这个网络的“菌丝”，由以下几股力量交织而成：
1. 学术投机菌丝：几家高校边缘研究小组（包括那位欧盟分析师所在的机构）开始提交针对“开放研究倡议”的课题申请。课题五花八门，从“基于鹦鹉音串复杂度的环境压力评估模型初探”到“浣熊决策序列中的启发式算法模拟”，大多充满了大胆假设和极小样本。他们未必相信能出成果，但看重方舟提供的独特“田野”和潜在的公众关注度。
2. 商业幻想菌丝：除了那几家对冲基金，一些品牌咨询公司、体验设计工作室甚至高端旅游策划机构，也开始接触方舟或欢乐谷。他们感兴趣的是“动物经济学家”和“概率煎饼”所代表的“原生故事力”和“沉浸式叙事体验”，希望能获得授权或合作，将这些概念用于产品营销、团队建设或特色旅行路线开发。一家瑞士钟表品牌甚至询问，能否以欢乐谷大象的“清扫艺术”节奏为灵感，设计一款“自然韵律限量版腕表”（被婉拒）。
3. 民间创作菌丝：“奶茶风暴”玩家和社区支持者自发创作的海量同人作品、表情包、音乐改编、甚至独立游戏模组，持续将方舟符号（煎饼、鹦鹉、貘、香菜）与各种社会文化议题进行嫁接和解构，形成自我繁殖的迷因生态。
4. 灰色数据菌丝：一些数据经纪人和爬虫团队，开始系统性地爬取并打包所有与方舟相关的公开数据（直播元数据、社交媒体提及、游戏匿名统计、甚至天气与欢乐谷动物行为记录的粗略相关性），作为“另类情绪与生态数据包”在暗网或特定数据市场出售，买家身份不明。
这些“菌丝”彼此连接、交换养分（数据、关注度、资金、创意），形成了一个庞大、杂乱、充满活力却也良莠不齐的“认知真菌网络”。方舟居于这个网络的中心，却无法完全控制它的蔓延方向。一些“真菌”可能产生有益共生（如推动动物福利研究），一些则可能是寄生甚至有毒的（如扭曲概念进行商业炒作或数据倒卖）。
陆川团队不得不成立一个小型“生态治理小组”，由程砚秋和莉莉安牵头，负责甄别“开放研究倡议”的申请，回应商业合作询问，并监控“认知真菌网络”中可能出现的恶意变种。这消耗了他们大量精力，但也迫使方舟更加清晰地去定义和扞卫自己实践的核心边界与伦理准则。
就在方舟忙于应对“认知真菌”的疯长时，一场最初由“协议蒲公英”计划无意中触发、随后被“认知真菌网络”大幅放大和变异的全球性“协议感知扰动”事件，在几乎无人察觉的情况下，达到了一个隐秘的临界点，并最终以一种极其温和、却又无可辩驳的方式显现出来。
事情要从“协议蒲公英”说起。那些被注入公开数据流的、携带了加密攻击特征与生命回应信息的“信息孢子”，原本预期只有极低概率被攻击者捕获并产生干扰。然而，这些孢子随着方舟日益增长的数据流量（游戏、直播、开放数据）四处飘散，其中一部分，被“认知真菌网络”中的那些数据爬虫和另类数据公司大量收集并存储。
这些公司并不理解孢子的加密内容，只是将其视为方舟相关数据流中的“随机噪声”或“特征标记”。当他们将这些数据打包出售时，孢子也随之进入了更广阔的数据市场。一些购买这些数据包的对冲基金或量化研究团队，在构建自己的“非传统信号模型”时，会尝试用各种算法去解析这些噪声，寻找可能存在的模式。
没有人成功破译加密。但在这个过程中，大量计算资源被用于处理这些携带了“对抗性协议特征”与“生命频率印记”的数据碎片。这些计算过程本身，尤其是那些涉及神经网络或复杂模式识别的分析，无意中在算法的“潜在空间”或“注意力权重”中，留下了极其细微的、与孢子核心信息相关的“认知印痕”。
这些印痕本身没有意义。但当全球有数十个、上百个独立的、试图从方舟相关数据中“榨取信号”的模型同时在后台运行时，一种奇妙的集体效应产生了：这些模型所依赖的底层云计算基础设施的某些共享组件（如特定版本的数学函数库、随机数生成器），在处理这些特定类型的数据负载时，开始表现出极其微弱但可重复的、非技术性的“行为偏好”。
例如，某家云服务商用于分布式任务调度的算法，在处理来自这些模型的作业队列时，被监测到在排班时出现了难以解释的、对作业标签中带有“动物”、“社区”、“随机”等关键词的任务的、极其微小的“优先级漂移”（平均延迟减少不到0.1毫秒）。又如，一个被多家机构使用的开源时间序列预测库，在处理包含方舟数据特征的时间序列时，其内部用于防止过拟合的dropout机制，被观察到丢弃特定神经元连接的模式出现了一丝非随机的“图案化”倾向。
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