石亨失去兵权后，心中十分不满。他开始暗中联络自己的党羽，想要发动政变，推翻朱祁镇。林砚察觉到了石亨的阴谋，他立刻向朱祁镇报告。
朱祁镇得知后，十分愤怒。他没想到石亨竟然敢背叛自己。他立刻下令林砚率领锦衣卫，逮捕石亨及其党羽。林砚领命后，迅速行动，将石亨及其党羽一网打尽。石亨被逮捕入狱后，朱祁镇下令将他处死。
石亨被处死后，曹吉祥变得更加恐慌。他知道，下一个就轮到自己了。曹吉祥决定孤注一掷，发动政变。他暗中联络自己的养子曹钦，准备率领东厂的士兵，攻打皇宫，推翻朱祁镇。
林砚通过锦衣卫的眼线，得知了曹吉祥的阴谋。他立刻向朱祁镇报告，并做好了应对的准备。朱祁镇下令林砚率领锦衣卫，严密防守皇宫，同时调动京营的士兵，准备镇压叛乱。
一天晚上，曹钦率领着东厂的士兵，攻打皇宫。但林砚早已做好了准备，皇宫的守卫十分严密。曹钦的士兵虽然勇猛，但始终无法攻破皇宫的大门。就在这时，京营的士兵赶到了，他们和锦衣卫一起，对曹钦的士兵发起了猛烈的进攻。
曹钦的士兵抵挡不住，纷纷溃败。曹钦本人在混乱中被杀死，曹吉祥也被逮捕入狱。不久之后，朱祁镇下令将曹吉祥处死。
石亨、徐有贞和曹吉祥等人被相继处置后，朝廷内部的局势终于稳定了下来。朱祁镇彻底掌握了大明的政权，他开始重用林砚等忠臣，整顿朝政，发展生产。
林砚作为锦衣卫指挥使，在处置石亨、徐有贞和曹吉祥等人的过程中，立下了赫赫战功。朱祁镇对他十分信任，将很多重要的事情都交给了他去办。林砚也没有辜负朱祁镇的信任，他兢兢业业，恪尽职守，帮助朱祁镇整顿朝纲，打击贪污腐败。
然而，林砚也知道，这只是一个开始。大明的江山，经历了土木堡之变和夺门之变的动荡，已经变得千疮百孔。想要让大明重新走向辉煌，还需要付出很多的努力。他必须帮助朱祁镇，励精图治，开创一个新的盛世。
一天，朱祁镇和林砚一起登上了皇宫的城楼，望着远处的北京城。朱祁镇感慨地说道：“林砚，如果没有你，朕恐怕早就死在漠北或者南宫了。是你，帮助朕重新登上了皇位，稳定了朝局。”
林砚连忙躬身行礼：“陛下言重了，臣只是做了分内之事。大明能有今日的安稳，全赖陛下圣明，能吸取往日教训，知人善任。”
朱祁镇轻轻叹了口气，目光掠过下方熙攘的街巷，眼神中多了几分往日没有的深沉：“知人善任？朕从前便是太过轻信奸佞，才落得那般下场。王振、石亨、曹吉祥……一个个都曾是朕信任之人，可他们要么误国，要么谋逆。若不是有你在身边时时警醒，朕恐怕还要再走许多弯路。”
“陛下能有此感悟，便是大明之福。”林砚抬头，看着这位历经磨难的皇帝，认真说道，“从前的事，既是教训，也是磨砺。如今朝局初定，但隐患仍在：北方瓦剌虽暂息兵戈，却仍对大明虎视眈眈；南方水患频发，百姓流离失所；朝中虽清剿了石亨等人的党羽，但贪污腐败之风未绝，地方藩镇势力也需整顿。”
朱祁镇点了点头，神色凝重起来：“你说的这些，朕都清楚。只是如今百废待兴，朕一时竟不知该从何处着手。”
林砚思索片刻，说道：“陛下，臣以为，当以‘安内攘外’为纲。对内，先整顿吏治，清查贪腐，重用贤臣；再兴修水利，减免赋税，安抚百姓，恢复生产。对外，与瓦剌重新划定边界，互通贸易，以缓兵戈；同时加强九边重镇的防御，整肃军纪，提升军队战斗力。”
“安内攘外……”朱祁镇低声重复着这四个字，眼中渐渐有了光芒，“你说得有理。那吏治整顿，便由你牵头，联合吏部、都察院一同办理。你执掌锦衣卫，消息灵通，正好能震慑那些宵小之辈。”
“臣遵旨！”林砚躬身领命，心中却也清楚，整顿吏治并非易事。石亨、曹吉祥等人虽死，但他们的党羽遍布朝野，稍有不慎，便会引发动荡。他必须步步为营，谨慎行事。
次日，朱祁镇下旨，任命林砚为吏治整顿总领，协同吏部尚书王翱、都察院左都御史寇深一同清查朝中贪腐官员。旨意一下，朝中顿时一片哗然。有人支持，认为此举能还朝堂清明；也有人惶恐，担心自己的把柄被揪出，暗中对林砚恨之入骨。
林砚深知此行凶险，他首先从锦衣卫内部入手，清除了曹吉祥安插的眼线，整顿锦衣卫纪律，确保这支力量能为自己所用。随后，他联合王翱、寇深，制定了严格的清查制度，鼓励百姓举报贪腐官员，同时派锦衣卫暗中调查那些口碑极差的官员。
清查工作刚开始，便遇到了阻力。有一位名为张贵的户部侍郎，是石亨的余党，在任期间大肆贪污漕运银两，中饱私囊。林砚掌握了他的罪证后，准备将其逮捕归案。可张贵却仗着自己有太后的亲戚关系，拒不认罪，还派人威胁林砚。
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