然而，天下从未真正太平。就在黄帝王朝欣欣向荣、蓬勃发展的同时，一些潜藏的暗流与边患，也开始涌动。
北方，荤粥等游牧部落，见人族统一强盛，既惧且贪。他们时而寇边，劫掠人畜；时而又遣使示好，意图贸易，反复无常，成为北境一大边患。
东方，东夷诸部，虽大多归附，但其中一部，以九凤为首（传闻有上古神鸟血脉，或与妖族有涉），自恃勇力，且地处偏远，对黄帝政令阳奉阴违，时有桀骜之举，甚至暗中联络东海散修、妖族，蠢蠢欲动。
更有甚者，在王朝内部，随着疆域扩大，人口繁衍，利益纠葛也变得复杂。一些归附较早、自恃有功的部落首领，开始居功自傲，对中央政令执行不力，甚至暗中蓄积力量，有尾大不掉之势。而原九黎联盟中，也并非所有人都如蚩尤那般深明大义，少数激进派，对蚩尤“屈居”轩辕之下，对九黎部在融合过程中某些利益的“损失”（实则是统一调配下的再分配），心存不满，暗流涌动。
这些内忧外患，如同隐藏在盛世华章下的不谐音符，考验着黄帝与蚩尤的智慧与手腕。
轩辕对此心知肚明。他一方面继续推行仁政，轻徭薄赋，选拔贤能，不拘出身（尤其注意提拔原九黎、东夷等部人才），缓和内部矛盾。另一方面，则加强了对地方的控制，推行“巡守”制度，定期派遣重臣（有时亲自）巡视四方，考察民情，整顿吏治，宣示威权。
对于边患，则主要交由蚩尤处理。蚩尤坐镇中枢，统筹全局，对北方荤粥，采取“剿抚并用”之策。一方面，派大将应龙、大挠等率“王师”精锐，加强北境防御，对来犯之敌予以坚决打击，数次击溃大规模入寇，俘获甚众。另一方面，对愿意归附的荤粥部落，则准许其内附，划给草场，教其耕种，逐步同化。同时，开设边境“互市”，以中原的粮食、布匹、铁器（此时已有少量铁器出现，但主要为青铜），交换北地的马匹、皮毛，以经济手段加强联系，削弱其寇边动机。
对于东夷九凤部，蚩尤则更为警惕。他深知九凤勇悍，且与妖族有所牵连，处理不当，易生大患。在请示轩辕后，蚩尤决定亲自东巡，一为震慑，二为摸清虚实。他率一支精悍的“王师”，以巡视边防、检阅东夷各部军备为名，抵达东夷之地。
九凤闻蚩尤亲至，不敢怠慢，率部出迎，礼节周到，但眉宇间桀骜之色难掩。蚩尤不动声色，于东夷各部面前，举行盛大阅兵。“王师”军容整肃，甲胄鲜明，兵器精良，战阵森严，所展现出的强大战力与严明纪律，令东夷诸部大为震撼，原本一些与九凤暗通款曲的部落，顿时心生怯意。
阅兵之后，蚩尤于大帐召见九凤及东夷各部首领。他并未疾言厉色，反而设宴款待，席间谈及黄帝仁政，人族一统之大势，以及东夷各部归附后所享之利。然而，话锋一转，蚩尤语气转冷，提及近来边境不宁，有妖族、海族侵扰，更有甚者，人族内部竟有勾结外族、图谋不轨者。他目光如电，扫过九凤，虽未点名，但警告之意，溢于言表。
九凤面色变幻，最终在蚩尤那如山如岳的气势与帐外“王师”隐隐的杀气压迫下，不得不收敛心思，当众再次宣誓效忠黄帝，并主动提出派子嗣入涿鹿“学习”（实为质子）。蚩尤见好就收，温言抚慰，并承诺将加大对东夷的扶持，助其开发渔盐之利，通商惠工。一场潜在的风波，被蚩尤以兵威与怀柔相结合的手段，消弭于无形。
至于内部那些居功自傲、阳奉阴违的部族首领，乃至九黎内部的不安分子，蚩尤处理起来，则更为直接铁腕。他联合风后、力牧等重臣，依据轩辕制定的新法度，明察暗访，收集证据。对于证据确凿、危害较大的，蚩尤亲自出手，或以“王师”压境，迫其交出权柄，迁其部众，分而治之；或设计擒拿首恶，明正典刑，以儆效尤。其手段果决，雷厉风行，却又严格依法行事，令人心服口服，无人敢置喙。几次下来，内部的不谐声音迅速被压制下去，中央权威得到空前加强。
轩辕对蚩尤的手段，有时觉得过于刚猛，但也深知，乱世用重典，沉疴下猛药，在某些时候是必要的。他给予蚩尤充分的信任与支持，从未因蚩尤的“跋扈”传闻（实乃政敌诽谤）而心生猜忌。而蚩尤，也始终恪守臣子本分，对轩辕恭敬有加，凡重大决策，必先请示，事后必详细汇报。君臣之间，信任无间，成为王朝稳固的基石。
在轩辕与蚩尤的共同努力下，黄帝王朝如同一辆加足了马力的战车，在统一的轨道上滚滚向前。内政修明，边疆绥靖，人口繁衍，物阜民丰。文明的光辉，照耀着越来越广阔的土地。
洪荒历，地皇神农证道后第五百三十年。 黄帝轩辕在位已二百余年。在圣道伟力与王朝气运滋养下，他虽显老态，但精神矍铄，精力旺盛。这一日，他正于明堂与群臣商议在黄河沿岸大规模兴修水利、疏导河道之事，忽闻宫外传来悠扬仙乐，异香扑鼻。
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