大会结束后，石破天率领核心小队前往琉璃圣山。圣山顶端覆盖着浓郁的共生道韵，山脚下的“琉璃圣池”中，漂浮着无数琉璃花瓣，花瓣上的光纹与护道印产生共鸣。石破天将护道印按在圣池中央，金色光纹与琉璃光纹交织成巨型阵形，圣山突然剧烈震动，山壁裂开一道巨型石门，门内涌出浓郁的上古共生道韵——正是万宇共生圣境的入口。
圣境内部是一片七彩天地，脚下是流淌的“共生本源河”，河水能滋养道基，提升修为；远处的“共生圣殿”顶端，悬浮着一团比太阳璀璨百倍的“万宇共生本源”，本源周围环绕着“上古共生战士”的虚影，虚影手持圣火战刃，气息达万宇圣火境。石破天走上前，伸手触碰本源，本源化作一道七彩光流涌入护道印，护道印爆发的光芒将整个圣境照得如同白昼，印身的符文更加璀璨，气息比之前暴涨十倍。
“共生本源已与护道印融合！”星瑶眼中闪过狂喜，石破天感受着体内暴涨的能量，信心倍增：“现在，我们有能力对抗暗黑万宇圣祖了！”就在此时，圣境的墙壁突然浮现上古壁画，壁画上记载着一个惊人秘密：暗黑万宇圣祖并非天生邪恶，而是上古共生联盟的叛徒，他偷走了一半共生本源，融合暗黑能量才成为圣祖，只要夺回被偷走的本源，就能净化他的暗黑道韵。
返回琉璃宇后，石破天将壁画的秘密告知众人，联军的士气更加高涨。三日后，暗黑万宇境的边缘传来恐怖威压，暗黑万宇圣祖率领千亿艘暗黑母舰组成的“暗黑万宇阵”，缓缓驶入万宇海。圣祖身着原始暗黑圣袍，手中的暗黑万宇本源珠散发着吞噬一切的能量，气息达万宇原始暗黑境圆满。
“石破天，交出共生本源与护道印，本圣祖可饶你们不死！”圣祖的声音裹挟着原始暗黑法则，震得联军战舰的舰身符文剧烈闪烁。石破天飞身至联军前方，手持万宇圣火共生护道印，身后是千亿艘联军战舰组成的“万宇圣火阵”，三十余个文明的道韵顺着共生网络汇聚而来，形成巨型光罩，将联军牢牢保护在里面。
“暗黑叛徒，还敢猖狂！”石破天的声音响彻万宇海，“今日，我们便要夺回共生本源，净化你的暗黑道韵，让万宇海重归共生！”
暗黑万宇圣祖脸色一沉，挥手将本源珠掷向空中，“原始暗黑·万宇吞噬！”墨色能量形成巨型漩涡，将联军的光罩牢牢吸住，光罩的圣火能量开始缓慢流失。石破天立即催动护道印，“万宇圣火·共生反击！”金色光纹形成巨型光刃，直刺漩涡中心的本源珠。
光刃与本源珠碰撞的瞬间，万宇海的空间被彻底撕裂，能量冲击形成的风暴席卷万亿光年，风暴中的圣火能量与暗黑能量疯狂碰撞，净化与吞噬的较量正式展开。联军的战舰同时启动主炮，三十余个文明的道韵交织成巨型火网，将暗黑母舰群牢牢笼罩；年轻圣战军组成“万宇三才阵”，时轩控时、光曦防御、虚无辰转化能量，三人合力斩杀着冲来的暗黑战士。
石破天飞身至本源珠面前，护道印的共生本源能量与本源珠中的另一半共生本源产生共鸣，本源珠开始剧烈震动，墨色能量中浮现出金色光纹。“不！不可能！共生本源怎会共鸣！”暗黑万宇圣祖大惊失色，刚要收回本源珠，星瑶已催动生命共生圣纹，绿色光纹形成锁链，缠住圣祖的手腕；琉璃尊的琉璃道韵则形成“琉璃封印阵”，将圣祖的能量牢牢困住。
“暗黑圣祖，回头是岸！”石破天大喝着将护道印按向本源珠，金色光纹与本源珠中的金色光纹彻底融合，本源珠的墨色能量开始被净化，转化为纯净的共生本源能量。圣祖的身体开始被金色光纹覆盖，原始暗黑法则逐渐瓦解，他的眼中闪过悔恨：“本圣祖……错了……”
就在本源珠即将被彻底净化时，万宇海的深处突然传来一股更恐怖的威压，威压中蕴含着“混沌原始法则”，既非圣火也非暗黑，而是比两者更古老的能量。一道苍老的声音响彻战场：“凡夫俗子，也敢干预本混沌的法则？”
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