清剿途中，郑旌始终恪守“恩威并施、剿抚兼济”之策，每攻克一处贼巢，必先斩顽抗酋首，悬首示众，以震慑贼众，再安抚被胁迫之胁从者，予其生路。行至桃花岛，岛上倭酋龟田三郎，性情残暴，率百余倭贼盘踞于此，更胁迫岛上数百百姓为质，负隅顽抗，声言若大吴军队贸然进攻，便屠戮百姓，玉石俱焚。郑旌见状，深知百姓性命攸关，未敢贸然进兵，令大军暂且屯驻岛下，令士卒隔寨喊话，晓以利害，反复言明“只诛首恶，不伤良民”，劝其释放百姓，束手就擒；同时暗中令地方乡勇联络岛上百姓，传递消息，约定夜半时分里应外合，解救百姓，突袭贼巢。
岛上百姓久受倭贼欺凌，被其劫掠财物、奴役劳作，恨之入骨，闻大吴军队前来救援，皆暗中响应，愿配合行动。夜半时分，月黑风高，夜色如墨，岛上百姓趁倭贼熟睡之际，悄悄打开寨门，放下绳索，大吴士卒蜂拥而入，与倭贼展开激战。寨内喊杀声震天，倭贼从睡梦中惊醒，仓促应战，乱作一团。龟田三郎见大势已去，深知难逃一死，怒而挥刀斩杀身边百姓泄愤，一名老丈不幸遇害。郑旌见状，目眦欲裂，怒火中烧，挺枪直冲龟田三郎，口中大喝：“贼酋休走！拿命来！”龟田三郎挥刀迎战，不及数回合，便被郑旌一枪挑于马下，当场毙命。余倭见状，魂飞魄散，或拼死抵抗，或跪地投降，战事旋即告终。
战后，郑旌即刻安抚被困百姓，命士卒分发粮草衣物，为受伤百姓诊治伤口，令其归家安业，重建家园；对其中数名被迫参与抵抗之百姓，亦未加追责，仅温言告诫其日后勿再为倭贼胁迫，安心耕织。百姓感其恩德，纷纷自发组织乡勇，为军队引路、送粮、传递情报，军民同心，清剿之势如破竹，所向披靡。不及两月，郑旌率部清剿沿海大小残倭据点十余处，斩杀倭酋八名，歼灭顽抗倭寇两千余人，俘虏胁从者八百余人，皆妥善安置遣返。此时，沿海残倭仅剩最后一股势力——倭酋松本太郎率五百余众，盘踞于远离大陆之东福山岛，负隅顽抗，企图长期盘踞。
东福山岛孤悬外海，距大陆百里之遥，四面环海，礁石林立，海浪滔天，地势极为险要，易守难攻。倭酋松本太郎，乃倭贼名将，悍勇善战，前番东海决战中侥幸逃脱，收拢残余倭贼五百余人，盘踞于此，筑建坚固防御工事，挖掘壕沟，架设火炮，储粮备械，囤积大量粮草兵器，企图长期据守，伺机卷土重来。郑旌侦知其详情后，召集海正刚、张彪等诸将议事，神色凝重地说道：“东福山岛地势险峻，海浪险恶，倭贼防御坚固，且粮草充足，若率大军强攻，不仅舟楫难行，恐伤亡惨重，且倭贼熟悉海路，若战事不利，极有可能逃窜外海，再难围剿。”
诸将闻言，皆面露难色，沉思良久，各抒己见，或言强攻，或言围困。郑旌沉吟再三，决计出奇制胜，沉声说道：“强攻不可取，围困耗时良久，恐生变数。吾意率百名精锐，趁夜登岛，突袭贼营，斩其酋首松本太郎，乱其军心，使其群龙无首，不战自溃。尔等留守战船，率主力封锁海面，严密防范倭贼逃窜，同时接应吾等登岛与撤离，切勿有丝毫差池。”海正刚、张彪等将皆欲随行，齐声说道：“将军此行凶险，我等愿随将军前往，共斩贼首！”郑旌固拒道：“此行需隐秘行事，人多易暴露行踪，反误大事。尔等守好海面，封锁退路，便是大功一件，无需多言，按计行事即可。”
是夜，月黑风高，狂风呼啸，海浪汹涌，海面漆黑如墨，正是隐秘行动之绝佳时机。郑旌挑选百名精锐士卒，皆熟习水性、勇悍善战之辈，身着轻便铠甲，携带短刀、长枪等兵器，乘十余艘快船，悄无声息地驶向东福山岛。快船在汹涌浪涛中剧烈颠簸，士卒皆屏息凝神，紧扶船舷，神色坚毅，毫无惧色，任凭海浪打湿衣衫。历经两个时辰之艰难航行，终抵东福山岛附近海域。郑旌令士卒弃船登岛，乘小舢板靠近岸边，绕至倭贼防御工事后方之偏僻浅滩，趁守倭士卒熟睡不备，悄悄登岛，斩杀数名哨兵，不留痕迹，随后率军悄然潜入岛内，直奔倭贼主营。
此时，倭贼主营内灯火通明，人声鼎沸，松本太郎正与残余倭贼饮酒作乐，庆贺苟延残喘之命，全然不知大吴军队已潜入岛内，危机四伏。营内倭贼皆酩酊大醉，毫无防备。郑旌见状，心中大喜，低声传令士卒做好突袭准备，随后率部骤冲入营，大喝一声：“倭贼贼首，速来受死！”声震营寨，响彻夜空。松本太郎大惊失色，酒意全无，慌忙起身挥刀迎战，倭贼士卒亦纷纷操械抵抗，乱作一团。双方展开殊死搏斗，营内喊杀声、兵器碰撞声、惨叫声交织在一起，惨烈异常。
战势极为惨烈，大吴士卒虽精锐勇猛，然寡不敌众，面对数倍于己之倭贼，死伤过半，仅剩数十人仍在顽强抵抗。郑旌身中数创，肩部、腿部皆被长刀砍伤，铠甲被鲜血浸透，衣衫染血，却愈战愈勇，丝毫不见退缩之意，手中长枪如猛虎下山，枪挑剑劈，连斩数名倭贼，直扑松本太郎。松本太郎悍勇异常，长刀挥舞，招招致命，二人激战数十回合，不分胜负。郑旌强忍伤痛，凝神聚力，瞅准松本太郎挥刀之破绽，猛地挺枪向前，一枪刺穿其心脏，松本太郎双目圆睁，惨叫一声，倒于地上，酋首毙命。残余倭贼见首领已死，斗志全无，无心恋战，或战死，或跪地投降，东福山岛残倭被彻底肃清，沿海倭患自此根除。
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