威火炮威力无穷，十余门炮齐发，“轰”声震耳，炮弹精准击岛湾倭船，瞬间击沉三艘，余倭船慌忙避于岛湾深处，不敢露头。戚承光见倭船被制，令将士乘小艇分批登岛进攻。倭贼早已于岛口设严防，架火铳、弓箭，小艇近岸时，即疯狂射击，登岛大军受阻。
戚承光立旗舰船头，察岛上地形后速调战术：“倭贼聚兵守岛口，后侧防御必弱。你等率一千兵力，仍于岛口正面佯攻，尽吸倭贼注意力；某率五百精锐边军，绕至岛后侧悬崖，攀崖突袭其后方。”部署毕，正面部队加大攻势，弓箭、火铳齐发，与倭贼激烈对射；戚承光率五百精锐，借雾气掩护，绕至蛇山岛后侧悬崖。
悬崖陡峭湿滑，多处无借力之处，将士们手脚并用，腰系绳索艰难攀爬，数人不慎坠崖，却无一人退缩，咬牙向上。历经一时辰，终攀崖而上，悄绕至倭贼后方。戚承光一声令下，五百精锐高声呐喊，挥刀突袭，喊杀震天。倭贼腹背受敌，军心大乱，岛口守倭纷纷回援，正面压力骤减。海正刚见状，令战船停火，小艇全力运将士登岛，正面部队趁势冲岸，与倭贼近身肉搏。
戚承光、海正刚内外夹击，将士们奋勇杀敌，倭贼死伤惨重，顽抗者尽被斩，余者弃械投降。此次奔袭，斩倭两百余人，俘八十余人，仅少数倭贼跳海逃窜，被水师战船逐一擒获。克蛇山岛后，大军清场，获倭贼藏匿之大量财物军械，皆为历年劫掠百姓所得。戚承光下令，财物尽数还百姓，军械统一收缴，交水师保管。百姓得回财物，对大军愈发感念，军民同心之谊更笃。
清剿战事逾月，大军辗转浙闽，跋山涉水、浴血奋战，军需后勤为固战力之关键。兵部侍郎裴衍亲赴宁波，代中枢督查粮草、军饷、军械补给，抵后即与戚承光、秦仲开后勤调配会。裴衍持物资清单，对二人道：“‘兵马未动，粮草先行’。朝廷知前线艰苦，已调粮草十万石、军饷五万两，后续粮草五万石、军饷三万两亦在途，不日可至；徐策改良之神威火炮、火铳及弹药，已尽数运抵泉州，由水师转运前线，可随时补大军之用。此外，工部派二十名工匠赴前，专司军械修缮，保火器、战船正常启用。”
秦仲亦报地方物资调配：“浙江布政使司已在宁波、台州设粮草中转站，积粮食、药品、御寒衣物，由户部右侍郎方泽统筹漕运，以漕运、海运并行之法，将江南粮草络绎运往前线，保各作战部队补给及时。同时，我令地方官组百姓两千人，编运输队、医疗队——运输队运资筑营，医疗队随军治伤，成‘军民联动、后勤无忧’之局。”戚承光谢中枢、地方之援，拱手道：“有中枢统筹、地方协办，粮草足、军械备、伤员得治，我等必早肃残倭，不负朝廷百姓重托。”
徐策所派工部工匠抵前，即对接海正刚，全面展开战船修缮、火器改良。工匠们逐船检修，换破损船板、船帆、绳索，加固船身防御，保战船适复杂海面作战；同时优化神威火炮，调射程精度，提其威力。海正刚亲试改良火炮，见射程增三成、精度大增，大喜道：“此等利器，足慑倭贼，后续东海决战，必成关键，多谢徐大人与诸位工匠！”工匠们复授将士火器保养、故障排除之法，提其火器使用熟练度。
都察院左都御史虞谦重前线军纪，派佥都御史柳清臣赴浙闽，巡抗倭前线，督查军纪与物资使用，严查贪墨军饷、克扣粮草、欺压百姓之举。柳清臣深入各营、粮草中转站，核粮草军饷发放记录，走访将士百姓。在宁海一营，柳清臣查得一边军将领私扣士卒粮饷，变卖获利，致士卒粮草不足、士气低落。柳清臣即擒此将，押至戚承光帅帐，据实禀报。
戚承光大怒，即令按军法处置，斩此将领示众，以儆效尤。全军将士凛然，无敢犯军纪者，军营风气愈肃。后勤有保障、军纪愈严明，大军战力愈强。戚承光率部南进，清剿台州、温州境内残倭；水师沿海南下，封港口岛礁，查过往船只，成“陆上清剿、海上封锁”之势，不给倭贼喘息逃窜之机。温州倭贼见大军势如破竹，或被歼、或投降，少数潜藏者亦被百姓举发擒获，浙闽清剿战事近尾声。
仲春时节，浙闽沿海晴空万里，海风宜人，暖阳洒海，波光粼粼。戚承光率部清剿至温州，温州知府已率地方官吏、乡勇候于城外。知府趋前拜见，拱手道：“戚将军率部荡倭，百姓翘首以盼。温州境内残倭多藏西部山区堡垒，此辈熟地形、路径杂，百姓皆熟山区地势，愿为大军引路；同时，某已组乡勇五千余人，守各村镇要道，防倭贼反扑，全力协大军清剿。”
戚承光纳其议，即部署：令地方乡勇分守村镇要道，查过往人员，防倭贼流窜；自率一千边军、五百水师，分两路——一路清剿山区堡垒残倭，一路巡沿海小岛，尽除倭贼藏匿点。同时，戚承光致信秦仲，令其协浙、闽两省布政使司，趁战事间隙，于浙闽沿海建烽火台、防御堡垒，固海防设施。秦仲得信，速调人力物力，组百姓、士卒共筑工事，令百户孙勇率部守已建成之烽火台、堡垒，构“烽火传讯、堡垒联防”之海防体系，从本上防倭贼卷土重来。
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