当帝国的防疫体系如同巨网般在宏观层面铺开，勉强遏制住疫情向腹地蔓延的势头时，深入永昌郡疫区核心的林半夏医疗队，正经历着炼狱般的考验，进行着一场场与死神争夺生命的微观战斗。这里，是这场抗疫战争最血腥、最残酷的前线。
林半夏率领的医疗队，历经跋涉，终于抵达了永昌郡府。眼前的景象，让这些在京都经历过理论学习和思想准备的医者们，依旧感到了彻骨的寒意。
郡城之内，十室九空，昔日熙攘的街巷空旷死寂，唯有风中飘荡着石灰和草药混合的刺鼻气味，间或夹杂着从某些紧闭门户内传出的压抑咳嗽与哀嚎。官府衙役和少量驻军士兵，用布巾蒙着口鼻，眼神惶恐地巡逻，将新发现的病患或尸体从家中抬出。城外，临时划出的隔离区更是如同鬼域，简陋的草棚连绵，呻吟声、哭泣声、以及负责焚烧尸体的兵士沉重的脚步声交织在一起，构成了一曲死亡的挽歌。
郡守杜文渊早已心力交瘁，见到朝廷派来的医疗队如同抓住了救命稻草。他嘶哑着嗓子介绍情况：“……疫情已蔓延全郡过半县镇，死者……无法计数。药材早已耗尽，郎中和差役也折损近半，民心溃散，几近失控……”
林半夏强压下心中的恐惧与不适，他知道，此刻任何情绪的宣泄都是奢侈。他立刻展现出超越年龄的冷静与决断力。
首先，他凭借朝廷赋予的钦差副使权限（陆沉为他争取的），接管了郡城的防疫指挥权，将医疗队与郡内尚存的医官、衙役、兵士进行混编重组。
建立分级隔离营： 他在郡城外选择了三处相对独立、通风良好的区域，建立了标准化的隔离营。严格划分为“重症区”、“轻症区”和“密切接触观察区”，各区之间设立明显的隔离带，由兵士把守，人员物资单向流动，杜绝交叉感染。这比之前混乱的集中收容有了质的提升。
推行严格消毒流程： 他强制要求所有参与救治和维持秩序的人员，必须穿戴由格物院提供的标准防护服（油布制成的全身罩衣）和加厚口罩，执行任务前后必须用烈酒或浓醋洗手，器械必须沸水煮过。对隔离营内的地面、物品，每日进行石灰水泼洒。对死者遗体，坚决执行火化，并由专人（往往是恢复健康的轻症患者，他们被认为有一定免疫力）负责，给予优厚报酬。
恢复基本秩序与信息沟通： 他组织尚有行动能力的轻症患者，协助进行营地内的清洁、送饭等简单工作，给予他们希望和参与感。同时，设立信息公告板，每日更新疫情数据（尽管数字触目惊心）和朝廷的最新指示，以透明化对抗谣言和恐慌。
这些措施起初遇到了巨大的阻力。习惯了传统生活的百姓和部分底层胥吏，对繁琐的消毒和严格的隔离极为抵触，甚至发生了小规模的冲突。林半夏不得不借助军队的权威，以雷霆手段处置了几个带头闹事者，才勉强将秩序稳定下来。
秩序的建立只是基础，真正的战斗在于救治。面对“疙瘩瘟”（鼠疫）这种凶险的传染病，医疗队的救治过程充满了无力感和悲壮。
尤素福的外科技艺在脓肿切排上发挥了作用。对于一些淋巴结肿痛剧烈、形成巨大痈疽的患者，他果断地进行切开引流，排出腥臭的脓血，虽然过程痛苦，但确实挽救了一部分濒临败血症死亡的患者。达摩法师提供的天竺草药方剂，与林半夏等人配置的大剂量清热解毒汤药（如重用黄连、黄芩、连翘、生石膏的方子）结合使用，对部分早期、轻症患者显示出了一定的疗效，能够控制体温，延缓病情恶化。
然而，对于大多数重症患者，尤其是出现肺型鼠疫症状（咳嗽、咯血、呼吸衰竭）或败血症型症状（全身广泛瘀斑、循环衰竭）的患者，医疗队几乎束手无策。汤药灌下去如同石沉大海，外科手术也无从下手。他们能做的，往往只是给予一些镇静镇痛药物，减轻患者的痛苦，然后眼睁睁看着生命在眼前消逝。
隔离营内，死亡每天都在大量发生。焚烧尸体的浓烟几乎不曾断绝。年轻的医学生们最初几夜根本无法入睡，一闭眼就是患者绝望的眼神和死亡的景象，精神几近崩溃。林半夏自己也数次躲在无人处偷偷抹泪，但天亮之后，他依旧要穿上那身厚重的防护服，走进那片死亡区域，强迫自己冷静地检查病患，调整方案。
希望，来自于那些幸存者。随着时间推移，开始有轻症患者逐渐退烧，肿大的淋巴结慢慢消退，最终康复。虽然比例不高，但每一个康复病例，都如同黑暗中的烛火，给了医疗队和所有被困在疫区的人们巨大的鼓舞。林半夏立刻组织人手，对这些康复者进行详细的观察和记录，试图找出他们得以存活的原因（是体质特殊？还是用药恰好对症？），并抽取他们的血液（这个举动在当时堪称惊世骇俗）进行封存，希望能从中找到对抗瘟疫的线索。
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