扬州发生民众与天主教堂冲突事件，曾国藩委派按察使李宗羲、盐运使李元华、上海道应宝时共同提审此案，会商处理。
二十二日，曾国藩专折上奏，承认此前所呈密折未能严守机密，自请交由吏部议处。同时上奏折报告东西两路捻军已全部肃清，湘军、淮军各部应尽快裁撤，以节省军饷开支并减轻百姓负担。并预先筹划经费，作为遣散兵勇之用。另上奏折详细查明运河水位情况。又上奏折汇总阵亡、伤亡及病故军官名单，请求给予抚恤。附片奏请：对治河工程中去世的道员潘鸿焘予以抚恤。最后上奏折汇报在江宁府辖区查出已垦熟田，试行以田赋抵充军饷的征收办法。
二十七日，接到朝廷上谕：“曾国藩调任直隶总督，两江总督由马新贻接任。钦此。”
八月初六日，曾国藩专折上奏谢恩，一是为吏部从优议叙嘉奖，二是为调任直隶总督。并恳请进京面圣。附片中他详细陈述：自己两次遭遇父母丧事，都未能在家守满孝期；为官十年，未能回乡祭扫祖坟。每当遥想祖茔松楸，便寝食难安。又提到剿捻无功，本是心中愧疚之事，而回任两江总督后，未能勤勉履职，公务多有荒废，这些都是臣深感歉疚之处。待进京时，定当详细奏明。
十一日，曾国藩撰写《江宁昭忠祠碑记》。
十三日，上海船厂建造的第一艘火轮船完工，驶抵金陵。曾国藩登船试航至采石矶，将其命名为“恬吉”，寓意“四海安宁，公务顺遂”。
对扬州教堂案件作出批复，并拟写公文呈报总理衙门。
当月，李鸿章奏报平定捻军战事，裁撤剿捻官军，仅留刘铭传一军驻扎畿南张秋镇。又奏请拨款修缮孔林。湘军将领刘松山率部随左宗棠入陕，参与剿办回民起义军。
九月初二日，曾国藩上奏报告“恬吉”号轮船建造完成，并详细陈述上海机器制造局的筹办情况。附片中请求免除金陵善后局经费支出的造册报销程序。另附片奏请对长江内河水师粮台官员和船厂官员进行统一嘉奖。
初十日，审议确定湖北裁撤湘勇的具体方案。
十七日，审核制定外海水师的管理章程。
丁日昌抵达金陵，与曾国藩共同商议处理扬州教堂案件。
二十日，新任两江总督马新贻抵达金陵。
二十六日，曾国藩正式移交总督关防印信。
二十八日，曾国藩的弟弟曾国潢来到官署，兄弟相见十分欢愉，同榻夜话，畅谈家乡琐事，以此为乐。曾国藩还亲笔书写六条箴言赠予弟弟。
当月，曾国藩与漕运总督、河道总督联名上奏，汇报荥泽决堤洪水逐渐流入洪泽湖的情况，并共同筹划堵截防御方案。
十月初五日，曾国藩上奏报告交接日期，并说明因需遵旨会商公事，暂缓启程赴任。同时上奏请求禁止四川私盐流入湖北，恢复淮南盐区原有制度，整顿盐务。附片中奏请将刘松山一军的江南协饷改由湖北襄阳转运至陕西，并称自己在交接之际需对经手事务稍作收尾。另上奏请求对在金陵殉难的原广西巡抚邹鸣鹤从优抚恤，并赐予谥号以表彰其忠节。又奏请抚恤病故的水师营副将柳寿田。二十六日，李鸿章赴任湖广总督途中经过金陵，与曾国藩会面。
十一月初三日，曾国藩专折上奏湘军第五案军需款目造册报销事宜。奏折中称：以往军营办理报销时，朝廷内外官吏相互勾结，从中牟利。此次臣严格约束下属，坚持“实用实销”原则，严禁挪用款项，也不准刻意遮掩。臣治军十余年，所用皆为招募的乡勇，与过去专用朝廷编制官兵的情况大不相同。若报销中有与户部规定不符之处，恳请户部酌情体谅，臣绝无丝毫与部臣对抗之意。此折奉旨：“准如所请，该部知悉。钦此。”
同日，曾国藩又上奏折，详细拟定江苏外海、内洋及里河水师管理章程十四条，奏请朝廷敕令李鸿章、马新贻、丁日昌等人各抒己见，共同审议完善，并恳请部臣严格审核，不厌其烦地提出修改意见，以求兴利除弊。臣不敢因自己是章程初拟者而有所偏袒。另上奏折称：江楚地区战事持续太久，武职官员保举人数过多，现唯有通过借补低级官职的途径，才能安置被裁撤的将弁。现将江南近年实行的武职官员考核章程四条，恭呈御览。
同日，曾国藩又上奏折称：江淮等地区多年来垫付军需物资、增设驿站，账目繁杂混乱，导致州县官员交接时始终无法完成结算，严重妨碍地方政务。臣担任两江总督时间最长，此事是经手未了结的要务，现拟设法清理，请求准许参照粮台报销方式，以清单形式呈报核销，并按照金陵城未攻克前与攻克后两个阶段分别处理。另附片奏请补发湘军积欠饷银，一并归入案卷报销。
同日，曾国藩另附奏片称：臣在未完成交接前，两次收到造办处来文，均称需移文两淮监督办理。经查两淮地区仅设盐政官员，并无监督一职。造办处属内务府下属机构，其官员品级与部院司官相当，若需行文督抚衙门，应使用内务府堂官印信。恳请皇上敕令该衙门，今后遇有传办重要事项，一律由内务府大臣正式行文，不宜直接由造办处移文，以符合体制并杜绝弊端。另附奏片报告经手事务已处理完毕，即将启程北上的具体日期。
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