弥留之际，她仍心系国事与家人，叮嘱李世民要召回贤相房玄龄，并再次告诫要抑制外戚权势，尤其不要让她的兄长长孙无忌掌握过大权。她还请求“因山而葬，不须起坟”，薄葬即可。
贞观十年六月二十一日（公元636年7月28日），长孙皇后在立政殿溘然长逝，年仅三十六岁。李世民的悲痛难以言表。他发现，妻子早已将毒药系在腰间，预备着“若有不讳，亦不独生”，誓与他生死相随。
他抱着妻子尚有余温的遗体，将毒药粉撒入火盆，砸碎玉匣，仰天泣血：“此后孤坐明堂，再无人为朕系药于腰了！”他并未完全遵从妻子薄葬的遗愿，而是动用了十万民夫，在九嵕山为她修建了宏伟的昭陵，希望“同穴而葬”，并特意在陵园中修建高台，以便日日登高远眺，寄托哀思。
长孙皇后去世后，李世民终身未再立后。他亲自抚养了长孙皇后留下的幼子晋王李治和幼女晋阳公主，这是历史上极少见的皇帝亲自抚养公主的例子。他时常登上宫中修建的层观（高楼），遥望昭陵方向，泫然流涕。大臣们担心皇帝过于哀伤，劝说他拆除层观，李世民一度听从，但对妻子的思念却从未停止。
他将长孙皇后生前编撰的《女则》十卷（收录历代后妃得失事迹并加以评述，旨在作为后宫治理的借鉴）珍藏，阅后常失声痛哭。直至贞观二十三年（649年）李世民驾崩，他与长孙皇后合葬于昭陵，真正实现了“生同衾，死同穴”的誓言。
万朝时空的观众们，目睹这天幕所展现的李世民与长孙皇后之间跨越生死、深情不渝的爱情故事，反应各异，但无不为之动容。秦始皇嬴政或许会难以理解这种将个人情感置于如此高度的行为，但可能也会对这份执着产生一丝好奇。
汉高祖刘邦大概会挠头感慨：“这小子（李世民）打仗厉害，疼媳妇也更有一套！” 汉武帝刘彻可能则会想起自己的李夫人和陈阿娇，心中泛起些许复杂的滋味。而明太祖朱元璋与马皇后，或许能从中看到几分自己与发妻相濡以沫的影子，更能体会这份深厚情感的珍贵。
李世民与长孙皇后的爱情，不仅是帝王家的一段佳话，更是一种相互成就、灵魂共鸣的深刻联结。她是他的“嘉偶”，是他的“白月光”，是他开创贞观之治路上不可或缺的“贤内助”与精神支柱。
她的早逝，成为这位天可汗心中永远的痛与遗憾，而他的念念不忘，也让这段爱情超越了时空，成为千古传颂的传奇。正如那棵相传由李世民亲手为长孙皇后种下的千年银杏，历经风霜，依旧枝繁叶茂，仿佛象征着他们的爱情，虽跨越生死，却永恒常青。
长孙皇后病重期间，李世民就已经显露出他的“哭包”本色。他不仅罢朝，亲自侍奉汤药，还昼夜不离左右。当太医署令表示无力回天时，李世民更是当场红了眼眶，握着长孙皇后的手哽咽道：“皇后若有不测，朕亦不生矣！” 他甚至下令大赦天下，并紧急重修三百九十二座废弃寺庙，只为给皇后祈福延寿，其心急如焚、方寸大乱的模样，让群臣都暗自摇头叹息。
弥留之际，长孙皇后气息微弱地进行最后劝谏，叮嘱李世民要“亲君子，远小人，纳忠谏，屏谗慝”，并再次强调不要重用外戚。听着爱妻临终仍心系国事，李世民泪如雨下，紧紧握住她的手泣不成声。
贞观十年六月二十一日，长孙皇后最终崩逝，年仅三十六岁。这一刻，立政殿内哭声震天。李世民扑在皇后榻前，紧紧抱住妻子尚有余温的遗体，哭得像个失去一切的孩子，任凭群臣如何劝慰也不肯起身。宫人后来收拾寝殿时，发现皇后榻边有一个小巧的玉匣，里面竟藏着一包毒药。原来长孙皇后早已下定决心“若有不讳，亦不独生”，誓与李世民同生共死。当宫人战战兢兢地将玉匣呈给李世民时，他睹物思人，再次崩溃大哭，一边将毒药粉撒入火盆，一边砸碎玉匣，仰天泣血：“此后孤坐明堂，再无人为朕系药于腰了！”
太子李承乾的反应同样剧烈。他扑在母亲身上嚎啕痛哭，甚至因悲伤过度而数次昏厥。他后悔自己没有在母亲病重时更多陪伴左右，这种愧疚感加深了他的悲痛。魏王李泰则跪在一旁默默垂泪，他虽以文采着称，此刻却也泣不成声。最让人心疼的是年幼的晋王李治（后来的唐高宗）和晋阳公主，他们或许还不能完全理解死亡的意味，但看到父亲和兄长们哭得如此伤心，也吓得哇哇大哭，晋阳公主更是不断喊着“要娘亲”，场面令人心碎。
长孙无忌作为皇后的兄长，伏地痛哭，几近昏厥。房玄龄、魏征等一众深受长孙皇后庇护和敬重的大臣，也都在殿外掩面而泣。魏征后来曾对家人感叹：“皇后每遇陛下盛怒，必从容规劝，保全臣等。今后再遇直谏触怒之时，再无皇后缓颊矣！” 言语中充满了对未来的担忧和对皇后的无尽怀念。
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