为了彻底清除吕不韦的影响，嬴政还下令对学院的建筑布局进行改造。按照奇门遁甲的 “法家八阵” 重新规划学院格局：将原来的 “杂学馆” 改建为 “秦法堂”，专门讲授秦国律法与术法的关系；在学院中央修建 “法道台”，台上竖立新的法道碑，刻满秦法条文与纯正的法家符文；四周的学员宿舍按 “五德终始” 排列，分别对应水、火、木、金、土五行，既符合法家术法的修炼规律，又能潜移默化地培养学员的法家思想。
改造过程中，灵脉营的修士们在学院地下布下了 “法家聚灵阵”。阵眼设在法道台下方，与咸阳城的地脉龙气相连，能源源不断地吸收纯正的阳刚灵力，压制可能存在的阴邪之气。这种阵法既有利于学员修炼，又能防止有人在学院暗中修炼邪术。
整顿并非一帆风顺，一些吕不韦的旧部虽未被查处，却暗中抵触新政，散布谣言说嬴政 “破坏法家传承”“打压异己”。李斯发现后，没有采取强硬手段，而是在秦法堂公开辩论，邀请持不同意见的教官与学员上台，就法家术法的本质与发展展开讨论。
“法家术法的本质是什么？是为少数人谋私利，还是为国家与百姓谋福祉？” 李斯在辩论会上问道，目光扫过在场的所有人，“吕不韦修改术法，削弱王权，看似创新，实则是为了方便自己操控朝政；而我们强调法、术、势合一，正是为了确保术法服务于秦国的法治，服务于天下统一！”
他的话掷地有声，赢得了大多数师生的认同。那些暗中抵触的人在事实面前无言以对，渐渐改变了态度。学院的风气焕然一新，师生们不再空谈理论，而是注重将术法与实战、与治国相结合，学习氛围日益浓厚。
嬴政对学院的整顿成果十分满意，多次亲临学院视察。一次在旁听李信讲授 “阵法与军略” 课时，他看到学员们结合秦军的战术，设计出既能防御又能进攻的 “法家军阵”，眼中露出赞许的目光。
“很好。” 课后，嬴政对李斯与李信说，“术法不能脱离实际，更不能脱离国家需求。你们要继续坚持这种教学方式，让学员们明白，学习法家术法，不仅是为了个人修为，更是为了守护秦国，统一天下。”
他还亲自为学院题写了新的匾额 “法兴秦兴”，悬挂在正厅之上，取代了吕不韦的 “法道同源”。这四个大字笔力遒劲，蕴含着强大的法家灵力，既是对学院整顿成果的肯定，也是对师生们的期许。
随着整顿的深入，法道学院逐渐成为培养秦国核心人才的摇篮。学员们不仅术法精湛，更有着坚定的法治信念与忠君思想，毕业后纷纷进入灵脉营、军队、官府等重要部门，成为秦国各级机构的骨干力量。他们在工作中严格执法，运用法家术法解决实际问题，为秦国的稳定与发展做出了重要贡献。
然而，嬴政并未因此放松警惕。他知道，吕不韦的影响不可能在短时间内完全清除，学院中或许还隐藏着未被发现的余党，甚至可能有巫教的残余势力渗透。在一次与李斯的密谈中，他特意嘱咐：“要加强对学员思想的引导，警惕任何形式的邪术思想与分裂言论。对于那些形迹可疑、思想不正的学员，要及时排查，防止他们成为新的隐患。”
李斯躬身应诺，随即在学院建立了严格的思想考核制度，定期对学员的术法笔记、心得体会进行检查，发现问题及时纠正。他还在学院设立了 “举报箱”，鼓励师生举报任何可疑行为，确保学院的纯洁性。
法道学院的整顿，不仅清除了吕不韦的势力，强化了嬴政对法家术法传承的掌控，更重要的是，为秦国培养了一批既懂法治又通术法的新型人才，为后续的统一战争与国家治理奠定了坚实的人才基础。而这种严格的整顿与管控方式，也为接下来彻底清除巫教余孽提供了宝贵的经验。
夕阳西下，金色的余晖洒在 “法兴秦兴” 的匾额上，反射出耀眼的光芒。李斯站在法道台前，看着学员们在操场上演练法家军阵，整齐的步伐与洪亮的口号充满了活力与希望。他知道，在嬴政的领导下，经过整顿的法道学院，必将成为推动秦国走向强盛的重要力量，而一场清除巫教余孽的风暴，也已在悄然酝酿之中。
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