6 月 15 日，清剿行动正式开始。在咸宁战区，周毅亲自指挥第 1 团，对九宫山的王三麻子部发起进攻。九宫山地势险要，山峰陡峭，山寨建在山顶，四周环绕着悬崖，只有一条狭窄的小路通往山寨，易守难攻。王三麻子在小路两侧架设了机枪，布置了滚石与陷阱，自以为固若金汤。
周毅经过实地勘察，发现山寨后山有一处悬崖，虽然陡峭，但有藤蔓可以攀爬。他决定兵分两路：一路由第 1 团第 1 营从正面佯攻，吸引王三麻子的火力；另一路由第 1 团第 2、3 营组成突击队，在当地猎户的带领下，从后山悬崖攀爬而上，绕到山寨后方发起突袭。
清晨 5 点，正面进攻开始。第 1 营的士兵在迫击炮的掩护下，向小路发起冲锋。王三麻子果然中计，下令所有机枪向正面开火，滚石与陷阱也纷纷落下，第 1 营的士兵佯装败退，吸引王三麻子的注意力。与此同时，突击队的士兵开始攀爬悬崖，他们腰间系着尖兵提前上去放下来的绳索，手抓藤蔓，脚踩岩石，一点点向上攀登。悬崖上的岩石锋利，不少士兵的手被划伤，鲜血直流，但他们没有丝毫退缩，继续向上攀爬。
上午 8 点，突击队成功抵达山顶，隐藏在山寨后方的树林中。周毅通过望远镜看到突击队发出的信号，立刻下令：“总攻开始！” 正面的第 1 营再次发起冲锋，迫击炮对准山寨的大门轰击；突击队则从后方发起突袭，向山寨内投掷手榴弹，枪声与爆炸声此起彼伏。
王三麻子正在指挥士兵抵抗正面进攻，突然听到后方传来枪声，顿时慌了手脚，他没想到新华军会从后山攻上来。他试图组织士兵反击，但山寨内早已乱作一团，士兵们纷纷扔下武器逃跑。王三麻子见大势已去，带着几名亲信从后山逃跑，却在半山腰被突击队的士兵拦截。“王三麻子，你肆意屠杀，罪恶滔天，今天就是你的死期！” 突击队队长高声喊道。王三麻子负隅顽抗，举枪射击，被新华军士兵当场击毙。
九宫山之战，新华军共歼敌 800 余人，俘虏 1200 余人，缴获步枪 1500 余支、机枪 20 余挺，彻底肃清了咸宁地区的残余势力。战后，周毅下令 “安抚队” 进驻九宫山周边村庄，发放粮食与药品，帮助百姓重建房屋。当新华军士兵将粮食送到一位失去亲人的老奶奶手中时，老奶奶感动得热泪盈眶，拉着士兵的手说：“谢谢你们，你们是真正为百姓着想的军-队！”
在岳阳战区，残余势力首领李老鬼率领 5000 余人，占据了岳阳城外的君山岛。君山岛位于洞庭湖中央，四面环水，只有渡船才能到达，李老鬼在岛上修建了防御工事，配备了大量的机枪与迫击炮，还扣押了岛上的百姓作为人质，威胁新华军不敢进攻。
负责岳阳战区的副师长赵刚，采取了 “围而不攻、攻心为上” 的策略。他首先下令封锁洞庭湖，切断君山岛与外界的联系，禁止任何渡船靠近；然后，通过喇叭向岛上的士兵喊话，宣传新华军的正-策，承诺只要放下武器，就会善待他们，还会帮助他们与家人团聚；同时，派出使者与李老鬼谈判，要求他释放人质，停止抵抗。
李老鬼起初拒不投降，还杀害了一名新华军使者，试图顽抗到底。但随着时间的推移，岛上的粮食与淡水越来越少，士兵们开始出现不满情绪，不少人偷偷向新华军投降。李老鬼见人心涣散，知道再也无法抵抗，只好释放人质，率领剩余的士兵投降。岳阳战区的清剿行动，以最小的代价取得了胜利，新华军共歼敌 300 余人，俘虏 4700 余人，缴获步枪 5000 余支、机枪 50 余挺、迫击炮 10 余门。
在荆州战区，残余势力首领张秃子率领 4000 余人，盘踞在荆州城外的纪南城遗址。纪南城是古代楚国的都城遗址，城墙高大，易守难攻。张秃子利用城墙修建了防御工事，还在城内储存了大量的粮食与弹药，试图长期抵抗。
负责荆州战区的副师长刘勇，采取了 “声东击西、夜袭破城” 的战术。他首先在纪南城东门部署大量兵力，佯装要从东门进攻，吸引张秃子的注意力；然后，挑选 200 名精锐士兵，组成夜袭队，在夜间从纪南城西门的薄弱环节发起突袭。夜袭队的士兵身着黑衣，携带短枪与匕首，悄悄潜入城内，杀死了守门的士兵，打开了城门。新华军大部队趁机涌入城内，与残余势力展开巷战。张秃子见城已破，率领少数亲信逃跑，最终在荆州城外被新华军抓获。
到 1920 年 8 月，鄂南残余势力被彻底肃清，新华军共歼敌 2500 余人，俘虏 1.2 万余人，缴获步枪 1.2 万余支、机枪 120 余挺、迫击炮 30 余门、子弹 200 万发。至此，鄂省全境宣告平定，新华军在江城设立鄂省临时政府，任命当地贤达张之洞的后人张承先为鄂省主席。
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