搜书的严苛远超想象。搜书队按“奇门遁甲·开门”方位划定搜查区域，确保无死角覆盖；炼气士以“灵嗅术”感应隐藏的书籍，哪怕是墙缝、地下的藏书都无所遁形。在齐地稷下学宫旧址，搜书队掘地三尺，从密室中搜出六国史书、儒家典籍三千余卷，其中不少是孤本，书页间还夹着战国名士的批注手札。
李斯制定了“焚书三规”：一是“私藏者罪”，百姓、士人私藏禁书，一经发现，“黥为城旦”（脸上刺字，服筑城劳役）；二是“偶语者死”，敢在私下议论《诗》《书》或诸子言论者，“弃市”（在闹市处死）；三是“以古非今者族”，引用古籍非议秦法、朝政者，灭三族。这些严苛的规定让天下震动，父子相告、邻里互举，一时间人人自危。
在咸阳的“焚书大典”上，嬴政亲自主持点火仪式。巨大的焚书台用玄铁铸造，按“八卦离位”搭建，台上堆满分类好的禁书。嬴政以人皇法印引灵力点燃火把，口中念诵：“非秦法之书，皆为乱道；非秦统之论，皆为惑民。今日焚之，以清思想，以固灵脉！”火把掷入书堆，烈焰冲天而起，火光中仿佛有古籍文字化作灰烬精灵，悲鸣着消散——灵脉监修士感应到，这一刻，全国的文化灵脉（承载知识传承的灵气）剧烈震颤，九环锁灵阵的光晕黯淡了一瞬。
书籍的分类与留存暗藏深意。被保留的书籍严格限定在“实用之学”：秦法典籍（《商君法篆》《秦律》等）是统治根基，必须普及；医药书籍（《神农本草经》《灵脉医经》等）关乎民生，可留；卜筮书籍（《奇门遁甲》《灵脉占验》等）用于祭祀、择吉，由官方掌控；种植书籍（《农桑要术》《灵田丰产诀》等）利于灵谷增产，允许流传。
这些留存的书籍被集中收藏于咸阳宫“金匮石室”，由炼气士以“锁灵阵”看守，石室门上刻“非博士官不得入内”，普通人哪怕是官吏都无权翻阅。法道学院的博士成为唯一能接触禁书的群体，但也仅限于“校勘、注释”，严禁传播。这种“官方垄断知识”的做法，彻底切断了民间的思想活水。
焚书的社会反应复杂而沉痛。儒生们将藏书视为生命，不少人宁愿违反禁令也要保护典籍。鲁地儒生孔鲋（孔子后裔）将《论语》《尚书》等典籍藏于墙壁中，自己则背着重罪逃亡，临行前对弟子说：“书籍是文脉所系，哪怕以身殉书，也要留一丝火种。”齐地士人田儋将家中藏书沉入渤海，希望“待秦亡之后，再捞起传世”，却因被人告发而遭灭族。
普通百姓则在恐惧中烧毁藏书，哪怕是医书、农书，只要沾点“古籍”边，都被一并焚烧。关中农夫王二为自保，将祖传的《灵田耕作法》付之一炬，事后痛哭道：“烧的不是书，是咱吃饭的本事啊！”这种不分青红皂白的焚烧，导致不少实用知识也随之失传，灵田耕作、灵脉治理的技术出现断层。
炼气士群体内部也出现分裂。部分炼气士认为“焚书太过极端，文脉断绝则灵脉无继”，暗中保护了一些医药、卜筮书籍，比如黄石公将《奇门遁甲·灵脉篇》抄录后，藏于华山灵脉深处；但更多炼气士选择执行命令，用“烈火符”加速焚书，用“锁灵阵”看守禁书，成为思想清洗的工具。
焚书之火燃烧了三个月，天下典籍十毁其七。当最后一处焚书台的火焰熄灭，咸阳宫的金匮石室堆满了留存的书籍，而民间的思想交流彻底陷入死寂。嬴政站在石室前，看着整齐的书架，人皇法印感受到知识灵脉的微弱搏动，满意道：“思想统一，灵脉自安。”但他不知道，这场文化断裂，正在为秦的统治埋下更深的隐患——当思想失去活力，统治的根基也终将枯萎。
三、坑儒之狱：方士之罪与儒生之劫
焚书的余烟尚未散尽，坑儒的风暴已骤然降临。嬴政认为，焚书只是清除了思想的载体，而散布非议的儒生、欺骗求仙的方士仍在暗中活动，必须“斩草除根”。这场被后世称为“坑儒”的事件，起因于方士的背叛，却最终将刀锋对准了所有非议秦法的士人，成为秦朝思想控制最血腥的注脚。
方士的欺骗是直接导火索。侯生、卢生潜逃后，嬴政下令在全国搜捕所有参与求仙药的方士，查出“虚报仙药进展”“私议朝政”的方士达四百六十余人。这些方士曾利用嬴政的长生执念，骗取大量灵材（如昆仑玉、不死草）、丹药经费，甚至伪造“仙药图谱”（实为《山海经》异兽图篡改），如今东窗事发，成了嬴政泄愤的首要目标。
在审讯中，方士们为求自保，互相攀咬，甚至牵连无辜儒生。有人供称“与鲁地儒生讨论过‘始皇无道’”，有人指认“淳于越曾借阅方士典籍，非议求仙之举”——这些供词让嬴政认定“儒生与方士勾结，共为乱党”，下令“将涉案方士、儒生一并处置”。
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