为使战功核查、封赏抚恤工作公平公正，杜绝虚报冒领、克扣物资等弊乱，萧燊特意下旨，设立军队整编专署，作为此次厘革的专项机构。该专署以兵部尚书秦昭兼任长官，总领各项事务；令都察院左都御史虞谦、佥都御史柳清臣掌监察之责，全程监督核查、赏恤工作；下设战功核查、封赏落实、家属抚恤三股，分别由兵部主事方文举、礼部仪制清吏司郎中周文彬、户部左侍郎王砚主持，各司其职，分工明确。圣旨中明确写道：“将士用命，冲锋陷阵，乃国之幸；赏恤分明，信诺必行，乃军之魂。凡有功者，无论官职高低，必赏不吝；凡殉国者，其家属无论贫富，必恤其家，勿使有功者蒙尘，勿使死者含恨，勿使生者寒心。”此旨一下，全军上下皆感振奋，深知朝廷不会辜负将士们的付出。
战功核查工作率先展开，方文举率数十名核查官员，分赴全国各地军营，深入一线，逐一核查将士战功。他们制定了严格的核查流程，对照各地战报、士卒名册、阵亡记录，再走访参战老兵与当地百姓，核实每一位将士的参战情况与战功大小，严谨细致，杜绝任何虚报冒领、夸大战功之事。“战功者，乃将士们以性命与鲜血所换，承载着其家人的期盼与国家的信任，容不得半点虚假，更容不得徇私舞弊。吾等必秉公办事，不徇私情，不畏惧权贵，不偏袒亲友，使每一份战功都能如实上报，每一位有功之士都能得到应有的嘉奖。”方文举对核查官员们反复叮嘱，每到一处军营，他都亲自深入士卒之中，耐心询问，细致核对，确保核查结果真实可信，经得起时间与历史的检验。
两月之后，全国范围内的战功核查工作顺利完成，共核实有功将士五万余人，其中将领百余人，普通士卒五万余人。周文彬按照大吴礼制与朝廷诏令，结合核查结果，拟定了详细的封赏方案：镇北将军赵烈战功卓着，晋封北疆侯，赐金千两、锦缎百匹、田千亩；镇海王郑毅龙平定海疆，功不可没，晋封镇海王，赏赐加倍；其余将领各按战功大小，分别晋升官职、赏赐金银锦缎、授予荣誉称号；普通士卒按功行赏，或赐银钱，或晋军衔，或免除家中赋税。封赏仪式于皇城之外的校场举行，萧燊亲自主持，文武百官与京城驻军士卒皆到场见证。仪式之上，萧燊亲自为有功将领授印绶、赐赏赐，将士们皆叩首谢恩，山呼万岁，军心大振，士气高昂。
与此同时，阵亡将士家属抚恤工作亦在同步推进，从未间断。王砚率抚恤官员，分赴全国各地，逐一核查阵亡将士家属信息，登记造册，建立专门的抚恤档案。按照朝廷规定，为每一户阵亡将士家属发放足额抚恤金、三年口粮与一定数量的土地，同时令地方官妥善安置其生活，为孤儿寡母提供生活保障与教育机会，为年迈父母提供赡养补助。“《礼记》有言‘事死如事生，事亡如事存’，阵亡将士为国立功，以身殉国，抛头颅、洒热血，守护了江山社稷与百姓安宁，其家属理应受到朝廷的善待与尊崇。吾等需尽心抚恤，耐心安抚，不仅要解决其生活上的困难，更要慰藉其心灵上的创伤，让生者有依，逝者得安，绝不辜负阵亡将士的英灵。”王砚对抚恤官员们道，每到一户家属家中，他都亲自登门慰问，送上抚恤物资，安抚家属情绪，所到之处，皆受到百姓的赞誉与感激。
虞谦与柳清臣全程跟进监察核查、赏恤工作，派遣监察御史分赴各地，明察暗访，严厉查处虚报战功、克扣抚恤金、徇私舞弊等案件。期间，先后查处涉案官员十余人，其中有两名军官虚报战功、冒领封赏，情节严重，性质恶劣，虞谦即刻将其拿下，上报朝廷。萧燊得知后，震怒不已，下旨将该两名军官斩首示众，传檄全国，警示各级官员务必秉公办事，切勿以身试法。其余涉案官员，或革职流放，或杖责贬官，皆受到了严厉的惩处。“此次赏恤，关乎军心稳定与朝廷公信力，关乎国家长治久安，若有贪腐舞弊者，无论官职高低，一律严惩不贷，绝不姑息！”虞谦厉声说道，严格的监察与严厉的问责，震慑了一批心怀不轨之人，确保了各项工作公平公正推进，将士与百姓皆赞朝廷仁政，军心民心愈发安定。
精锐屯驻与赏恤之事既毕，军队常态化训练便被提上重要日程，成为军制厘革的核心举措之一。蒙傲亲自下旨，令全国各地军营，不分边军、水师，统一推行“日常操练、每月考核、每年大演”的训练制度：每日清晨与午后，士卒们需操练武艺、阵法与火器使用，风雨无阻；每月月底进行考核，考核合格者予以表彰，不合格者加倍训练，直至达标；每年秋季举行全国军队大演，检验训练成效，选拔优秀将士。“《吴子》有言‘练兵之法，莫先于纪律；制胜之要，莫重于战力’，一支精锐之师，不仅要有精湛的武艺，更要有严明的纪律与高昂的斗志。只有勤加训练，严规肃纪，方能打造一支攻无不克、守无不固的铁军，御敌于国门之外，守护大吴江山安宁。”蒙傲传檄诸将，令其严格执行训练制度，不得有丝毫懈怠。
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