曾国藩奏折中所言多直率恳切之语，呈递时担心会触犯不测之罪。咸丰皇帝下谕：“曾国藩所上条陈奏折，朕已详细阅览，其意在规劝过失、防微杜渐。虽有些言论迂腐欠通，但本意尚属可取。朕自即位以来，凡大小臣工所上奏章，只要对国计民生、用人行政等大事有所裨益，无不立即施行。”
凡是阐述治国之道、有益身心修养的奏章，都命人放置在朕身边，以便随时查阅。其中若有难以施行的建议，有的予以驳回，有的则明确宣示谕旨。朕希望真正采纳谏言，并非只为博取纳谏虚名，岂能简单以“毋庸议”三字草率处理？曾国藩所奏内容，除广西军事地理等已着手查办的事项外，其余或言辞过于激烈不够公允，或仅见片面过于固执。
考虑到他本意是为进献忠言，朕也不予斥责。至于奏折中论及君主若存自满之心，必将导致喜欢阿谀、厌恶直言等语，确实切中要害。朕自思德行浅薄，日夜勤勉，常怀修身不足之念。倘若因一二过激之言便不予采纳，使言路不畅，这正是骄矜之心的萌芽。
朕深知为君之难，诸臣也应当明白为臣不易，君臣之间应当互相劝诫，言行一致，这样国家才能真正收到实效。钦此。曾国藩这道奏疏获得皇帝嘉许，当时被传为美谈。
这个月，李文恭公（李星沅）在军中去世。
五月，朝廷下诏任命邹鸣鹤为广西巡抚。
十八日，唐鉴（唐公）入京觐见，皇帝召见十余次，尽显老儒晚年得遇明君的荣耀。
二十六日，曾国藩奉旨兼任刑部左侍郎，次日上奏谢恩，并在奏折中提及此前所上直言进谏的奏疏未受责罚，特此表达感激之情。
六月，赛尚阿抵达桂林，上奏请求调派江忠源随军效力。当时江忠源正在家乡为父母守丧，接到调令后立即赶赴广西。乌兰泰初次见面就对他极为器重，将他留在幕府中，遇事必先征询他的意见。随后又委派他招募五百名湖南乡勇协助剿匪，这是湖南地方武装首次出境参与平乱。
曾国藩早年在翰林院任职时，曾与倭仁、唐鉴等人研讨学问，坚持每日记录心得，但后来中断了数年。刘传莹为他的书斋题写匾额“养德养身绵绵穆穆之室”。此时曾国藩便仿效程颐《读书日程》的体例，开始撰写名为《绵绵穆穆之室日记》的修身日记。
他在日记中阐述道：“从戒惧谨慎开始约束自己，最终达到中和境界而使天地各安其位。这种绵延不断的修养，是由动入静的过程。从独处时谨小慎微开始精进，最终达到和谐境界而使万物化育。这种庄严肃穆的修养，是由静入动的过程。由静到动，有神明主宰；由动到静，有鬼神来司掌。终始往来，都贯穿着这个道理。”他每天用八件事来要求自己：读书、静坐、写文章、练字、处理公务、教导子女、接待宾客、回复信件。遇到事情有所感悟，就另外记录在日记的眉批处。
八月，曾国藩被钦点为顺天乡试搜检大臣。
他当时兼任刑部侍郎，公务繁重，既要轮值上奏议事，又要到衙门处理政务，几乎没有一天空闲。即便在公务之余，他也手不释卷，将经世致用的学问和本朝典章制度分门别类记录下来，共整理成十八个门类。
大学士琦善在新疆审理案件时得罪了钦差大臣萨迎阿，朝廷派曾国藩前往查办。他上奏请求将琦善移交刑部问罪，最终奉旨将琦善逮捕审问。
闰八月，琦善被押解到京城，关入刑部大牢。朝廷派军机大臣会同三法司会审。琦善亲笔写下千余字的供词，声称自己是被萨迎阿陷害。朝中大臣们也大多认为萨迎阿原先的奏章有失公允。当时萨迎阿接替琦善的职务在外，尚未回京。会审过程中，琦善不断为自己辩解。军机章京邵懿辰针对供词提出十九条驳斥，但主审官员未予采纳，反而决定传唤萨迎阿随行的四名办案官员到公堂与琦善对质，甚至有人提议要追究诬告反坐之罪。
唯独曾国藩坚持道：“琦善虽官至将相，但既已奉旨查办，审问本就是分内之事。那些办案官员职位虽低，却也没有传唤到刑部大堂与获罪官员对质的道理。若因此受罚，将来大员犯法，谁还敢查办？况且圣旨只命会审琦善，并未提及要审问办案官员。若一定要传讯，应当先奏请圣旨。”他据理力争，言辞激烈，在座众人皆为之震动。此事最终作罢。
广西叛军攻陷永安州城，擅自称王。钦差大臣赛尚阿率军从桂林出发征讨。九月二十一日，皇帝临朝听政时接到永安失守的紧急军报，所有统兵将帅都受到圣旨严厉训斥。
二十六日，礼部举行选拔军机章京的考试。
二十九日，刑部举行选拔军机章京的考试。
九月初一，曾国藩带领同乡京官联名上奏谢恩，为遭受水灾的州县获得钱粮豁免。
十月十二日，他被钦点为顺天武乡试主考官，沈兆霖担任副主考。这一科共录取武举人一百六十六名。
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