第三层屏障是虚空能量构建的，与之前的虚空之主能量同源，林晚星直接将混沌核心的共生能量爆发，黑白能量形成一道巨型光刃，劈开屏障，突击舰顺利进入混乱圣殿内部。圣殿的大殿中央，一枚扭曲的黑色能量球悬浮在半空中——这就是黑暗平衡核心，周围的地面上刻着无数扭曲的符文，黑暗领主正坐在核心下方的宝座上，闭着眼睛吸收核心的能量。
“没想到多元宇宙的人会闯到这里。”黑暗领主缓缓睁开眼睛，他的双眼是纯粹的黑色，没有一丝光泽，“你的共生能量很有趣，正好能用来强化我的黑暗核心。”他挥手释放出扭曲的平衡能量，朝着突击舰袭来。林晚星立刻将共生能量注入防御系统，黑白能量屏障挡住了攻击：“你的扭曲平衡，注定会被真正的平衡取代！”
陆炽和槐生同时冲出突击舰，陆炽的魂火化作巨型火狼，扑向黑暗领主；槐生的次元之心制造出空间刃，攻击核心周围的符文。黑暗领主侧身躲过火狼的攻击，挥手将空间刃打散：“两个小角色，也敢在我面前放肆！”他的手掌凝聚出黑色能量球，朝着两人轰去。
林晚星抓住机会，驾驶突击舰冲向黑暗核心，将混沌核心的共生能量全部注入核心。核心的黑色能量开始与共生能量融合，扭曲的符文也逐渐变得平衡。黑暗领主的脸色瞬间大变，他放弃攻击陆炽和槐生，转身冲向核心：“住手！这是我的核心！”
陆炽和槐生立刻上前阻拦，魂火与次元能量交织成一道能量网，将黑暗领主缠住。林晚星趁机将更多的共生能量注入核心，核心的黑色能量越来越少，逐渐被黑白平衡的能量取代。当核心彻底转化为共生能量时，黑暗领主发出一声凄厉的惨叫，身体被核心的能量反噬，化作一缕黑烟消散。
黑暗核心被转化后，混乱圣殿开始剧烈震颤，周围的能量屏障也纷纷破碎。凯带领的反抗军趁机攻占了圣殿，镜像宇宙的黑暗势力群龙无首，开始纷纷溃败。林晚星松了口气，刚要与陆炽、槐生汇合，混沌核心突然发出强烈的警示，定位符文的能量也开始紊乱——跨宇宙通道正在关闭。
“通道要关闭了！我们必须立刻返回！”槐生立刻操控突击舰，朝着通道的方向飞去。当突击舰抵达通道位置时，通道已只剩下一道细小的缝隙，周围的空间也开始扭曲。林晚星立刻捏碎定位符文，始祖的本源能量从缝隙中涌出，暂时稳住了通道。
突击舰顺利穿过缝隙，返回多元宇宙。当通道彻底关闭后，林晚星才发现混沌核心的表面多了一道镜像宇宙的能量纹路，纹路中闪烁着微弱的红光。始祖检查后，脸色变得凝重：“这是镜像宇宙的‘黑暗印记’，虽然没有暗影印记那么危险，但它能让镜像宇宙的残余黑暗势力感应到你的位置。而且，我从印记中感应到，镜像宇宙的深处，还隐藏着一股比黑暗领主更强大的能量，它正在苏醒。”
林晚星握紧混沌核心，感受着其中平衡流转的共生能量，眼中满是坚定：“不管是黑暗印记，还是隐藏的强大能量，只要有平衡的力量，有伙伴的支持，我们都能应对。多元宇宙和镜像宇宙的平衡，就由我们来守护。”
就在这时，平衡核心守护基地的紧急通讯突然接入，通讯官的声音带着惊慌：“晚星前辈！平衡核心的表面出现了一道镜像纹路，与您混沌核心上的黑暗印记一模一样！而且，基地周围出现了大量镜像宇宙的空间裂缝，无数扭曲的生物正在从裂缝中涌出！”
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