不久后，清军入关，多尔衮为了拉拢明朝旧臣，对周奎还算“优待”，特意下旨“赏故明周后父嘉定侯周奎缎百匹、银百两”。周奎见清朝势大，立刻摇身一变，想要讨好清廷，好继续过自己的富贵日子。可他没料到，一个烫手的“山芋”很快送上门来——有个太监将崇祯的太子朱慈烺送到了他的府中。
当时，崇祯的长平公主也在周奎府中，她见到朱慈烺后，兄妹二人相拥而泣，“相见掩面泣”，场面十分凄惨。可周奎看到朱慈烺，第一反应不是同情，而是害怕——他担心收留太子会得罪清廷，给自己招来杀身之祸。于是，他毫不犹豫地将此事报告给了清廷，想要以此邀功。
清廷得知太子出现后，顿时慌了神。要知道，清军入关时打的是“替明朝复仇”的旗号，如今崇祯的太子还活着，这让他们陷入了两难境地：如果承认朱慈烺的太子身份，那么明朝的遗民必然会以太子为号召，重新拥立明室，对抗清廷；可如果直接杀死太子，又会让天下人看清清廷“复仇”的谎言，激起更大的反抗。
就在清廷犹豫不决时，多尔衮想出了一条毒计——他对外宣称“太子是假的”，还将之前被派去辨认太子的宫中宦官、妃嫔全部处死，因为这些人都一口咬定“此人就是真太子”。随后，多尔衮又换了一批人去辨认，曾经教朱慈烺读书的朱国诏，以及一些内官，为了保住自己的性命，只能违心地说“太子是他人冒充的”。
为了让“假太子”的说法更可信，多尔衮还找来了一个年轻女子，让她冒充崇祯的袁贵妃，声称“真太子有四颗虎牙，足下有痣，而这个少年没有，显然是假的”。有了“袁贵妃”的“证词”，清廷立刻将朱慈烺收监，并在当年冬天将他处斩。可实际上，袁贵妃早在三月十八日北京城破前，就被崇祯赐死了，多尔衮找来的“袁贵妃”根本是个冒牌货，哪里能分辨太子的真伪？更何况，如果朱慈烺是假的，他又怎么敢主动前往周奎府中，与长平公主相认呢？
朱慈烺虽然年仅十五岁，却有着远超同龄人的骨气。据《明季北略》记载，他被李自成俘获后，李自成让他下跪，他却死活不肯，始终保持着太子的尊严。李自成问他：“你家为何会失去天下？”朱慈烺没有推诿责任，却也没有指责崇祯的昏庸，而是直言：“因为误用了周延儒等奸臣。”一句话说得李自成忍不住笑了：“你倒也明白。”朱慈烺又问：“既然如此，为何不速速杀我？”李自成回答：“你本无罪，我岂会妄杀？”朱慈烺趁机说道：“若你不杀我，就请听我一言：一不可惊扰我祖宗的陵寝，二要以皇礼安葬我父皇母后，三不可杀戮城中百姓。”他还特意补充了一句：“文武百官最是无义。”
李自成本打算好好供养朱慈烺，可朱慈烺却一心求死，他不愿苟活在义军的控制下。不过，在朱慈烺的强烈要求下，李自成最终还是花钱将崇祯和周皇后的遗体安葬了，也算满足了他最后的心愿。后来，朱慈烺一直被李自成控制，没有任何自由，直到被清廷俘获处死，他始终没有向敌人低头。
如果崇祯能知晓后世之事，看到周奎这般贪生怕死、卖主求荣，怕是早已动了杀心；而太子朱慈烺的惨死，更会成为他心中永远的痛——他一生都在为挽救大明而努力，却终究没能护住自己的儿子，没能守住祖宗的江山。
其实，崇祯早就意识到了明朝吏治的腐败，尤其是“议罪银”制度的危害。所谓“议罪银”，是前朝留下的制度，官员犯了错，只需缴纳一笔银子就能免罪，甚至官复原职。崇祯在潜邸时，就听过这制度的弊端：地方官为了凑齐罚银，变本加厉地搜刮百姓；京官则互相包庇，用罚银掩盖贪腐。所以他登基后，不仅没打算设立“议罪银”制度，还想彻底取消“罚银”制度，整顿吏治。
他深知，要取消这一制度，必须找个“靶子”，也就是一只可以杀的“鸡”，来震慑那些抱着侥幸心理的“猴”——而周奎，恰好成了这个“靶子”。
那是一个暮春时节，紫禁城的榆叶梅落了一地，御书房里却没有半分暖意。崇祯捏着一份奏疏，手指因用力而泛白，奏疏上写着“诸臣罚银代罪，岁入竟抵三分之一军饷”，看得他喉间抑制不住地发紧。他登基不过三年，接手的是万历、天启留下的烂摊子：关外后金虎视眈眈，关内流民起义已成燎原之势，可朝堂上的官员们，却还在靠着“罚银”敷衍罪责，把国库当成了自家的“赎罪钱袋”。
崇祯早就想废除“罚银”制度，可他也清楚，百官早已习惯了用银子“买平安”，骤然取消，必然会引来反弹。直到“粮船迟滞案”爆发，周奎的侄子周良，借着周奎的势力，在督办江南漕运时沿途勒索，把粮船当成了敛财工具，导致本该三月底抵达京城的春粮，直到四月中旬还在运河上漂着，不少粮食都发了霉，京营的士兵们差点断了粮。
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