《金丹秘要》不仅详细地描述了修行者修炼金丹大道从平凡之人到金仙的整个蜕变过程，而且还对每一关的修炼功法都进行了细致入微的阐述。
首先是第一重境界——筑基明性。在这一关中，修行者需要打通身体的三个重要关窍：尾闾、夹脊和玉枕。
这三个关窍就像是人体的三道关卡，只有成功突破它们，才能让修行者的身体与天地之间的能量流通更加顺畅。
具体的修炼功法是，在冬至子时，修行者要面朝北方静坐，运用一种名为“玄武观想术”的法门，引导地脉中的阴气进入自己的身体。
当阴气进入体内后，会沿着脊柱流动，就像熔岩在山脉中奔腾一样。
在这个过程中，修行者需要在七七四十九天内，用自身的真火来锻造“龙骨”，使其变得更加坚固。
当修行者成功完成这一阶段的修炼后，会出现一些奇特的异象。
比如，皮下会显现金色的经络，仿佛身体内部有一张金色的网；而在夜晚，甚至可以看到骨骼透出琥珀色的光晕，宛如体内藏有神秘的宝藏。
然而，这一阶段也并非一帆风顺，其中还隐藏着一个劫数，那就是“阴火焚身”。
如果修行者在修炼过程中不小心吸入了过量的阴气，就会从涌泉穴中燃起蓝色的火焰。
这种阴火非常凶猛，一旦燃起，会迅速蔓延全身，对修行者造成极大的伤害。
此时，修行者必须立即服用一种名为“离火枣”的丹药来镇压阴火，否则后果不堪设想。
第二重·采药归炉。这一重功法的关键在于打通三个重要关窍：凝绛宫、照黄庭、锁气海。只有当这三个关窍通畅无阻时，才能顺利进行采药归炉的过程。
具体的功法要求是，在春分卯时采集东方青龙木气，秋分酉时吸纳西方白虎金精。然后运用「和合四象诀」将五行之气熔炼为「大药」。
当修炼者达到这一境界时，丹田处会显现出青红二色的气旋，呼吸时口鼻会喷吐云霞，这是体内五行之气调和的表现。
然而，这一阶段也存在着一个劫数，即「药毒攻心」。如果五行之气失衡，肝脏区域就会生出翡翠色的毒斑。
此时，需要使用「五帝钱」布阵来导引毒气，使其排出体外。
此外，为了更好地调和药性，还需要借助一件特殊的器物——「四象铜炉」。
第三重·玉液还丹。进入第三重境界后，关窍的打通变得更为关键。需要通任督二脉，化金津为玉液。
具体的功法是，用舌头抵住「天池穴」，引动天河水，以「天河倒卷」之势将唾液化为玉浆，然后经过十二重楼进入黄庭。
当修炼者成功达到这一境界时，会出现一些异象，比如牙齿脱落并重新生长，变得洁白如玉，发丝也会转为玄青色。
不过，这一阶段同样面临着一个劫数，即「玄冰锁喉」。如果玉液失控，就会冻结喉轮，导致无法呼吸。此时，需要取南海蛟人的眼泪来解冻。
第四重境界名为“龙虎交媾”，这一境界的关窍在于肝木化龙、肺金凝虎以及黄庭孕丹。
所谓肝木化龙，就是要将肝脏中的木气激发出来，使其转化为龙气；而肺金凝虎，则是要将肺脏中的金气凝聚起来，形成虎气。当龙气和虎气在黄庭处交汇时，就会孕育出一颗丹药。
要修炼这一功法，需要在雷雨天站在悬崖之上，引天雷劈入肝经，同时让地磁贯入肺脉。这样一来，龙虎二气就会在黄庭处相互争斗，从而达到交媾的目的。
在修炼过程中，会出现一些异象。比如，体表会浮现出龟蛇盘结的纹路，这是龙虎二气在体表游走的表现；夜间双眼还会射出尺许长的金光，这是龙虎二气在体内运转时所产生的光芒。
然而，修炼这一功法也存在一定的风险，那就是“龙虎反噬”。如果龙虎二气不能在黄庭处和谐共处，就会相互反噬，对修炼者造成严重的伤害。
不过，一旦遇到这种情况，可以服用“龙虎丹”来续接龙虎二气，从而避免反噬的发生。
第五重·虚室生白：这一重的关键在于开启泥丸宫、见到元婴以及开辟紫府。修炼者需要闭关百日，期间不看不听，达到心无旁骛的境界。当眉心跳动如鼓时，便是时机已到，此时可以运用「斩三尸剑诀」劈开泥丸宫。
一旦成功劈开泥丸宫，将会出现异象：颅顶会显现出莲花状的光轮，整个房间无需蜡烛也会自然明亮。
然而，这一重也有劫数，那就是「天魔窥视」。当天魔来袭时，修炼者的神识可能会受到干扰，导致修炼失败。
不过，若能拥有「虚室玉圭」，便可护持神识清明，抵御天魔的侵袭。
第六重·五气朝元：此重的关窍在于心火凝雀、肾水化武以及脾土为基。功法要求在立夏午时吞服「五石散」，然后引导五脏之气汇聚于中宫，从而铸就「五行道胎」。
当修炼者成功铸就「五行道胎」后，会有一系列的异象显现：五脏会透出五色毫光，呼气时仿佛能形成云朵，吸气时则能凝结成霜。
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